پدرش اهل فرهنگ بود و طبع شعر داشت و باقرزاده در خانواده‌ای فرهنگی به کتاب و فرهنگ دل بست و از نوجوانی وارد کار کتاب و نشر شد. او کار کتابفروشی و حضور در عرصه نشر را با کتابفروشی گوتنبرگ و زیر نظر محمود کاشی‌چی( مدیر انتشارات گوتنبرگ) آغاز کرد.
از سال 1340 موسسه انتشارات توس را در مشهد راه انداخت. نخستین اثر منتشر شده از سوی این موسسه، شعر امروز خراسان نام داشت که ثمره حضور باقرزاده جوان بعنوان مدیر توس در انجمن های گونانگون ادبی مشهد بود.
باقرزاده بعد از انتشار سه کتاب دیگر در مشهد، به اضطرار و به لحاظ پاره ای مشکلات و مصالح کار، فعالیت فرهنگی خود را در 1343 ضمن همکاری با دکتر پرویز ناتل خانلری در انتشارات بنیاد فرهنگ ایران در تهران پی گرفت.
فعالیت در بنیاد فرهنگ ایران، او را بیش از پیش به تاریخ و فرهنگ ایران زمین آشنا و علاقه مند کرد و زمینه ای شد برای دیدار و آشنایی با فضلا و نویسندگان تراز اول و مستشرقین در کنگره‌های سالیانه ایرانشناسی که این علاقه او تا پایان عمرش باقی ماند و عمده کتاب‌های انتشارات توس بر همین محور زبان فارسی و ایرانشناسی منتشر شده است.
باقرزاده سال 1350 کتابفروشی توس را در مقابل دانشگاه تهران راه‌اندازی کرد که همچنان در زمره کتابفروشی‌های فعال و نخبه در زمینه عرضه تاریخ و فرهنگ ایران به شمار می‌رود.
انتشار یونانیان و بربرها در 15 جلد و نیز تاریخ هخامنشیان و کتاب‌های متعددی از مترجمان و نویسندگان معروف ایران در کارنامه کاری محسن باقرزاده و انتشارات توس قرار دارد.
بیشترین فعالیت انتشارات این موسسه در زمینه های ایران شناسی و تاریخ و فرهنگ ایران صورت گرفته است و از دیرباز کتابخانه‌های مختف در داخل و خارج از کشور به قصد تامین مراجع فارسی خود به این موسسه سفارش داده و می دهند.