بررسي اين آيين‌نامه نشان از آن دارد كه اقدامات كارشناسي خوبي در تهيه آن به كار رفته است و اغلب مشكلاتي كه طي سال‌هاي اخير در خصوص احراز مصاديق ايثارگري پيش آمده را بررسي و براي رفع آن پيش‌بيني شده است.
از موارد مهم در اين آيين‌نامه تعيين مرجع حل اختلاف در كليه مصاديق ايثارگري است. برابر ماده(10) اين آيين‌نامه در صورت بروز اختلاف در تعيين مصاديق عملي ايثارگري گردش كار شماره5173 مورخ 69/11/11 مصوب مقام معظم‌رهبري ملاك عمل خواهد بود. با اين مصوبه كميسيون ماده16 رسيدگي به شكايات جانبازان ديگر اختياري در خصوص ورود به حل اختلاف مصاديق جانبازي مشمولين نيروهاي مسلح را ندارد.
برابر بند(2) رديف (ب) ماده11 آيين‌نامه بنياد موظف است ظرف مدت 3 ماه از تاريخ ارسال پرونده توسط نيروهاي مسلح و وزارت اطلاعات وجود ابهام يا نقص مدارك را اعلام و تكميل مدارك پرونده را درخواست كند. با اين بند مهلت رسيدگي 3ماهه براي بنياد پيش‌بيني شده و اين از نكات مثبت آيين‌نامه و مانع از سرگرداني ايثارگران براي مدت طولاني خواهد بود. البته اين نكته قابل تأمل وجود دارد كه اگر بنياد ظرف اين مدت به پرونده رسيدگي نكرد تكليف ايثارگران يا بازماندگان آنان چه خواهد شد. همچنين در بند پ ماده 11 ستاد كل نيروهاي مسلح موظف است به پرونده‌هاي اختلافي ظرف 3 ماه از تاريخ وصول رسيدگي و رأي نهايي را صادر نمايد. حال اگر ظرف 3ماه رأي نهايي صادر نگرديد، مشمولين آيين‌نامه با اطاله رسيدگي چه كنند؟
آيين‌نامه مصاديق عملي ايثارگري درباره كساني كه در حملات هوايي يا موشكي يا بمب‌گذاري‌ها كشته و مجروح مي‌شوند گرفتار نوعي ابهام در رسيدگي به شكايات ذي‌نفعان است. نيروهاي مسلح در خصوص صدور و تشكيل پرونده آنان هيچ نقشي ندارند و طبيعي است مشمول گردش كار مصوب مقام معظم رهبري نمي‌باشند. چنانچه رسيدگي به شكايات مجروحين اين حوادث همچنان بر عهده كميسيون ماده 16 است بايد در آيين‌نامه به آن اشاره كرد تا از جامعيت كافي برخوردار باشد. علاوه بر آن براي رسيدگي به شكايات كشته‌هاي اين مورد نيز محلي براي رسيدگي پيش‌بيني نشده است.
مهم‌ترين موضوع در آيين‌نامه اجرايي بحث‌ماده 13 اين آيين‌نامه است كه پيشنهاددهندگان آن به دنبال احياي ماده 6 قانون جامع خدمت‌رساني به ايثارگران بوده‌اند كه توسط شوراي نگهبان مغاير با قانون اساسي شناخته و از متن مصوبه مجلس حذف گرديد. نظر به اينكه موضوع ماده13 از حساسيت زيادي برخوردار است در مقاله آتي به بررسي آن خواهيم پرداخت.