وی پس از آن راهی اصفهان شد و حکمت و فلسفه را نزد میرزا حسن نوری و محمدرضا صهبای قمشه‌ای آموخت تا بدانجا که در علوم عقلی به کمال رسید. آخوند ملامحمد کاشانی از آن پس در مدرسه جده کوچک و مدرسه صدر اصفهان به تدریس علوم عقلی پرداخت و جاذبه درس ایشان که فلسفه را با عرفان می‌آمیخت، علاقه‌مندان به فلسفه، به‌ویژه فلسفه ملاصدرا را از شهرهای دور و نزدیک و حتی از کشورهای دیگر به اصفهان می‌کشاند. برای این حکیم ربانی بیش از 100 شاگرد برشمرده‌اند که همگی از علمای بزرگ روزگار خویش بودند. ازجمله شاگردان او می‌توان به حاج‌آقا رحیم ارباب، سیدحسین بروجردی، شیخ محمد حکیم خراسانی، سیدمحمدرضا خراسانی، آقا ضیاءالدین عراقی، آقا نجفی قوچانی و سیدحسن مدرس اشاره کرد. آخوند کاشی را می‌توان در شمار آخرین حلقه‌های سنت مدرسیِ مکتب اصفهان قرار داد. بسیاری از بزرگان هم‌عصر و شاگردان آخوند کاشانی، او را اهل تزکیه می‌دانستند و از او کراماتی نقل کرده‌اند. طی پنجشنبه و جمعه گذشته، همایشی در شناخت اندیشه‌ها و مقام اخلاقی و عرفانی این عالم بزرگ شیعی در مشهد‌اردهال کاشان برگزار شد. آنچه در پی می‌آید شمه‌ای است از شخصیت علمی و همچنین احوالات روحی این فیلسوف و عارف ربانی.
در محله پشت مسجد جامع جوشقان استرک از یک خانواده کشاورز و مؤمن، فرزندی به سال 1213هجری شمسی به دنیا آمد که نام او را محمد گذاشتند. عشق و علاقه مذهبی او به دین و فراگیری علوم دینی سبب شد روستا را ترک کرده و به شهر عالم‌خیز کاشان رهسپار شود. او وارد مدرسه سلطانی ( امام‌خمینی ره) بازار کاشان شد. فضای معنوی مدرسه او را مجذوب خود ساخت. از تحصیلات مقدماتی آخوند کاشی در کاشان اطلاع کاملی در دست نیست؛ اما زمانی آخوندکاشی برای شاگرد خود آیت‌الله غروی کاشانی نقل کرده بود که من در کاشان از پدر شما آیت‌الله ملا محمد‌حسین نطنزی کاشانی هندسه و ریاضی و از برادرش ملا محمد‌حسن نطنزی کاشانی فلسفه و حکمت را آموختم و بعد، از درس آیت‌الله ملامحمد نراقی فرزند ملا احمد نراقی بزرگ استاد مدرسه و سرپرست مدرسه سلطانی امام‌خمینی(ره) بهره‌مند شدم. ملا محمد جوشقانی(آخوند کاشی) که در سال 1260هجری قمری وارد مدرسه علمیه کاشان شده بود تا سال 1286هجری قمری در آنجا به تحصیل و بعد به تدریس مشغول بود. او در کاشان به‌مراتب علمی بالایی دست یافت و از نظر معنوی دارای روحی پاک و نفسی طاهر بود.
آخوند علاوه بر اینکه یک عالم، عارف، حکیم، فقیه، منجم، ریاضی‌دان بود و در تمام این علوم تبحر زیادی داشت، علاقه‌مند به ورزش و اهل ورزش زورخانه‌ای هم بود. ایشان زمانی در اصفهان، داستان ورزشی خود را برای رفیقش جهانگیرخان قشقایی نقل می‌کرد. جهانگیرخان به شوخی از او پرسید: آیا هنوز که کهنسال هستید به ورزش پهلوانی تمایل دارید؟ آخوند جواب داد: تا کدام زورخانه باشد.
آخوند کاشی در سال 1286هجری قمری بعد از اینکه 37سال از زندگی‌اش می‌گذشت برای ادامه تحصیل و استفاده از استادان بنام حوزه اصفهان که در آن زمان از مهم‌ترین حوزه‌های ایران بود، به اصفهان رفتند و از محضر مهم‌ترین استاد فلسفه آن زمان که نامش در همه‌جا مشهور بود یعنی فیلسوف نامدار، آقا محمدرضا قمشه‌ای بهره‌مند شدند و همچنین از ملا‌حسین تویسرکانی و میرزا حسن نوری و دیگران استفاده کردند.
