با وجود اين، اما اصلي‌ترين تكاليف مشخص شده در اين قانون به سرانجام نرسيده است و آنطور كه سخنگوي دولت اعلام كرده، دولت قصد دارد اين قانون را در برنامه ششم توسعه نيز ادامه دهد. نحوه پرداخت يارانه نقدي به تمامي خانوارها، عدم اختصاص يارانه به بخش توليد به ميزاني كه در قانون آمده است و عدم آزادسازي قيمت‌ها در سطح ذكر شده در قانون از اصلي‌ترين تخلفات دولت در مسير اجراي قانون اصلي هدفمندي يارانه‌ها بوده است. طي سال‌هاي اخير در قوانين بودجه جاري نيز تكاليفي در زمينه يارانه‌ها براي دولت تعيين‌شده كه بسياري از اين تكاليف نيز روي زمين مانده است.
- ابهام در صرفه‌جويي در يارانه نقدي
در تبصره 20 قانون بودجه سال جاري دولت مكلف شده است كه صرفه‌جويي 3 هزار ميليارد توماني در پرداخت يارانه نقدي داشته باشد به اين صورت كه در مجموع 39 هزار ميليارد تومان به جاي 42 هزار ميليارد تومان براي يارانه نقدي هزينه شود. در اين راستا در قانون چنين ذكر شده: «دولت موظف است یارانه خانوارهای پردرآمد را قطع کند.
خانوارهای پردرآمد به تشخیص دولت و براساس شرایط اقلیمی، بعد خانوار و محل سکونت و میزان درآمد تعیین می شوند.» دولت براي اين كار بايد يارانه 6 ميليون نفر را از ابتداي سال جاري قطع مي‌كرد. با گذشت 6 ماه از سال اما به گفته وزير تعاون، كار و رفاه اجتماعي تنها يارانه 2 ميليون و 100 هزار نفر قطع شده كه يك ميليون نفر آن در ماه مرداد از ليست يارانه‌بگيران خارج شده‌اند. با اين حساب اگر تعداد حذف شدگان از يارانه تا پايان سال به 6 ميليون نفر هم برسد، هدف صرفه‌جويي 3هزار ميليارد توماني محقق نخواهد شد. مگر اينكه دولت بخواهد در اين سال به‌جاي 12 مرتبه براي 11 ماه يارانه در نظر بگيرد كه اين كار در قانون پيش‌بيني نشده است.
- يارانه توليد نرسيد
طي سال‌هاي گذشته بخش توليد به رغم پيش‌بيني سهم 20درصدي در قانون هدفمندي يارانه‌ها، از اين سهم محروم مانده است. پرداخت همه منابع به عنوان يارانه نقدي به خانوارها باعث‌شده تا بخش توليد به حق خود، آن طور كه تكليف قانون بوده، نرسد. تنها در 2مرتبه اعلام شد كه مبالغي به عنوان يارانه توليد اختصاص يافته است كه اين مبالغ فاصله زيادي با آنچه در قانون پيش‌بيني شده، داشته است.در يك نوبت اعلام شد كه 400 ميليارد تومان يارانه به توليد پرداخت شده و در نوبتي ديگر اخيرا اعلام شد كه 200 ميليارد تومان يارانه به توليد اختصاص يافته، اين در حالي است كه اگر قرار بود، 10 درصد از منابع هدفمندي به توليد اختصاص يابد، بيش از 13 هزار ميليارد تومان از ابتداي اجراي قانون تاكنون بايد پرداخت مي‌شد.
- قيمت‌ها آزاد نشد
قانون هدفمندي يارانه‌ها دولت را مكلف كرده است كه آزادسازي قيمت‌ها را طي 5 سال به طور كامل و بر اساس جزئيات تعيين‌شده در قانون انجام دهد اما آزادسازي قيمت‌ها در هيچ‌كدام از حامل‌هاي انرژي به طور كامل و بر مبناي تكليف قانوني انجام نشده است. بر اساس قانون بايد قيمت فروش بنزين، نفت گاز، نفت كوره، نفت سفيد و گاز مايع و ساير مشتقات نفت، با لحاظ كيفيت حامل‌ها به تدريج تا پايان برنامه پنجم كمتر از 90درصد و بيشتر از قيمت روي كشتي (فوب) درخليج فارس نباشد.
- شاخص شناسايي پردرآمدها
طبق مصوبه مجلس در تبصره 20 قانون بودجه، دولت مكلف بود در سه ماه ابتدايي امسال شاخص‌هاي شناسايي اقشار پردرآمد براي حذف يارانه را در آيين‌نامه خود به تصويب برساند كه در اين صورت اين شاخص‌ها با انتشار آيين‌نامه دولت به اطلاع عموم مي‌رسيد اما دولت با واگذاري اين اختيار به وزارت تعاون، كار و رفاه اجتماعي از تعيين شاخص ها و اعلام آن سرباززده است. طبق تشخيص كميته تطبيق آيين‌نامه‌هاي دولت با قوانين، اين تفويض اختيار برخلاف قانون است و رئيس مجلس طي نامه‌اي اين موضوع را به رئيس‌جمهور اعلام كرد. با وجود اين، هنوز خبري در مورد اصلاح آيين‌نامه دولت و تعيين شاخص ها از سوي هيات وزيران اعلام نشده است.