وی دانش‌آموخته رشته مهندسی معماری از دانشگاه علم و صنعت تهران در مقطع کارشناسی و برنامه ربزی اقتصادی از دانشگاه علامه طباطبایی در مقطع کارشناسی ارشد است.
از سوابق مدیریتی باهنر می‌توان به معاونت استانداری کرمان، دو دوره عضویت در مجمع تشخیص مصلحت نظام و نمایندگی ۷ دوره مجلس (دور دوم و هفتم از کرمان و ادوار سوم، چهارم، پنجم، هشتم و نهم از تهران) اشاره کرد.
وی همچنین عضویت شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی، دبیر کلی جامعه اسلامی مهندسین، نایب رییسی جبهه پیروان خط امام و رهبری، ریاست فراکسیون اصولگرایان مجلس هفتم، نایب رییسی فراکسیون اصولگرایان مجلس هشتم، عضویت به عنوان موسس شورای هماهنگی نیروهای انقلاب، مسئولیت تشکیلات استان تهران حزب جمهوری اسلامی، عضویت همزمان در ۲ کمیسیون زیربنایی و سیاسی- امنیتی مجمع تشخیص مصلحت نظام و عضویت کمیسیون تدوین سند چشم انداز بیست ساله در مجمع تشخیص مصلخت نظام را در کارنامه فعالیت‌های سیاسی خود دارد.
محمدرضا باهنر برادر شهید، دکتر محمدجواد باهنر است.
سوابق پارلمانی باهنر نیز شامل این موارد است:
- عضو هیات رییسه در دوره چهارم و پنجم
- نایب رییس مجلس در دوره هفتم، هشتم و نهم
- عضویت در کمیسیون‌های عمران، اقتصاد، اجتماعی و کمیسیون تلفیق
- نایب رییس و عضویت در کمیسیون بودجه
- عضو ارشد فراکسیون اصولگرایان مجلس از دوره چهارم
وی در مجلس نهم از شهر تهران به عنوان کاندیدای جبهه متحد اصولگرایان معرفی شد و در دور دوم به عنوان نماینده ششم وارد مجلس شورای اسلامی شد. آراء وی در این مرحله بیش از مرحله قبل بود که به عنوان یک پدیده در انتخابات مجلس نهم مطرح شد.
همچنین محمدرضا باهنر در سال ۱۳۹۲ در جریان یازدهمین دوره ریاست جمهوری اعلام کاندیداتوری کرد.