در تهران به مدرسهٔ کاتولیک سن‌لویی که دروسش به زبان فرانسه تدریس می‌شد رفت و بعد از آن برای تحصیل به خارج از کشور رفت و با اخذ درجه دکترا در رشته هندشناسی در سال ۱۳۴۷ به ایران بازگشت و به تحقیقات خود پیرامون ادیان به‌ویژه ادیان هندی ادامه داد که حاصل آن کتابی دو جلدی بود به نام «ادیان و مکتب‌های فلسفی هند» که از سوی انتشارات امیرکبیر منتشر شد.
شایگان پیش از آن دیدگاه‌های نظری‌اش را در کتاب «آسیا در برابر غرب» منتشر ساخته بود که همچنان از کتاب‌های مهم در حوزه اندیشه معاصر ایرانی است. او همچنین چند سال بعد کتاب «بت‌های ذهنی و خاطره‌های ازلی» را انتشار داد.
تصوف و هندوئیسم (آیین هندو و عرفان اسلامی بر مبنای کتاب مجمع البحرین نوشته داراشکوه ترجمه به فارسی توسط جمشید ارجمند)، افسون زدگی جدید، هویت چهل تکه و تفکر سیار»، ترجمه فاطمه ولیانی، بینش اساطیری، (نشر اساطیر)، پنج اقلیم حضور (نشر فرهنگ معاصر)، در جستجوی فضاهای گمشده (نشر فرزان روز)، نگاه شکسته، ترجمه علیرضا منافزاده، نشر فرزان روز از دیگر آثار او به شمار می‌رود.
علاوه بر آثاری که شایگان نوشت دو کتاب مهم نیز به زندگی و آثارش پرداخته‌اند که اولی زیر آسمان‌های جهان است که گفت وگویی بلند است از سوی رامین جهانبگلو که با شایگان انجام شده و انتشارات فرزان روز منتشر کرده است.
آمیزش افق‌ها کتاب دیگری است که گلچین و منتخبی از آثار گذشته شایگان است که به کوشش محمد منصور هاشمی به همراه مقدمه‌ای طولانی از سوی نشر فرزان روز منتشر شده است. شایگان دوم فروردین ۱۳۹۷ درگذشت
- کتاب‌ها:
آسیا در برابر غرب
ادیان و مکتب‌های فلسفی هند در ۲ جلد
تصوف و هندوئیسم (آیین هندو و عرفان اسلامی بر مبنای کتاب مجمع البحرین نوشته داراشکوه ترجمه به فارسی توسط جمشید ارجمند)
افسون زدگی جدید، هویت چهل تکه و تفکر سیار، ترجمه فاطمه ولیانی
زیر آسمان‌های جهان، گفتگوی رامین جهانبگلو و شایگان، ترجمه نازی عظیما
بت‌های ذهنی و خاطره‌های ازلی، انتشارات امیرکبیر
سرزمین سراب‌ها
انقلاب دینی چیست؟
آمیزش افق‌ها
بینش اساطیری، نشر اساطیر
پنج اقلیم حضور، نشر فرهنگ معاصر
در جستجوی فضاهای گمشده، نشر فرزان روز
نگاه شکسته، ترجمه علیرضا منافزاده، نشر فرزان روز
جنون هشیاری (ترجمه)، نوشته ایو بونفوا، مؤسسه فرهنگی پژوهشی نشر نظر، ۱۳۹۴
فانوس جادویی زمان، نشر فرهنگ معاصر، ۱۳۹۶
*آخرین بروزرسانی ۱۱ اسفند ۱۴۰۰