گفته می‌شود که دلیل بروز این ناهماهنگی عدم تخصیص بودجه از سوی سازمان بهزیستی است، این در حالی است که چند روز پیش رئیس یکی از انجمن‌های حمایت از حقوق معلولان اعلام کرده بود که سازمان بهزیستی درصدد قطع شهریه دانشگاه معلولان است.
این در حالی است که در قانون جامع حمایت از حقوق معلولان مصوب سال 1383در ماده هشت آمده است: معلولان نیازمند واجد شرایط در سنین مختلف می‌توانند با معرفی سازمان بهزیستی کشور از آموزش رایگان در واحد‌های آموزشی تابعه وزارتخانه‌های آموزش و پرورش، علوم، تحقیقات و فناوری، بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و دیگر دستگاه‌های دولتی و نیز دانشگاه آزاد اسلامی بهره‌مند شوند.
در حال حاضر 15 هزار معلول، دانشجو هستند که 13 هزار نفر از آنان زیر پوشش بهزیستی می‌باشند. یکی از معلولان در‌باره مشکل شهریه می گوید: با اینکه در قانون قید شده که معلولان باید از حق تحصیل رایگان برخوردار باشند اما سازمان بهزیستی شهریه دانشگاه معلولان را به‌صورت کامل پرداخت نمی‌کند و مددکاران این سازمان در پاسخ به اعتراض می‌گویند که امکان پرداخت شهریه وجود ندارد. او با تأکید بر این نکته که جمعیت معلولان دانشجوی کشور معمولا فاقد شغل هستند، افزود:
معلولان دانشجو هیچ شغل و درآمدی ندارند به همین ترتیب امکان پرداخت شهریه‌های دانشگاه‌شان را هم ندارند. در این شرایط هزینه ادامه تحصیل ما بر دوش خانواده‌ها سنگینی می‌کند. باید به این نکته توجه شود که معلولان به‌خودی خود برای خانواده‌شان هزینه و زحمت زیادی به همراه دارند بنابراین گذاشتن مسئولیت پرداخت شهریه بر دوش خانواده‌ها عملا دشواری زندگی را برای آنها افزایش می‌دهد. یک معلول دیگر با گلایه از ایجاد تأخیر یک‌ساله در پرداخت شهریه از سوی بهزیستی توضیح داد: در حال حاضر سه ترم است که بهزیستی ریالی از شهریه دانشگاهم را پرداخت نکرده است.
مسئولان بهزیستی شهرستان‌مان در پاسخ به اعتراض من اعلام کرده‌اند که از تهران هیچ پولی برای تأمین شهریه دانشگاه معلولان به حسابشان واریز نشده است و برای حل این مشکل هیچ کاری از دستشان برنمی‌آید. او در مرحله بعدی پیگیری‌هایش با بهزیستی کل کشور تماس گرفته و در توضیح آنچه شنید‌ه است، گفت:
با بهزیستی تماس گرفتم تا این مشکل را پیگیری کنم اما در کمال تعجب یکی از کارشناسان معاونت توانبخشی سازمان بهزیستی به من گفت که مسئولان به وعده‌هایی که داده‌اند عمل نکرده‌اند و هیچ بودجه‌ای برای تحصیل معلولان درنظر نگرفته‌اند در شرایطی که قول‌های مسئولان عملی نشده است این مشکل همچنان باقی خواهد ماند. دختر معلولی که دانشجوی دکتری دانشگاه آزاد اسلامی است حکایت تلخ‌تری را نقل کرده است: وقتی در اعتراض به عدم‌پرداخت شهریه‌دانشگاه به مددکارم در سازمان بهزیستی مراجعه کردم ایشان به مادرم گفتند که اصلا چرا گذاشتید دخترتان دکتری امتحان بدهد که حالا مشکل پرداخت شهریه داشته باشید؟
او در جواب بهت این دختر و مادرش ادامه داد: اگر دخترتان دکتری امتحان نداده و قبول نشده بود... .
آنچه که محمود کاری رئیس انجمن ندای معلولان به خبرگزاری ایلنا گفته است، کاهش سهم سازمان بهزیستی در پرداخت هزینه‌های دانشگاه معلولان است. او گفته: سازمان بهزیستی همان۳۰ تا ۴۰ درصدی هم که برای هزینه تحصیل معلولان پرداخت می‌کرد، اکنون به عناوین مختلف درصدد قطع یا کاهش آن است. سازمان بهزیستی این موضوع را گردن دانشگاه آزاد می‌اندازد و این دانشگاه هم می‌گوید، معلولان باید پول بدهند. سازمان بهزیستی می‌گوید، دانشگاه‌ها همکاری نمی‌کنند و دانشگاه‌ها هم می‌گویند،
برای رایگان شدن هزینه تحصیل معلولان بودجه نداریم، به‌طور کلی ناهماهنگی بسیاری در این زمینه وجود دارد. به هر حال هزینه‌های تحصیل معلولان بین دانشگاه‌ها و سازمان بهزیستی بلاتکلیف مانده است. این درحالی است که هیچ‌گاه تحصیل معلولان رایگان نبوده است و این موضوع بستگی به نوع برخورد مددکار با دانشجویان معلول دارد به‌طوری‌که با برخورد سلیقه‌ای به برخی از آنها ۳۰ درصد و به برخی دیگر ۴۰ یا ۵۰ درصد هزینه تحصیل می‌دادند.