حال وجود امام(ع) بود که از هر فرصتی برای نشان دادن راه استفاده و وظیفه مردم را به آنها ابلاغ میکرد. امام(ع) اگرچه در شورش‌های زمانش به‌طور مستقیم دخالت نداشت اما دگرگونی‌های زمان را رهبری میکرد. حج خانه خدا و زیارت مضجع رسول‌الله(ص) بهترین وسیله بود که مردم حضور امام را درک کنند و مشکلات خود را با او درمیان بگذارند و دستورالعمل بگیرند. خلفا در خانه امامان نیز بازرس قرار می‌دادند تا گزارش‌های لازم را به آنان برسانند. به همین جهت گاهی میان امام و دوستانشان پیام‌های رمزی رد و بدل می‌شد. اما اینکه امام مستقیما رهبری انقلابیون را برعهده نمی‌گرفت، هم به جهت این بود که مبارزان حتی علویان در نهضت‌های خود، کاملا اسلامی نبودند و گاهی به جهت منافع و مقام و ریاست می‌جنگیدند و گاهی اهلیت و شایستگی لازم را دارا نبودند، هم به جهت اینکه گاهی آمادگی برای مقابله نداشتند. با وجود این امام(ع) به‌طور غیرمستقیم نهضت‌های مهم را به جهت اینکه سدی در برابر ظلم و ظالم بود، تقویت می‌کردند.
حمایت از مجاهدان: امام‌جواد(ع) که رهبری جامعه را از کودکی بر‌دوش گرفته بودند، در زمانی زندگی میکرد که فشارهای استبدادگران به حد نهایی رسیده بود. او الگوی تلاش‌های مجاهدین زمان و سرچشمه فضیلت و دانش بود. اگرچه مأمون قصد داشت او را در بغداد و مطابق میل خود تربیت کند اما امام به سوی یارانش به مدینه رفت و کار اصلی خود را دنبال کرد. شیعیان تمام بلاد اسلامی نیز او را یافتند و خویشتن را از آن سرچشمه فضیلت سیراب کردند. امام(ع) سخن از حق می‌گفت و کلام خدا را بیان و تشریح می‌فرمود؛ کلامی که باعث می‌شد انسان‌های آماده، به حرکت درآیند. به همین جهت خلفا او را تحت کنترل می‌گرفتند. امام(ع) نیز پیوسته مراقب اطراف و جوانب خود بود که مبادا جاسوسی خود را در سلک یارانش قرار دهد و نفوذ کند و باعث گرفتاری شود و از این لحاظ کنترل دقیقی داشت.
مردی به نام موسی‌بن‌جعفر رازی گوید: با عده‌ای از همشهریان خود خدمت امام‌جواد(ع) به بغداد رفتیم و چون برآن حضرت وارد شدیم، مسائلی را که مورد احتیاجمان بود مطرح کرده و سؤالاتی پرسیدیم. امام به غلام خود، درحالی‌که اشاره به یک تن از همراهان ما کرده بود، فرمود: دست این مرد را بگیر و از اینجا خارج کن که ایشان مرد بیگانه‌ای است و اینجا جای زرنگی و دورنگی نیست و من می‌خواهم با دوستان خود سخن بگویم. آن مرد از جای برخاست و گفت: گواهی می‌دهم که خدایی جز‌الله نیست و محمد فرستاده اوست و علی پیشوای مؤمنان است و پدران تو امامان هستند و به درستی که در این زمان تو حجت خدایی. آنگاه امام فرمود: اکنون که یکرنگی پیشه کردی و از گمراهی به در آمدی و اقرار به واقع کردی، بنشین و به سخنان من گوش فرا ده. پس از آنکه از خانه خارج شدیم، آن مرد به ما گفت: مدت 40سال بود که من زیدی مسلک و با شما نیز دوست بودم و حقیقت عقیده خود را پنهان می‌کردم. این موضوع را هیچ‌کس نمی‌دانست. چون امام مرا شناخت، دانستم که او حجت خداست و به حقانیت او اعتراف کردم.
