فعالیت در این زمان طولانی در یک حوزه بسیار حساس، ایجاب می‌کرد که عملکرد این مدارس، مورد نقد و تحلیل اساسی قرار بگیرد اما متاسفانه چنین نشده است.
نقد و بررسی کارشناسانه این حسن را دارد که مدارس غیراستاندارد و غیرمفید از چرخه خارج شوند. برخی مشکلات و معایب مدارس غیرانتفاعی را می‌توان اینگونه برشمرد:
ساختمان مدارس غیرانتفاعی اغلب مسکونی بوده و هیچگونه تناسبی با مدارس متعارف و استاندارد ندارند؛ نه حیاط فراخی که محلی برای رفع خستگی و تفریح ضروری دانشآموزان باشد و نه آزمایشگاهی که دانشآموزان بتوانند علم را تجربه کنند و نه کلاس‌هایی درخور که دانشآموزان قادر باشند به درس گوش فرا بدهند. در بسیاری از مدارس غیرانتفاعی، میزها و نیمکت‌ها، حداقل وضعیت قابل قبول را ندارند و اصول علم ارگونومی در ساخت آنها رعایت نشده است. در برخی از این مدارس نگاه صرفا اقتصادی به دانش‌آموز، معیارها و سنجش‌های منصفانه برای درک دانش‌آموز و پیشرفت تحصیلی را تحت‌الشعاع قرار می‌دهد. مدارس غیرانتفاعی با این هدف تاسیس شدند که به تامین فضاهای آموزشی کشور و بهبود آموزش و پرورش کمک کنند اما نه‌تنها این هدف برآورده نشده، بلکه بر روند مدرسه‌سازی در کشور تاثیر منفی گذاشته‌اند. افت کیفیت تحصیلی دانشآموزان در مقایسه با گذشته، از نتایج ناکارآمدی اکثریت مدارس غیرانتفاعی است.
یکی از دلایل رشد قارچ‌گونه مدارس غیرانتفاعی در شهرهای بزرگ، بی‌توجهی وزارت آموزش و پرورش و دولت‌های وقت به تامین اعتبارات لازم برای ساخت و توسعه مدارس دولتی است. به وضوح دیده می‌شود که هر سال هنگام ثبت‌نام، معدود مدارس دولتی که هنوز فعالیت دارند، پر می‌شوند و دانشآموزان به ناچار به مدارس غیرانتفاعی روی می‌آورند و هزینه سنگینی بر خانواده‌های این دانشآموزان تحمیل می‌شود.
سوای اینکه طبق قانون اساسی، تحصیلات در کشور باید رایگان باشد، کمرنگ‌شدن حضور مدارس دولتی و افزایش بی‌رویه مدارس غیرانتفاعی عملا امکانات و فضای تحصیل را بر خانواده‌های کم‌درآمد کشور تنگ کرده است.
اگر ساخت و توسعه مدارس دولتی به سرعت امکان‌پذیر نیست، دولت دست‌کم در تامین شهریه دانش‌آموزانی که به‌ناچار به مدارس غیرانتفاعی روی می‌آورند کمک کند و مدرسه‌سازی را با هدف تامین مدارس دولتی بیشتر برای مردم کم‌درآمد شدت بخشد.