روزنامه شرق نوشت: به مناسبت سالروز درگذشت شهید مطهری، خبرگزاری «ایسنا» بخش‌هایی از خاطرات محسن رضایی از كتاب «راه» را درباره دستگیری گروه فرقان منتشر كرده است. محسن رضایی در خاطراتش، می‌نویسد: «مسئولیت عملیات بر عهده اینجانب بود». روایت رضایی اما با روایت افراد دیگری چون مرتضی الویری و ناطق‌نوری (وزیر كشور وقت) كه دخیل یا مطلع در اتفاق دستگیری گروه فرقان بودند، متفاوت است یا حداقل می‌توان گفت هریك فقط بخشی از ماجرا را روایت كرده‌اند؛ بخشی كه نقش خود را در ماجرای دستگیری پررنگ‌تر نشان می‌دهد.
- روایت رضایی
رضایی می‌نویسد: «درعین‌حال، بچه‌های عملیات، تعقیب و مراقبت و شنود همگی با هماهنگی کامل در اختیار آقای محمدعلی رمضانی بودند و من به آنها گفته بودم که عملیات را با رمز «یا زهرا» آغاز کنید. بسیاری از افراد باورشان نمی‌شد که اطلاعات سپاه بتواند چنین کارهایی را انجام دهد. لذا من با دوستان می‌نشستم و تصمیم‌گیری می‌کردم. همه این اقدامات کاملا خودجوش بود. دوستان ما در سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی نیز از روی تعهد و علاقه‌ای که به انقلاب داشتند، بدون اینکه کسی به آنها چیزی بگوید، دور هم جمع شدند و گفتند باید فکری کرد، ممکن است گروه فرقان افراد دیگری را هم شهید کند. پس باید کاری کرد. من تشخیص دادم با امکانات سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی نمی‌توان کار اساسی انجام داد. در سپاه نیز کسی به ما چیزی نگفت و این برداشت خودم بود که اگر تشکیلات اطلاعاتی و امنیتی‌ای برای کشور درست نکنیم که قادر باشد حوادث را به صورت فنی و سیستماتیک دنبال کند، درعمل نمی‌توان کاری انجام داد. گروه فرقان ممکن است فردا چند نفر دیگر را شهید کند، مگر اینکه ما سازمان اطلاعاتی جامعی درست کنیم. کسی به ما نگفت شما سازمان اطلاعاتی درست کنید؛ همه این اقدامات از فضای خودجوش انقلاب نشئت می‌گرفت».
«رضایی» در ادامه می‌نویسد: «چون برای ما مهم بود که بدون ازدست‌دادن زمان اگر افراد یا خانه‌های تیمی دیگری هنوز وجود دارد، سریع به آنها دسترسی پیدا کنیم. احتمال می‌دادیم بتوانیم در ۴۸ ساعت اول، اطلاعات دست اول کسب کنیم. لذا بسیاری از دوستان ما در دو روز اول برای یک لحظه خوابشان نبرد و پای کار ماندند. از طرف دیگر، دستگیرشدگان قریب به ٥٠ نفر بودند که می‌بایستی اطلاعات آنها گرفته شده و بعد از تطبیق‌دادن، اطلاعات تکمیلی از آنان گرفته می‌شد. به همین دلیل، وقت زیادی لازم بود و اگر دوستان ما می‌خواستند به سبک اداری فقط در روز هشت ساعت کار کنند، شاید دو تا سه ماه طول می‌کشید تا بتوانند تمام افراد گروه فرقان را تخلیه اطلاعاتی کنند، ولی در ۴۸ ساعت، همه کارها را انجام دادند. یکی از کارهای خوب دوستان ما برخورد اعتقادی با اعضای دستگیرشده فرقان و پرهیز از موضع قدرت و حکومت بود.
لذا خیلی از آنها نهایت همکاری را داشتند. درمورد آقای گودرزی در همان ۴۸ ساعت اول همه چیز را لو داد. بقیه یاران او نیز با ما همکاری می‌کردند. یکی از کمک‌های خیلی خوب این بود که نه‌تنها آقای گودرزی همه اطلاعاتش را داد، بلکه وقتی یک نفر از دوستانش نمی‌بُرید و حرف نمی‌زد، وقتی او را با آقای گودرزی روبه‌رو کردیم خیلی راحت اعتراف کرد. آقای گودرزی به‌آنها می‌گفت که من خودم همه اطلاعات را داده‌ام؛ شما چرا مقاومت می‌کنید؟ شما هم اطلاعات خود را بدهید. هنگامی که گروه فرقان را زدیم، من خودم را آماده کرده بودم که با اطلاعات کامل خدمت حضرت امام برسم که ایشان دچار عارضه قلبی شدند و آن حضرت را برای معالجه به بیمارستان قلب تهران آوردند. به بیمارستان رفتم، زیرا امام به سبب شهادت شهید مطهری خیلی متأثر شدند. وقتی من از طریق آقای صانعی برای اولین‌بار در قم خدمت امام رسیدم و به ایشان گفتم ما کار روی فرقان را شروع کرده و سرنخ‌هایی به دست آورده‌ایم، ایشان خیلی خوشحال شدند».
- روایت الویری
اما مرتضی الویری از اعضای وقت سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی روایت متفاوتی از این دستگیری در گفت‌وگوهایی كه داشته ارائه كرده است. او گفته است: «به خاطر دارم مطهری را كه شهید كردند بلافاصله اعلامیه دادند و بر عهده گرفتند.