آخوند کاشی نزدیک به نیم قرن حضور در اصفهان شاگردان زیادی را تربیت کردند که متجاوز از 100تن آنها از شخصیت‌های معروف و بنام و تعدادی از آنها بعد‌ها از مراجع تقلید شدند. برخی از این بزرگان از این قرارند:
1 - آیت‌الله‌العظمی آقا ضیاءالدین‌عراقی از مراجع تقلید
2 - آیت‌الله‌العظمی سیدابوالحسن اصفهانی از مراجع تقلید
3 - آیت‌الله‌العظمی سیدحسین طباطبایی بروجردی از مراجع تقلید
4 - آیت‌الله حاج شیخ حسنعلی نخودکی‌اصفهانی
5 - آیت‌الله شهیدسیدحسن مدرس
6 - آیت‌الله سیدمحمد حسین رضوی کاشانی
7 - آیت‌الله حاج شیخ محمد غروی کاشانی
8 - آیت‌الله سیدمصطفی کاشانی پدر آیت‌الله سیدابوالقاسم کاشانی
9 - آیت‌الله سیدمحمود مرعشی نجفی پدر آیت‌الله‌العظمی مرعشی نجفی از مراجع تقلید
در زیر به برخی از ویژگی‌های شخصیتی و علمی و دینی ایشان اشاره می‌شود:
1 - در جایی از شاگردش آقا نجفی قوچانی، نقل شده که همیشه پیش از درس به قدر یک ربع موعظه و نصیحت می‌کرد که خیلی مؤثر واقع می‌شد، به‌طوری که مصمم می‌شدیم از دنیا و مافیها صرف‌نظر کرده، متوجه آخرت شویم. به واسطه تأثیرات مواعظ استاد که منظومه را نزد او می‌خواندیم و به اقتضای معارفی که از ایشان گوشزد ما می‌شد کم‌کم متمایل به شب زنده‌داری شدیم.
2 - آخوند الگوی علم و اخلاق بود و در هر دو زمینه به رشد و بالندگی شاگردان توجه داشت. او قبل از تدریس با مواعظ خود جان و روان شاگردان را شست‌وشو می‌داد و با دلی پاک و نورانی به افاضات علمی می‌پرداخت.
3 - در محیط‌های علمی، رفاقت و صمیمیت استادان و شخصیت‌های برجسته با یکدیگر و عدم‌حسد‌ورزی و گرامی داشتن یکدیگر، هم موجبات دلگرمی مردم را به دین زیادتر می‌کرد و هم در رشد و شکوفایی طالبان علم و جامعه تأثیر بسزایی داشت. آخوند کاشی و رفیق شفیقش جهانگیرخان قشقایی اینگونه بودند. بین این دو استاد فلسفه، آن مناقشاتی که متأسفانه بین عده‌ای از علما و رؤسای روحانی دیده می‌شود، به هیچ وجه وجود نداشت. یکی از دلایل این مسئله این بود که هر دو استاد به حقیقت، اهل دین و دانش بودند نه از قماش جاهلان عالم نما، این بود که به هیچ وجه با یکدیگر رقابت و هم‌چشمی و منازعت نداشتند بلکه با کمال رعایت احترام و مودت و یگانگی با یکدیگر رفتار می‌کردند و به بزرگداشت یکدیگر اهتمام می‌ورزیدند.
4 - قبل از تحریم تنباکو توسط میرزای شیرازی، آقا نجفی در اصفهان حکم به تحریم آن داده بود. در آن زمان بزرگانی مثل آخوند کاشی، جهانگیر خان قشقایی و سیدمحمدباقر درچه‌ای با اینکه بسیار جوان بودند به تأیید این حرکت پرداختند.
5 - آخوندکاشی با اینکه خود صاحب‌نظر بودند و در رأس حوزه اصفهان قرار داشتند، وقتی درباره مسائل حکومتی از او نظر می‌خواستند، می‌گفتند: امروز علم بر دوش بزرگان حوزه نجف است ما هم در این زمینه تابع نظر آنها هستیم.
6 - شاگردش شهید مدرس نقل کرده است که زمانی که در اصفهان نزد آخوند کاشی درس می‌خوانده، آخوند در نهایت فقر زندگی می‌کرد.
7 - آخوند الگوی عبودیت و بندگی تمام بود. این مسئله از زبان شاگردان او همواره نقل شده و همه به آن تصریح کرده‌اند. آیت‌الله مظاهری در این‌باره در جایی گفته‌اند: ملا محمد کاشی (قدس سره) یکسره عبد صالح پروردگار بود و در تمام ابعاد و شئون زندگی خود اقتضای عبودیت و بندگی خداوند متعال را رعایت می‌کرد و هیچ‌گاه از این دایره، خارج نمی‌‌شد و با تمام وجود، دریافته بود که استغنا از بندگی و عبودیت، جز به مسیر سرکشی و طغیان در برابر خدا و خلق راه نمی‌برد.
8 - نماز آخوند کاشی زبانزد عام و خاص بود. او بر حسب معرفت شهودی خود به خداوند و تأسی به حضرات معصومین و مولا‌امیرالمؤمنین(ع)، نمازش حضور کامل بود و در نماز دل از ما‌سوی‌الله برمی‌گرفت و توجه به ذات ربوبی حال و نشاطی در نماز برای او حاصل می‌کرد.
در حین مناجات شبانه او هر شب در قنوت نماز وتر دعای ابوحمزه ثمالی ر ا با سوز و گدازی خاص قرائت می‌کرد و ذکر سبوح قدوس او در نیمه شب‌ها طنین‌افکن بود. آخوند کاشی در طول عمر با برکت خود از مطرح شدن دوری گزیدند. حوزه اصفهان بدون نام آخوند کاشی و جهانگیرخان معنا و مفهومی نداشت و همواره نام آخوند وجهانگیر خان ورد زبان طالبان علم بود. سفارش کرده بود که پس از وفاتش او را در بیابانی به خاک بسپارند که فقرا و غربا را دفن می‌کنند و بر لوح قبرش نوشته شود «فقیرالحق اضعف خلق‌الله». شاگردانش هم بر حسب وصیتش او را در تکیه ملک در قبرستان تخت‌فولاد اصفهان در 20شعبان 1333ه. ق به خاک سپردند.