بهره‌برداری از این منابع سهم قابل‌توجهی در تخریب و آلودگی آب‌های خلیج‌فارس داشته است، این در حالی است که تردد و تخلیه آب توازن شناورهای غول‌پیکر، سرازیر شدن پساب‌های صنعتی، زهاب‌های کشاورزی و فاضلاب‌های شهری و روستایی به این دریا و نیز ساخت جزایر مصنوعی و خشکاندن نوار ساحلی این آلودگی‌ها را دوچندان کرده است. علاوه براین، جنگ‌های دهه‌های80 و 90 اثرات زیانباری روی خلیج‌فارس بر جای گذاشته است.
غرق‌شدن 47شناور، انفجار چاه‌های نفت نوروز در سال1984 و راهیابی نزدیک به 4میلیون بشکه نفت به خلیج‌فارس، نشت نفت در سال1991 (طی جنگ عراق با کویت)، انفجار 2پایانه نفتی در عراق و کویت و ورود 9میلیون بشکه نفت ناشی از این انفجار به خلیج‌فارس و به آتش کشیده شدن 700چاه نفت کویت، از عمده‌ترین عوامل آلاینده این پهناب محسوب می‌شوند. از همین رو است که برخی با استناد به این اتفاقات ناگوار، می‌گویند خلیج‌فارس یکی از آلوده‌ترین پهناب‌های جهان است.
نکته در خور تامل اینکه خلیج‌فارس دریایی نیمه‌بسته است. چرخش آب در آن 3تا 5سال طول می‌کشد تا از جایی که وارد تنگه‌هرمز می‌شود خارج شود و همین باعث ماندگاری زیاد آب در خلیج‌فارس می‌شود؛ این ویژگی در ورود آلاینده‌ها اثرات نامطلوبی برجای می‌گذارد. طبعا اکتشاف، استخراج و حمل‌ونقل نفت در این منطقه آبی، بار آلودگی بیشتری را به محیط تحمیل کرده و می‌کند.
نقاط آلوده
نقاطی در دریا وجود دارد که به آنها نقاط ویژه گفته می‌شود. ما در خورموسی، بندر امام، بوشهر، عسلویه خلیج نایبند و استان هرمزگان یعنی در سایت‌هایی که فعالیت‌های متمرکز صنعتی در حاشیه دریا وجود دارد با مشکلات عمده زیست‌محیطی مواجهیم. در این میان، رعایت ضوابط زیست‌محیطی و وضعیت اکوسیستم دریایی بسیار حائز اهمیت است. مثلا در دریای آزاد، رقیق‌سازی و پراکنده‌شدن آلودگی بیشتراست و در نتیجه میزان آلودگی کمتر اما در آب‌های بسته مثل خوریات خور موسی که بستر دریا گلی و اکوسیستم تقریبا نیمه بسته است آثار سوء آلودگی بسیار بیشتر است؛ زیرا در چنین مناطقی، آلاینده‌ها به بستر منتقل می‌شوند و تحت یک فرایند بیوشیمیایی، اثرات آلودگی مضاعف می‌شود. مثلا جیوه وقتی وارد بستر گلی می‌شود به متیل جیوه که سمی‌ترین ترکیب آن است تبدیل می‌شود. در این مناطق باید حساسیت بیشتر باشد. این در حالی است که سنجش‌های صورت‌گرفته نشان می‌دهد آلاینده‌ها در سواحل ماهشهر و خوریات خورموسی و سایت‌های صنعتی بیش از استاندارد و بیش از حد مجاز بوده است. برای نمونه جیوه، سرب و کرم در ماهشهر، آرسنیک در بوشهر و عسلویه بیش از حد مجاز است. همچنین کرم در رسوبات بندرعباس و ماهشهر و نیکل در بوشهر، ماهشهر و بندرعباس از میزان بالایی برخوردار است.
تأثیر آلودگی‌ها بر تنوع زیستی
یکی از عوامل تأثیرگذار بر تنوع زیستی تخریب زیستگاه‌هاست. انقراض گونه‌ها 3حالت دارد: محلی، منطقه‌ای و جهانی. اما هنوز آماری از گونه‌های در معرض انقراض خلیج‌فارس تهیه نشده است. تهیه این آمار البته یکی از اولویت‌های منطقه است. ما پیشنهادی برای تهیه چک لیست موجودات خلیج‌فارس از ریزترین تا درشت‌ترین گونه که نهنگ است به راپمی داده‌ایم تا براساس آن جمعیت موجودات و عوامل تهدیده‌کننده تهیه شود. همانطور که اشاره شد تخریب زیستگاه بزرگ‌ترین عامل تهدیدکننده آبزیان است. برداشت بیش از حد، صید غیرمجاز و آلودگی از دیگر عوامل تهدید است. برای نمونه، میگوی خلیج‌فارس از گونه‌های با جمعیت فراوان بود اما 8سال پیش به‌دلیل برداشت بیش از حد به میزان قابل‌توجهی کاهش پیدا کرد. خوشبختانه شیلات توانست با برنامه‌ریزی، ذخایر دریایی را تقویت کند به‌طوری‌که این مشکل برطرف شد.
«راشکو» از گونه‌های دیگری است که جمعیت آن کاهش یافته و نیاز به برنامه‌های مدیریتی در حفظ ذخایر دارد. «ماهی سبور» هم که زادوولدش در فروردین ماه در اروندرود و در انشعابات کارون اتفاق می‌افتد در برگشت از این آبراه‌ها به اندازه‌ای صید می‌شود که اکنون ذخایر آن با خطر جدی مواجه است؛ اینها البته به مدیریت صید مربوط می‌شود. همینطور جمعیت کوسه ماهیان به‌دلیل صید بیش از حد و غیرمجاز (جهت صدور باله کوسه) به‌شدت کاهش یافته است از همین‌رو، معاونت دریایی سازمان، برنامه‌ای برای بررسی وضعیت این‌گونه و اقدامات حفاظتی و مدیریتی آن در دست دارد. 5گونه لاک‌پشت دریایی (پشت سبز، منقار عقابی، زیتونی و...) با خطر انقراض مواجهند. افزون براین، تمامی 26گونه پستاندار دریایی از جمله دلفین‌ها و نهنگ‌ها در معرض انقراض‌اند. ذخایر ماهیان کف‌زی و نزدیک به کف‌زی هم به‌شدت کاهش یافته به‌طوری که امکان ثبت این‌گونه‌ها در فهرست قرمز وجود دارد. کوسه کولی‌کر هم به‌شدت در معرض انقراض است.