ساختار و بی‌توجهی به نهادهای اجتماعی
به‌طورکلی زیرساخت‌های کشور برای اجرای برنامه پزشک خانواده متناسب‌سازی نشده است و مضافاً اینکه ساختار ستادی و اجرایی این برنامه که در فصل چهارم دستورالعمل آمده است دارای اشکالاتی جدی است. ساختار پیشنهادی نه‌تنها از انسجام و یکپارچگی برخوردار نیست بلکه اساساً به‌نحوی است که هر دستگاهی می‌تواند در قبال مسئولیت‌های پیش‌بینی شده پاسخگو نباشد.
منابع و عدم‌تناسب آن با برنامه
با توجه به اینکه مطابق الگوهای رایج جهانی برنامه نظام ارجاع با محوریت پزشک خانواده در نظام‌های جامع و فراگیر مورد استفاده قرار می‌گیرند و تأمین منابع مالی در این نوع نظام‌ها عمدتاً به‌عهده دولت‌هاست و اصولا از طریق مالیات و یا اخذ سرانه یکسان تأمین می‌شود اما در این دستورالعمل بخش مهمی از منابع مالی درنظر گرفته شده برای اجرای این برنامه از طرف سازمان‌های بیمه‌گر تأمین می‌شود یا متکی به منابع غیرپایدار است.با توجه به رایگان بودن خدمات به‌خصوص دارو به‌نظر می‌رسد برآورد و پیش‌بینی واقع‌بینانه‌ای از هزینه‌های این سطح نشده است.
بی‌توجهی به کنترل هزینه‌ها در سطح دوم وسوم
با توجه به اینکه یکی از هدف‌های نظام ارجاع کنترل هزینه‌های پاراکلینیک غیرضرور و گرانقیمت است و عمدتاً این خدمات در سطح دوم وسوم ارائه می‌شوند و از طرفی پزشک خانواده پس از ارجاع قادر به کنترل مؤثر این اقدامات نخواهد بود لذا درعمل اجرای این برنامه تأثیری در کاهش هزینه‌های غیرضرور و سنگین نخواهد داشت.
تهران؛ مرکز ارائه بالاترین سطح خدمات
با رایگان شدن یا شبه‌رایگان شدن خدمات و با توجه به امکانات ویژه و برخورداری شهر تهران از پزشکان متبحر و پاراکلینیک‌های مجهز و منحصربه‌فرد پیش‌بینی می‌شود سطح دوم و سوم ارائه خدمات در تهران با هجوم انبوهی از بیماران استان و خارج از استان مواجه شود. بدیهی است که بی‌توجهی به این موضوع و عدم‌ساماندهی آن، مشکلات فراوان و نارضایتی مردمی را به‌دنبال خواهد داشت.
وجود دو دانشگاه متولی در تهران
با توجه به اینکه مناطق 22گانه شهر تهران توسط دانشگاه‌های علوم‌پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی تهران و دانشگاه علوم‌پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی شهید بهشتی پوشش داده می‌شود لذا هرگونه عدم‌هماهنگی و اتخاذ روش اجرایی متفاوت بین این دو دانشگاه می‌تواند مشکلات عدیده‌ای را برای شهروندان ایجاد کند.
پراکندگی جمعیت و مراکز بیمارستانی در تهران
باتوجه به مناطق تحت پوشش دانشگاه‌ها مشاهده می‌شود که تراکم جمعیت عمدتاً در حوزه دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی شهید بهشتی بوده ولی اکثر بیمارستان‌ها تحت نظر دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی تهران اداره می‌شود.
با توجه به بافت شهر تهران پراکندگی پزشکان به‌خصوص پزشکان عمومی با پراکندگی جمعیت متناسب نیست و دایر کردن مطب درمناطق خاصی از شهر که احتمالاً با کمبود پزشک خانواده مواجه خواهند شد مستلزم توانایی مالی بالایی است که عمدتا خارج از توان پزشکان عمومی و حتی تعداد زیادی از متخصصین است.باتوجه به محددوه درنظر گرفته 1.5 کیلومتر به‌عنوان محدوده ثبت‌نام شهروندان و انتخاب پزشک خانواده به‌نظر می‌رسد این موضوع در تهران با مشکل اجرایی مواجه خواهد شد.