محتواي اين لايحه پيشنهادي تا قبل از تصويب هيأت دولت، مجلس و تأييد شوراي نگهبان نهايي نخواهد شد و احتمال تغيير برخي از بندها و تبصره‌هاي اين لايحه پيشنهادي در فرايند بررسي در هيأت دولت و مجلس وجود دارد.
تبصره‌هاي مربوط به درمان و بيمه‌هاي درماني در پيشنهاد ستاد برنامه ششم به شرح زير است:
تبصره 26: به‌منظور تحقق سياست‌هاي كلي سلامت، دولت مجاز است تا پايان سال اول اجراي قانون برنامه ششم توسعه در راستاي تأمين منابع مالي پايدار براي بخش سلامت و توسعه كمي و كيفي بيمه‌هاي سلامت، برنامه نظام بيمه سلامت كشور را با رعايت محورهاي زير تدوين و اجرا نمايد:
1- پوشش بيمه سلامت براي تمامي آحاد جمعيت كشور اجباري بوده و برخورداري از يارانه دولت جهت حق سرانه بيمه از طريق ارزيابي وسع و براساس آيين‌نامه‌اي خواهد بود كه به تصويب هيأت وزيران مي‌رسد.
2- سطح‌بندي تمامي خدمات تشخيصي و درماني براساس نظام ارجاع مبتني بر پزشك خانواده و اجازه تجويز اينگونه خدمات صرفا براساس راهنماهاي باليني، طرح ژنريك و نظام دارويي ملي كشور خواهد بود.
3- حق بيمه پايه سلامت خانوار به شرح زير، سهمي از درآمد خانوار خواهد بود:
- خانوارهاي روستاييان، عشاير و اقشار نيازمند تحت پوشش نهادهاي حمايتي و افراد فاقد پوشش بيمه پايه سلامت به ميزان 7درصد حداقل حقوق و دستمزد مشمولان قانون كار
- خانوارهاي كاركنان كشوري و لشكري شاغل و بازنشسته معادل 7درصد حقوق و مزاياي مشمول كسر حق بيمه مشروط بر اينكه حداكثر آن از 2برابر حداقل حقوق و دستمزد مشمولان قانون كار تجاوز ننمايد.
- سهم خانوارهاي ساير اقشار متناسب با گروه‌هاي درآمدي به پيشنهاد شوراي‌عالي بيمه سلامت و تصويب هيأت وزيران
- مشمولين تأمين اجتماعي مطابق قانون تأمين اجتماعي.
4- دستگاه‌هاي اجرايي مكلفند حق بيمه پايه سلامت، سهم بيمه‌شده و دستگاه اجرايي را حداكثر ظرف مدت 3ماه به‌حساب سازمان بيمه‌گر پايه مربوطه واريز نمايند. درصورت عدم‌واريز با اعلام سازمان بيمه‌گر و تشخيص وزارت امور اقتصادي و دارايي از حساب جاري دستگاه اجرايي ذيربط برداشت و به‌حساب سازمان‌هاي بيمه‌گر پايه واريز مي‌شود.
5- از ابتداي اجراي قانون برنامه ششم توسعه تمامي منابع حاصل از بودجه عمومي دولتي مربوط به خريد بسته خدمات بيمه پايه سلامت (اعم از حق بيمه پايه سلامت، سهم بخش سلامت از منابع حاصل از اجراي قانون هدفمندي يارانه‌ها، عوارض وضع شده بر كالاها و اقدامات آسيب‌رسان به سلامت، منابع اختصاص داده شده براي جبران اجتماعي خسارت‌هاي ناشي از سياست‌هاي اقتصادي و توسعه‌اي) ذيل رديف‌هاي بودجه‌اي سازمان بيمه سلامت ايران در لوايح بودجه سنواتي پايدار مي‌گردد. توزيع اين منابع بين سازمان‌هاي بيمه‌گر پايه براساس سياست‌هاي توزيع ريسك و جمعيت تحت پوشش خواهد بود.
تبصره 27: وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي مجاز است نسبت به تغيير ساختار اداره بيمارستان‌هاي وابسته به دانشگاه‌هاي علوم پزشكي و هيأت امنايي كردن آنها با اختيارات مالي، اداري و استخدامي كه به تصويب هيأت وزيران مي‌رسد، اقدام كند. درآمدهاي بيمارستان از محل تعرفه‌هاي خدمات درماني كه در ازاي ارائه خدمات از سازمان‌هاي بيمه‌گر و مردم دريافت مي‌نمايد و همچنين كمك‌هاي مردمي تأمين مي‌گردد. تعرفه‌هاي اين بيمارستان‌ها به تصويب هيأت وزيران مي‌رسد. دولت غيراز هزينه‌هاي تعميرات اساسي ساختمان هيچ تعهد ديگري نخواهد داشت. تمامي تعهدات نسبت به كاركنان اينگونه بيمارستان‌ها برعهده هيأت امناي آنها خواهد بود. درآمدهاي اينگونه بيمارستان‌ها درآمد اختصاصي محسوب مي‌شود.
- 2دهه وعده براي تحقق سامانه پرونده الكترونيك سلامت
زمزمه‌هاي الكترونيك‌كردن خدمات بخش سلامت توسط دولت، به گفته مسئول دفتر آمار و فناوري اطلاعات اين وزارتخانه به بيش از 2دهه برمي‌گردد. به گفته دكتر رياضي، اين طرح از سال74 در وزارت بهداشت مطرح و استانداردهايي هم براي آن تعريف شد، اما دلايل مختلفي ازجمله نبود پشتوانه حاكميتي و زيرساخت‌هاي لازم مانع از عملياتي شدن آن شد. مسعود پزشكيان وزير بهداشت در سال84 از مقدمات تشكيل پرونده الكترونيك سلامت خبرداد و گفت:«مقدمات مطالعاتي پرونده الكترونيك سلامت دركشور فراهم شده است. البته اين طرح در دوره تصديگري اين وزير سرانجامي نداشت. تا اينكه كامران باقري لنكراني وزيربهداشت بعدي اين طرح را يكي از بزرگ‌ترين پروژه‌هاي وزارت بهداشت خواند و گفت:اين طرح در برنامه توسعه چهارم به وزارت بهداشت الزام شده است.پرونده الكترونيك سلامت ايرانيان در دوره مرضيه وحيد دستجردي وزير بهداشت دولت دهم نيز با وعده‌هاي بسياري همراه بود، به‌طوري‌كه او در بهمن 1390 از اتصال پروژه پرونده الكترونيك سلامت به كارت هوشمند ملي خبر داد و گفته بود: كارت الكترونيك سلامت در پايان برنامه پنجم توسعه ديده شده است و تا 5سال ديگر تمامي ايرانيان داراي پرونده الكترونيك سلامت مي‌شوند. در دوره كوتاه تصدي گري طريقت منفرد هم پرونده الكترونيك سلامت به سرانجامي نرسيد. وي در اين‌باره گفته بود:اعتبار اين برنامه در قانون بودجه پيش‌بيني شده و مورد تعهد سازمان برنامه و بودجه قرار گرفته است. قاضي‌زاده هاشمي هم عدم‌تجميع بيمه‌ها را علت اصلي اجرانشدن اين طرح اعلام كرده است.