او که تا چند ساعت قبل از انتخاب‌شدنش به عنوان وزیر ارشاد، گزینه وزارت علوم نیز بود، تا قبل از حضور در این پست فکر نمی‌کرده روزی وزیر ارشاد شود. سید محمد حسینی می‌گوید: «در ذهنم نبود که به وزارت ارشاد بیایم؛ به‌ویژه اینکه در دولت نهم در وزارت علوم مسئولیت داشتم و کمتر به ذهنم می‌رسید دوباره به کارهای فرهنگی برگردم.»
حسینی در دولت نهم رئیس دانشگاه پیام نور بود و آنچه از آن به عنوان فعالیت فرهنگی یاد کرده، احتمالا مربوط به دوران حضورش در شرکت سروش به عنوان مدیرعامل است. وزیر ارشاد در گفت‌وگویی مفصل با فارس درباره بسیاری از نکات و اتفاق‌های فرهنگی 4سال اخیر صحبت کرده که جالب‌ترین آنها انتقاد از مدیریت سینمای کشور است. حسینی درباره ارزیابی‌اش از حوزه سینما می‌گوید: «ما ضعف داشتیم و نمی‌خواهیم انکار کنیم؛ ضمن اینکه نقاط قوت فراوانی هم داشتیم، بخشی از این شاید به ضعف مدیریت باز می گردد. اینکه خود دست‌اندرکاران معاونت سینمایی ما، غالبا سینماگر بودند. اما این بدان معنا نیست که هنرمندان و سینماگران مدیران خوبی هم باشند.
گاهی عنوان می‌شد که کار را به هنرمندان و سینماگران واگذار کنید، عملا نشان داده شد گاهی فردی که با این حوزه آشناست، اما به عنوان فرد حرفه‌ای آن رشته شناخته نمی‌شود، چه بسا بهتر بتواند خدمت کند.» وزیر ارشاد که به‌واسطه درگیری‌های مداوم جواد شمقدری با اهالی سینما دچار حاشیه‌های زیادی شد، می‌افزاید: «خود هنرمندان ما میان خودشان دسته‌بندی دارند، یعنی اختلاف‌نظرهایی میان آنهاست، گرایش‌های مختلف فکری سیاسی دارند. به همین دلیل وقتی فردی را انتخاب می‌کنید، عده‌ای از همان ابتدا نسبت به او موضع دارند اما فردی که از بیرون وارد مجموعه می‌شود این حساسیت‌ها پیرامون او کمتر است.» وی در پاسخ به این سؤال که تجربه یک سینماگر در معاونت سینمایی تجربه موفقی نبوده، تصریح می‌کند: «احتمال ناموفق‌بودن تجربه مدیریت مخصوصا برای افرادی که حساسیت نسبت به آنها وجود دارد، بیشتر است. البته ممکن است در این میان افرادی را بیابید که مقبول همگان باشند.» حسینی می‌گوید: «برخی از نمایندگان مجلس و سیاسیون از ماجرای خانه سینما اطلاع نداشتند ولی درباره آن در مطبوعات اظهارنظر می‌کردند.» به نظر می‌رسد یکی از کسانی که اطلاع چندانی از جایگاه و اهمیت خانه سینما نداشت، شخص وزیر ارشاد بود که به راحتی زیر بار انحلال و تعطیلی این تشکل صنفی رفت.
بسته‌شدن خانه سینما که حالا بازگشایی آن یکی از دغدغه‌های دولت دهم در روزهای پایانی فعالیتش است، یکی از تصمیمات اشتباه و حاشیه‌ساز وزیر ارشاد بود. قطعا اگر سید محمد حسینی نسبت به حوزه فرهنگ و به‌خصوص سینما شناخت و اشراف بیشتری داشت اجازه نمی‌داد معاونانش پوست خربزه‌ای به نام انحلال خانه سینما را زیر پایش قرار دهند. با این همه حسینی اعتقاد دارد برخی در مورد عملکرد وزارت ارشاد بی‌انصافی می‌کنند. حسینی می‌گوید: «برخی ادعاهایی می‌کنند که فرضا باید برگردیم به 8سال قبل و... از طلاگشتن پشیمان گشته‌ایم، مرحمت فرموده ما را مس کنید، تعبیرهایی می‌کنند که انگار فرهنگ و هنر در این مدت تعطیل بوده است، این بی‌انصافی است. بیایند این دوره را با دوره گذشته مقایسه کنند. ببینند چه تعداد اجرای موسیقی، تئاترو... داشته‌ایم و چقدر کتاب منتشر شده. در همین سینمایی که عده‌ای آیه یاس می‌خوانند و می‌گویند کاری نشده، تولیدات بیشتری در این مدت بوده است.» وی با اشاره به نام فیلم‌های «چارچنگولی» و «خروس جنگی» که در دوره مدیریت صفار هرندی ساخته شده، می‌گوید: «از اسامی این فیلم‌ها مشخص بوده چه هستند، اما الان سعی شده در این مدت فیلم‌های اجتماعی و سیاسی ساخته شود.»
انتقاد دیرهنگام
انتقاد وزیر ارشاد از برخی معاونان و مدیرانش در آخرین روزهای فعالیت دولت دهم تنها به‌درد ثبت در تاریخ می‌خورد. سیدمحمد حسینی برای اولین‌بار در طول این 4سال از مدیریت جواد شمقدری انتقاد به‌عمل آورده است. کافی است کمی حافظه تاریخی داشته باشیم تا به یاد بیاوریم محمدحسین صفارهرندی وزیر ارشاد دولت نهم چگونه با معاون امور سینمایی‌اش برخورد می‌کرد و تا چه حد بر کار جعفری‌جلوه نظارت داشت. پیش از او نیز در روابط میان وزیر ارشاد و معاونانش، در طول نزدیک به 3دهه، به‌ندرت شاهد مناسباتی از نوع آنچه که میان محمد حسینی و معاونش جواد شمقدری جریان داشت، بوده‌ایم. رئیس سازمان سینمایی کشور در طول این 4سال سطح روابطش با وزیر ارشاد جوری تعریف شده بود که انگار حوزه سینما جزیره‌ای جداگانه و خودمختار است. به‌گونه‌ای که شمقدری در اغلب موارد خود را تنها برابر شخص رئیس‌جمهور پاسخگو می‌دانست. همین الان هم مکاتبات میان احمدی‌نژاد و شمقدری درباره خانه سینما درحالی اتفاق می‌افتد که انگارنه‌انگار وزیر ارشادی هم در کابینه وجود دارد. نادیده گرفتن وزیر ارشاد از سوی رئیس سازمان سینمایی درحالی صورت گرفت که موضع انفعالی شخص وزیر نیز در این اتفاق تأثیرگذار بود. حالا وزیر ارشاد می‌گوید، اگر دوباره وزیر می‌شد در انتخاب مدیرانش بیشتر دقت می‌کرد. مدیرانی که اغلب آنها توسط فردی جز وزیر ارشاد انتخاب شده بودند و سیدمحمد حسینی تنها حکم مدیریتشان را امضا کرده بود.