دعا و مناجات: یکی دیگر از راه‌های مبارزه امام‌جواد(ع) با حکومت غاصب عباسی، ذکر دعا و مناجات است. نقل شده که چون مأمون خواست دخترش را به امام‌جواد(ع) تزویج کند، آن حضرت به مأمون نامه‌ای نوشت که برای هر زنی کابینی از مال شوهرش است و خداوند تعالی اموال و دولت ما را به وعده آخرت مقرر کرده، همانطور که اموال شما را در دار دنیای عاجل ذخیره کرده است و من دختر تو را به مناجات اَلوَسائِلُ اِلَی المَسائِل مهریه می‌کنم که آن را پدرم به من آموخت و او از پدرش آموخت تا برسد به پیامبر گرامی(ص) که آن حضرت فرمود جبرئیل این مناجات را به من داد و گفت:ای محمد! پروردگار با عزت به تو سلام می‌رساند و می‌فرماید: این مناجات کلیدهای گنج دنیا و آخرت است و اینها را وسائل خود برای مسائلت بگردان تا به مطلوب و مقصود خود برسی. اینها را در حوائج دنیویه فقط به‌کار مبند که زیان بری و این مناجات ده وسیله به دو مسئله است. در این مناجات، جهان بینی و مسیر اندیشه و راه و روش امام(ع) تا حدی مشخص می‌شود و راه مبارزه با ظالمان را می‌آموزد و از هر موقعیتی برای پیشبرد هدف خود استفاده می‌کند. این مناجات هرکدام مفهومی عالی و مضمونی ارزنده را یادآوری میکنند.
امام(ع) در ضمن دعایی، راه‌های فعالیت را به پیروان خود نشان می‌دهد. امام(ع) با زبان دعا، مردم را در جریان تحولات و دگرگونی‌ها قرار می‌دهد و اندیشه‌ها و افکار مردم را متوجه مبارزه با ظلم میکنند و عدالت و آزادی را جلوه‌گر می‌سازند. جملاتی از این دعا را ذکر می‌کنیم: «اللهُم اِن ظُلمَ عِبادِکَ قَد تَمَکَنَ فی بِلادِکَ حَتی اَماتَ العَدلَ وَ قَطَعَ السُبُلَ وَ مَحَقَ الحَق وَ اَبطَلَ الصدقَ وَ اَخفَی البِر وَ اَظهَرَ الشَر وَ... خداوندا ستم بر بندگان تو همه جا را گرفته به‌طوری که عدالت را کشته و از بین برده، امنیت را از راه‌ها گرفته، حق را محو کرده و راستی را به‌صورت باطل جلوه‌گر ساخته، نیکوکاری را پنهان کرده و بدی‌ها را آشکار کرده، تقوی و پرهیز‌کاری را فرو نشانده و راه‌های هدایت و راستی را از بین برده، خیر و خوبی را از میان برداشته و زیان را پایدار کرده، فساد را نمودار ساخته و آن را رشد داده، لجاجت را تقویت کرده، ستم را گسترش داده و از حد خود درگذشته. خداوندا! ای پروردگار من! جز قدرت تو چه چیز می‌تواند این وضع را بگرداند و جز الطاف تو کجا پناهی هست؟
خداوندا! پروردگارا! دنباله ستم را قطع کن و این کوه‌های زور‌گویی را درهم فروریز و رونق بازار زشتی‌ها را فرو‌نشان و آن کسانی را که از ستمکاری بیزارند، عزیز کن. بیخ و بن ستم پیشگان را برکن و به آنها جامه‌های سرگردانی را پس از آگاهی‌شان بپوشان! خداوندا! بر آنها به‌زودی شبیخون وارد آور و کیفرهای خویش را برایشان بیار.
خدایا! زندگی منکر را بمیران تا بیمناک ایمنی یابد و افسرده خاطر ایمنی یابد و گرسنه سیر شود و تباه شده محفوظ ماند و رانده شده جایی پیدا کند و فراری داده شده بازگردد و نیازمند توانگر شود. به پناهنده پناه داده شود. آن کس که بزرگ است مورد احترام قرار گیرد. به کودکان لطف شود. ستمدیده‌ها عزیز و ستمکاران ذلیل و خوار شوند. برای غمگینان گشایش پیش آید و رنج‌های غم‌آور برطرف شوند و این آشوب‌های سیاه فرونشیند. اختلاف‌ها ریشه‌کن شود. دانش بر هر چیزی برتری یابد و صلح همه جا را فراگیرد و پراکندگی‌ها جمع شود. ایمان‌ها تقویت شود و قرآن پیوسته خوانده شود. به درستی که تو ای خدای بزرگ، جزاپیشه و نعمت‌بخش، پیوسته الطافت شامل حال بندگان است».