او سابقه تحصيل در حوزه علمیه قائم (عج) در تهران و نیز حوزه علمیه حضرت زینب (س) در سوريه را دارد.
شیخ النمر نزد اساتیدی همچون آیت‌الله العظمی سید محمد تقی مدرسی و آیت‌الله سید عباس مدرسی و آیت الله خاقانی در تهران و سوریه به تلمذ پرداخته است.
وی پس از اخذ درجه اجتهاد در کنار اقدامات روشنگرانه خود به تدریس علوم دینی در مراکز دینی عربستان پرداخت. وی پس از بازگشت به عربستان مرکز مذهبی "الإمام القائم (عج)" را در شهر العوامیه تأسیس کرد که سنگ‌بنای "مرکز اسلامی" در سال ۱۴۲۲ هجری قمری مصادف با ۲۰۱۱ میلادی بود.
این عالم برجسته عربستانی پیوسته در سخنرانی‌های خود خواهان ایجاد تغییرات سیاسی و به رسمیت شناختن آزادی‌های عمومی و به رسمیت شناختن حقوق اقلیت‌ها و کنار گذاشتن تبعیض طایفه ای در عربستان بوده است.
وی برای اولین بار در سال 2006 بازداشت شد. اولین بازداشت وی در حالی صورت گرفت که از کنفرانس بین‌المللی که در بحرین برگزار شده بود بازگشت و دلیل بازداشت وی نیز ارائه درخواستی از دولت عربستان برای بازسازی قبرستان بقیع و به رسمیت شناختن مذهب تشیع بود.
وی در سال‌های 2008 و 2009 نیز به دلیل انتقاداتی که از رژیم آل سعود کرده بود بازداشت شد.
اما در سال 2012 پس از انتقاد از یکی از اعضای رژیم آل سعود توسط حمله مسلحانه نظامیان آل سعود زخمی و سپس بازداشت شد.
شیخ نمر همواره در خطابههایش رژیم سعودی را به اعمال "سیاست‌‌های تبعیض آمیز طایفه‌ای سازمان یافته و منظم به ویژه در مناطق شرقی عربستان و به خصوص در دو منطقه "الاحساء" و "القطیف" متهم می‌كرد كه حدود یك قرن است، بر این مناطق حاكمیت دارد.
وی همواره و بارها تأكید داشته كه از گفتن كلام حق، بیم و واهمه‌ای ندارد حتی اگر در این راه بازداشت شده، وارد زندان شود و تحت شدیدترین شكنجه‌ها و آزارها و اذیت‌ها تا سرحد شهادت قرار گیرد.
شیخ نمر توهین به كرامت شهروندان عربستانی به ویژه شهروندان شیعی را كه از دید رژیم سعودی شهروندان درجه دو این كشور به شمار می‌‌آیند و فاقد هرگونه حق و حقوق شهروندی هستند، رد و تاكید می‌كند كه از كرامت و حقوق شهروندان شیعی عربستانی حمایت خواهد كرد.
وی بارها در این ارتباط تأكید كرده است كه در خط اول رویارویی با ظلم و جور رژیم سعودی قرار می‌‌گیرد چون اعتقاد دارد بدون مبارزه و تلاش نمی‌توان به حقوق مورد نظر خود دست یافت و عدالتی در كشور برقرار نخواهد شد و شهروندان نمی‌‌توانند آزاد زندگی كنند.
وی همواره در خطبه‌های نمازجمعه و خطابههایش نه تنها از آل سعود انتقاد می‌كند بلكه از منتقدان سرسخت برخی از رژیم‌های عربی حوزه خلیج فارس از جمله آل خلیفه است.
شیخ نمر زمانی که در سال 2012 بازداشت شد خشم عمومی شیعیان عربستان را برانگیخت و طی این دوسال که وی در زندانهای آل سعود به سر می برد تظاهرات گسترده ای در حمایت از وی در عربستان برگزار شد.
پس از دستگیری شیخ نمر اعتراضات مردمی زیادی در مناطق شرق عربستان انجام شد. شیعیان بلافاصله به خیابان‌ها ریختند و نیروهای امنیتی رژیم سعودی به‌شدت آنها را سرکوب کردند، به‌گونه‌ای که تنها در روز اول بازداشت سه نفر از معترضان کشته شدند.
با این حال اعتراض گروه‌های مختلف مخالف حکومت ادامه پیدا کرد و آنها به رژیم سعودی نسبت به هرگونه آزار و اذیت شیخ نمر هشدار دادند.
این روحانی شیعه سرشناس عربستانی از سوی رژیم سعودی به اتهاماتی از قبیل «فتنه انگیزی» و «دعوت به برهم زدن وحدت ملی» متهم است.
وزارت کشور عربستان 12 دي ماه با صدور بیانیه‌ای از اجرای حکم اعدام شیخ نمر باقر النمر رهبر شیعیان این کشور خبر داد.