وقتی برایمان محرز شد كه اینها همان فرقان هستند از ارتباطات و ردپاهایی كه داشتیم درصدد دستگیری آنها برآمدیم. پس از ترور آقای هاشمی، سركوب و به طور جدی تلاش برای ریشه‌كن‌كردن فرقان را در دستور كار قرار دادیم. حتی درون سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی هم به چند نفر به‌ویژه پس از ترور شهید عراقی مشكوك بودیم و آنها را تحت نظر داشتیم. در آن ایام آقای هاشمی وزیر كشور شده بود. همان زمان یكی از دوستان خیلی خوب من روزی به منزل ما آمد و گفت یكی از اعضای فرقان كه هم‌دوره سربازی او بوده به او پیشنهاد همكاری داده است. در واقع می‌خواست با من مشورت كند كه آیا با آنها همكاری كند یا نه و من هم با برخی از اعضای سازمان مجاهدین انقلاب مشورت كردم و آنها استقبال كردند كه او با فرقان ارتباط برقرار كند. ما ساختمانی را نزدیك دبستان رفاه اجاره كردیم و یك طبقه آن را در اختیار فرقان قرار دادیم و در یك طبقه آن هم، یكی از اعضای مجاهدین انقلاب را كه تازه ازدواج كرده بود، ساكن كردیم. ضمنا ارتباطات آنها را تحت کنترل گرفتیم.
من از طرف سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی نزد آقای هاشمی‌رفسنجانی در وزارت کشور رفتم و گزارشی در این ارتباط دادم و گفتم باید پنج پیكان و پنج بی‌سیم در اختیار ما قرار بدهید. گفت اینها را با راننده می‌خواهید؟ گفتم نه، نیازی به راننده نیست. روز بعد كه به دفتر سازمان رفتم، دیدم پیكان‌ها و لوازم آماده شده؛ به‌تبع آن تیمی را مجهز كردیم و یكی از دوستان پزشك كه عضو سازمان مجاهدین انقلاب بود، مسئولیت كار تیم را برعهده گرفت و تعدادی از افراد جوان‌تر هم با موتور و ماشین مأمور تعقیب فرقان شدند كه متأسفانه دو نفر از این دوستان در این تعقیب‌و‌گریزها بر اثر ترور فرقان شهید شدند؛ یكی از آنها ٤٠ روز بیشتر از ازدواجش نمی‌گذشت». الویری در پاسخ به این سؤال كه حمیدرضا نقاشیان از اعضای قدیمی سپاه در مصاحبه‌ای گفته سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی نقشی اساسی در دستگیری فرقان نداشتند و بعد از شهادت شهید مفتح، آقای هاشمی فشار آوردند كه از چند نفر از اعضای سازمان مجاهدین در كار استفاده كنند؛ یكی از آنها الویری و دیگری ذوالقدر، گفته است: «والله فكر كنم آقای ذوالقدر كه اصلا در این ماجرا نبود. من هم اگر آقای نقاشیان از این در وارد شود، ایشان را نمی‌شناسم. من نفی نمی‌كنم شاید آقای نقاشیان هم دخیل بودند ولی آنچه ما كار كردیم، اشاره شد».
- روایت ناطق‌نوری
بااین‌حال روایت علی‌اکبر ناطق‌نوری هم از ماجرا جالب و باز هم متفاوت از دو روایت بالاست. او در مصاحبه‌ای که با فرزند شهید بهشتی، دو سال قبل انجام داده و روزنامه «شرق» آن را منتشر کرده، گفته بود: «بعد از شهادت مرحوم مطهری به دست گروه فرقان، با جمعی از دوستان نشستیم و گفتیم که نمی‌شود بنشینیم و هر روز مغزهای متفکر ما را بزنند، خوب است گروهی درست کنیم و به تعقیب و مراقبت فرقانی‌ها بپردازیم. شاید بتوان گفت که هسته اولیه این گروه: بنده، آقای نقاشیان و آقای محمد هنردوست بود و طولی نکشید که موفق شدیم در یک شب، ١٥ خانه تیمی آنها را کشف کنیم و افراد آنها را در آن خانه‌ها از جمله رهبر گروه اکبر، گودرزی را دستگیر کردیم، البته دوستان مجاهدین انقلاب هم جداگانه در این زمینه مشغول فعالیت بودند که در یک نقطه به هم رسیدیم. پس از دستگیری آن افراد، رفتم جامعه روحانیت و به مرحوم بهشتی گفتم که ما اینها را دستگیر کردیم. بالاغیرتا اینها را دست قاضی به‌دردبخور بدهید! خصوصیت آقای بهشتی این بود که اگر کسی انتقادی می‌کرد یا چیزی می‌گفت، می‌گفتند: خودت بیا! مسئولیت این بخش را بپذیر؛ تا من گفتم که یک قاضی خوب و به‌دردبخور، گفت خب خودت بیا. اصلا من همین‌طور ماندم، گفتم من؟! آقای بهشتی خندید و گفت مگر پدر من رئیس دیوان‌عالی کشور بود؟! انقلاب است دیگر، بیا. خود ایشان اقدام کرد، حکم برای من گرفت. امام دستور داد و آقای مشکینی و آقای منتظری به من حکم دادند».