اما بعد از تفسیر شورای نگهبان از اصل 113قانون اساسی که احمدی‌نژاد به استناد این اصل آن هیأت را احیا کرده است، محمدرضا میرتاج الدینی مشاور رئیس‌جمهور درامور روحانیت و معاون سابق پارلمانی دولت و فاطمه بداغی معاون حقوقی دولت استدلال‌هایی در رد تفاسیری که از نامه اخیر شورای نگهبان ارائه می‌شود، به‌دست دادند.
آیت‌الله احمد جنتی دبیر شورای نگهبان اخیرا در پاسخ به سؤال عباسعلی کدخدایی عضو حقوقدان این شورا پیرامون تفاسیر مختلف از اصل 113و تشکیل نهاد و ﺳﺎزﻣﺎن ﺧﺎص ﺑﺮای ﻧﻈﺎرت و ﭘﯿﮕﯿﺮی ﻋﺪم اﺟﺮای اﺻﻮل ﻗﺎﻧﻮن اﺳﺎﺳﯽ گفته است: ﻣﺴﺘﻔﺎد از اﺻﻮل ﻣﺘﻌﺪد ﻗﺎﻧﻮن اﺳﺎﺳﯽآن اﺳﺖ ﮐﻪ ﻣﻘﺼﻮد از ﻣﺴﺌﻮﻟﯿﺖ اﺟﺮا در اﺻﻞ 113 ﻗﺎﻧﻮن اﺳﺎﺳﯽ، اﻣﺮی ﻏﯿﺮازﻧﻈﺎرت ﺑﺮ اﺟﺮای ﻗﺎﻧﻮن اﺳﺎﺳﯽ اﺳﺖ و در ﻣﻮاردی ﮐﻪ ﺑﻪ ﻣﻮﺟﺐ ﻗﺎﻧﻮن اﺳﺎﺳﯽ رﺋﯿﺲﺟمهور ﺣﻖ ﻧﻈﺎرت و ﻣﺴﺌﻮﻟﯿﺖ اﺟﺮا ﻧﺪارد، ﺣق ایجاد هیچ‌گونه ﺗﺸﮑﯿﻼﺗﯽ را هم ﻧﺪارد.
بعد از تفسیر شورای نگهبان از اصل113 قانون اساسی، محمدرضا میرتاج‌الدینی گفت که شورای نگهبان هیأت نظارت بر قانون اساسی را غیرقانونی نمی‌داند و طبق نظر تفسیری شورای نگهبان رئیس‌جمهور در مواردی که حق نظارت و مسئولیت اجرا دارد، می‌تواند هیأت نظارت بر قانون اساسی تشکیل دهد.
به‌دنبال آن فاطمه بداغی هم دیروز در جوابیه‌ای که پایگاه اطلاع‌رسانی دولت آن را منتشر کرد، از رسانه‌ها انتقاد کرد که باید طرفدار و حامی رئیس دولتی باشند که بر اجرای اصول مترقی قانون اساسی مثل اصول آزادی، استقلال، منع شکنجه، برائت، حفظ حریم خصوصی، منع تجسس و هتک حرمت تأکید می‌کند.
او نوشت: درباره نظریه تفسیری شورای محترم نگهبان که به درخواست یکی از اعضای آن انجام شده است، مفاد نهایی نظر آن است که نظارت رئیس‌جمهور بر اجرای قانون اساسی با رعایت همه اصول دیگر قانون اساسی انجام شود، معلوم است همانطور که قانونگذاری مجلس در همه امور است ولی مقید به رعایت حدود مقرر در قانون اساسی است، اغلب اختیاراتی که در قانون اساسی وجود دارد نیز مشروط به رعایت سایر اصول قانون اساسی است.
بداغی در این یادداشت برای تداعی اختیارات رئیس‌جمهور یادآوری کرده است که در قانون اساسی 37بار به قوه مجریه و مجموعا در قانون اساسی حدود 40بار به رئیس‌جمهور و اختیارات و وظایف او اشاره شده است. در همین اثنا دیروز روزنامه ایران ارگان رسمی دولت نیز با تیتر «کدام تفسیر! دیروز یا امروز» نوشت که شورای نگهبان در مقاطع قبلی و زمانی که قانون اساسی توسط سایر قوا نقض می‌شده، از رؤسای جمهور وقت می‌خواسته که با توجه به اصل113 نسبت به این موارد واکنش نشان دهند.
هیأت نظارت بر اجرای قانون اساسی در دوران سیدمحمد خاتمی رئیس‌جمهور دوران اصلاحات تشکیل شد اما محمود احمدی‌نژاد در سال 84 و در ابتدای دولتش این هیأت را منحل کرد و اواخر سال گذشته گفت که زمانی برداشت بنده این بود که نیازی به‌وجود این هیأت نیست اما امروز به این نتیجه رسیده‌ام که وجود چنین هیأتی بسیار بسیار مورد نیاز و لازم است.