پیکر پاک این عالم جلیل القدر پنج شنبه، یازدهم مردادماه در قم و از مسجد امام حسن عسکری (ع) به طرف حرم مطهر حضرت معصومه سلام الله علیها تشییع و در قم به خاک سپرده می‌شود.
در ابتدای این مراسم، حجت‌الاسلام والمسلمین هاشمی رفسنجانی رییس مجمع تشخیص مصلحت نظام طی سخنانی کوتاه ضمن تسلیت رحلت ایشان به مقام معظم رهبری، مراجع، روحانیت و خانواده ایشان، شخصیت آیت‌الله مشکینی را ستود.
وی گفت: کسانی که آیت‌الله مشکینی را می‌شناسند می‌دانند امروز چه شخصیت بزرگی را از دست داده‌اند. همه حوزه‌ها به خصوص حوزه قم و شخصیت‌های بزرگ در وجود خود آثاری از آموزش‌ها، پندها و درس‌های ایشان در اخلاق و عرفان می‌بینند.
آیت الله مشکینی ساعت 16 و 30 دقیقه عصر دوشنبه هشتم مرداد در 86 سالگی دار فانی را وداع گفت.
حال عمومی آیت الله مشکینی از بامداد پنجشنبه بیست و هشتم تیر وخیم شد که ایشان بلافاصله برای درمان و مراقبت بیشتر به بیمارستان بقیه الله اعظم تهران منتقل شد.[وخامت حال عمومی آیت‌الله مشکینی]
آیت الله مشکینی از بیماری تنفسی و کلیوی رنج می‌برد.