آن‌زمان قرار بر آن بود تا با ساماندهی انبار موزه ملی ایران به‌عنوان غنی‌ترین موزه کشور از آثار و اشیای تاریخی و باستانی، وضعیت اشیای موجود در این انبار مشخص شود و با دسته‌بندی این اشیا از نابودی آنها جلوگیری شود.اکنون در آستانه 3سالگی این وعده محقق نشده خبرگزاری میراث فرهنگی اعلام کرد که کارشناسان موزه ملی ایران خبر از هزاران شیء بلاتکلیف در انبار مهم‌ترین موزه کشور می‌دهند و این در حالی است که رئیس موزه ملی ایران از نبود بودجه برای ثبت و ساماندهی حجم انبوهی از آثار تاریخی کشور می‌گوید. براساس آنچه این خبرگزاری اعلام کرده است، درحال‌حاضر نزدیک به 200هزار شیء تاریخی در انبار موزه ملی ایران نگهداری می‌شوند که هنوز توسط کارشناسان و امنای اموال ثبت و شناسایی نشده‌اند.
اما ماجرا تنها به این موضوع ختم نمی‌شود بلکه براساس آنچه خبرگزاری میراث فرهنگی نوشته است شایعه‌های فراوانی از گم شدن و به سرقت رفتن اشیای موزه ملی ایران در سال‌های اخیر منتشر شده است.براساس این گزارش، موزه ملی ایران گنجینه‌ای از متنوع‌ترین اشیای تاریخی ایران است که وظیفه نگهداری، نمایش و پژوهش‌های باستان‌شناختی را بر‌عهده دارد اما اکنون، این موزه که از نظر حجم، تنوع و کیفیت آثار یکی از چند موزه بزرگ جهان محسوب می‌شود از نبود بودجه و عدم‌ساماندهی 200هزار شیء تاریخی رنج می‌برد.این گزارش موزه ملی ایران را به گورستان اشیای تاریخی توصیف کرده تا موزه‌ای زنده و پویا که در سال‌های اخیر نیز با مشکلات بی‌شمار دست و پنجه نرم کرده است.
براساس این گزارش سایه مدیران غیرمتخصص، نبود بودجه و سروسامان ندادن به ماحصل کاوش‌های باستان‌شناسی منجر به تقویت شنیده‌هایی مبنی بر خروج و سرقت اشیای تاریخی از موزه ملی ایران شده است. برخی امین‌اموال‌ها و کارشناسان موزه ملی ایران نیز با گلایه از وضعیت مدیریتی موزه ملی به خبرگزاری میراث‌فرهنگی گفته‌اند، از زمانی که ریاست سازمان میراث‌فرهنگی را اسفندیار رحیم‌مشایی به‌عهده گرفت و محمدرضا مهراندیش مدیر روابط عمومی آن به‌عنوان مدیر موزه ملی منصوب شد باب مدیریت غیرتخصصی در این مجموعه باز شد.
کارشناسان موزه ملی که بدون ذکر نام حاضر به گفت‌وگو شده‌اند حتی گفته‌اند، حضور مدیران ناکارآمد همچون حمید بقایی و پافشاری بر طرح دورکاری امین اموال‌ها، شائبه‌های فراوانی را درخصوص سرقت و خروج اشیاء از موزه ملی ایران به‌وجود آورد. این اظهارات در حالی انجام شده است که به گفته برخی امین اموال‌ها و کارشناسان موزه ملی ایران هیچ سندی دال بر اینکه شیئی از مخازن ثبت شده موزه ملی ایران، خارج شده است وجود ندارد.
به گفته این کارشناسان، این احتمال وجود دارد که در زمان جابه‌جایی نمایشگاه‌ها و انبار ساماندهی اشیای تاریخی امکان خروج اشیاء وجود داشته باشد چراکه نزدیک به 200هزار شیء ثبت نشده در انبار ساماندهی موزه ملی وجود دارد که ثبت و ضبط آنها از دوره مدیریت داریوش اکبرزاده تاکنون متوقف مانده است. اسدالله محمدپور رئیس موزه ملی ایران ولی تعداد اشیایی که در انبار ساماندهی موزه ملی ایران وجود دارد را 200هزار شیء نمی‌داند و معتقد است اشیای موجود در انبار ساماندهی موزه ملی ایران بسیار کمتر از آمار ارائه شده است.
رئیس موزه ملی ایران همچنین در رابطه با ساماندهی اشیای ثبت‌نشده در موزه ملی ایران می‌گوید: در مدتی که مدیریت موزه را تحویل گرفته‌ام بخشی از کارهای ساماندهی اشیای ثبت نشده انجام شده و گزارش‌های آن نیز موجود است اما مابقی کارهایی که متوقف شده به‌دلیل نبود فضا و بودجه کافی است.
براساس آنچه محمدپور می‌گوید، طرحی در موزه ملی ایران برای تجهیز انبار مخزن موزه در حال آماده‌سازی بود که این طرح نیز براساس آنچه رئیس موزه ملی ایران می‌گوید، به‌دلیل نبود بودجه متوقف شده است. محمدپور همچنین در پاسخ به این پرسش که در سال‌های گذشته به‌خصوص در دوران ریاست حمید بقایی در سازمان میراث‌فرهنگی چه تعداد امین‌اموال دورکار شده‌اند گفت: درحال‌حاضر هیچ‌کدام از امین اموال‌های موزه ملی دورکار نیستند و تمامی بخش‌ها امین اموال مشخص دارد. اگرچه رئیس موزه ملی ایران تنها از نبود بودجه گلایه دارد و می‌گوید چون پول نیست طرح‌ها خوابیده ولی کارشناسان موزه ملی ایران ارزیابی مثبتی از وضعیت نگهداری اشیای تاریخی در مهم‌ترین موزه کشور ندارند.به‌اعتقاد یکی از کارشناسان که حاضر به درج نام خود در این گزارش نشده است، در سال‌های بختک سیاست، مدیریت غیرتخصصی بر موزه ملی ایران به‌عنوان یک نهاد علمی و حساس، سایه افکند.