از آن زمان به بعد پاکستان موقعیت و جایگاه ویژه‌ای در محاسبات دولت بوش یافت و به محلی برای رفت و آمد ژنرال‌ها و دیپلمات‌های آمریکایی تبدیل شد که با پیشنهاد وام و قرارداد تسلیحاتی اجازه استفاده از خاک کشور پاکستان برای عملیات‌های نظامی‌و یا کنترل مرزی و به دام انداختن شبه نظامیان را می‌گرفتند. اما چند ماهی است که شرایط و بحران‌های داخلی به سود مشرف پیش نمی‌رود و چند هفته‌ای است که این بحران به اوج خود رسیده‌است.
این بحران جدید که به استناد بعضی گزارش‌ها با چراغ سبز آمریکا به پیش می‌رود، از یک ماه پیش و با دستور مشرف برای برکناری افتخار چادری قاضی کل دیوان عالی پاکستان شروع شد. این تصمیم اعتراض‌های خیابانی مردم و وکلا و شخصیت‌های سیاسی پاکستان و درگیری و زد و خورد پلیس با اعتراض کنندگان را به دنبال داشت.
در خلال این حوادث، پاکستان روزها و وقایعی را دید که در ده سال گذشته آن را فراموش کرده بود. همزمان با این درگیری‌ها گزارش‌هایی در رسانه‌های غربی منتشر شد و در آن به نقل از دیپلمات‌ها و منابع آگاه آمریکایی آمده بود که واشنگتن دیگر مشرف را شریک قابل اعتماد و مطمئن و کارآمد خود نمی‌داند و در فکر جانشینی برای اوست.
یکی از این گزارش‌ها در روزنامه نیویورک تایمز به چاپ رسید و در آن به نقل از مقامات آمریکایی حتی از جانشین مشرف هم سخن به میان آمد.
به نوشته این گزارش برنامه واشنگتن این است که احسان سالم حیات قائم مقام فرمانده ارتش پاکستان جانشین مشرف در فرماندهی نیروهای مسلح شود و محمدمیان سومرو از بانک داران سابق پاکستانی در مقام ریاست جمهوری منصوب شود. بر اساس این طرح فرمانده ارتش قدرت اصلی را در کشور به دست خواهد داشت و رئیس جمهور جایگاه نمادین دارد.
همزمان شدن انتشار این گزارش‌ها با بحران و درگیری‌های داخلی در پاکستان که طی آن دهها قاضی و وکیل در کنار مردم عادی توسط پلیس و نیروهای امنیتی پاکستان مجروح و مضروب شدند، گمانه زنی‌ها درباره پایان کار مشرف را تقویت کرده است.
انگیزه برکناری قاضی ارشد دیوان عالی پاکستان که جرقه آغاز درگیری‌های داخلی بود، دلیل دیگری است برای جدی گرفتن فرضیه برکناری مشرف. قاضی چادری که یک سال پیش از سوی مشرف به عنوان قاضی کل دیوان عالی پاکستان منصوب شده‌بود، دو ماه پیش در سخنرانی گفته بود که ژنرال مشرف نمی‌تواند در پایان دوران ریاست‌جمهوری‌اش در پایان سال جاری میلادی در عنوان دیگرش یعنی فرمانده کل ارتش باقی بماند.
مشرف قصد دارد تا پیش از پایان امسال و با استفاده از قوانین ایالتی و فدرال، برای یک دوره پنج ساله دیگر در سمت ریاست جمهوری باقی بماند. او همچنین سمت فرماندهی کل ارتش را هم به کسی واگذار نمی‌کند و این موضوعی است که با مخالفت و مقاومت جدی رهبران سیاسی و جامعه بین‌المللی رو به روست.
رهبران و فعالان سیاسی پاکستان قصد دارند از طریق دادگاه، مشرف را در این زمینه به چالش بگیرند و تصمیم او برای برکناری قاضی کل نوعی اقدام پیشگیرانه در برابر این اقدام مخالفان بود.
کودتای پرویز مشرف و برکناری نواز شریف در این کودتا اگر چه با انتقاد ظاهری غرب رو به رو شد، اما در عمل باعث خشنودی غرب شد. به قدرت رسیدن یک ژنرال نظامی‌با جذبه که دست کم به زور اسلحه همه مطیع او هستند، در کشوری که ماهها دچار هرج و مرج بوده و رهبرانش با اتهام فساد رو به رو هستند، آن هم در منطقه‌ای حساس برای غرب اتفاق خوشحال‌کننده‌ای بود. حکومت مشرف برای جلوگیری از به قدرت رسیدن شبه نظامیان افراطی طرفدار القاعده و طالبان گزینه مطمئنی برای غرب بود.
اما اکنون رسانه‌های آمریکایی می‌نویسند که شبه نظامیان افراطی در انتخابات‌های اخیر پاکستان نتایج مطلوبی به دست نیاورده‌اند و این موضوع نشان می‌دهد که با رفتن مشرف هم زلزله خاصی در پاکستان روی نخواهد داد.
مشرف در سالهای اخیر به یمن کمک‌های مالی آمریکا توانست به رشد اقتصادی 6 درصدی دست یابد و همین را ابزاری برای تبلیغ سیاسی خود قرار دهد. اما اکنون کنگره آمریکا در صدد قطع این کمک‌هاست و همین موضع ممکن است سقوط مشرف را تسریع کند.