این خانه که قدمت آن به اواخر دوره قاجاریه می‌رسد به پدر سید محمد خاتمی تعلق داشته است.
ورودی این خانه از قسمت شمال‌شرقی است و در قسمت غرب آن 4 اتاق وجود دارد.
در قسمت جنوب این خانه حیاطی بزرگ با یک تالار قرار دارد و در راهروی غربی تالار مطبخ جا نمایی شده و در پشت تالار یک حیاط کوچک نیز وجود دارد.
عمده تزئینات این خانه عبارتند از؛ گچبری‌های قسمت شمال خانه، طاق‌های قسمت غرب - پیش‌گاه‌های زیبا - درهای چوبی و قدیمی اتاق‌ها و بادگیر زیبا.
خانه مرحوم آیت الله سید روح‌الله خاتمی در سال 1382 توسط سازمان میراث فرهنگی با شماره 9116 در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسید.