و از سويي، امت اسلام در عصر امام‌صادق(ع) در مظاهر فساد غوطه‌ور بود، و از ديدگاه نظري و عملي، در افكار مردم، عقيده‌اي روشن و داراي خطوط كلي وجود نداشت. در داخل امت، كشمكش‌هاي سياسي و مذهبي شديدي پيدا شده بود، به‌طوري كه مردم فرصت نمي‌يافتند تا واقعيت اسلام را دريابند. لذا امام‌صادق(ع) ناگزير بود با همه آن تناقضات و امواج منحرف و مخالف، رو‌به‌رو شود. آن حضرت در انجام رسالت امامت خود و رهبري امت با 2 گونه انحراف مواجه بود:
1- انحراف در سطح سياسي كه در هيأت حاكمه و دولت وقت مجسم شده بود؛
2- انحراف خطرناكي كه در امت و جهل آنان از واقعيت مكتب، نهفته بود.
شيوه مبارزاتي امام‌صادق(ع) با توجه به شرايط تقريبا يكساني كه با پدر بزرگوارش امام‌باقر(ع) داشت، بسيار نزديك به همان شيوه و روش بود؛ يعني به جاي قيام مسلحانه، دست به يك نهضت علمي بزرگ زد و به جنگ با افكار و عقايد فاسد و آفت زده رفت و ما براي روشن شدن هرچه بهتر شيوه مبارزاتي امام صادق(ع) لازم است به نكاتي چند بپردازيم:
1- تأسيس دانشگاه علمي
يكي از بزرگ‌ترين توفيق و فرصتي كه براي امام صادق(ع) به‌دست آمد، تأسيس حوزه علميه و دانشگاه جعفري با حضور 4 هزار شاگرد بود. اين كار در نوع خود بي‌نظير و يك نهضت بزرگ فكري و در واقع يك روش و تاكتيك مبارزاتي بود كه نقش مهمي در بيداري مردم، جلوگيري از انحرافات فكري، پاسخ به شبهات و در عين حال معرفي صحيح خاندان عصمت داشت. اگرچه پايه‌ريزي و بسترسازي اين نهضت عظيم، به‌دست باكفايت حضرت‌باقر(ع) انجام گرفت، اما كاملا روشن است كه تعميق و توسعه آن با همت والاي حضرت‌صادق(ع) صورت پذيرفت.
2- موضع‌گيري در برابر طاغوت
ازجمله شيوه‌هاي مبارزاتي‌اي كه امام‌صادق(ع) در شرايط مقتضي اتخاد مي‌كرد، موضع‌گيري در برابر طاغوت‌ها و ابراز سخناني در جهت نفي سرسپردگي بر سلطان غاصب و ستمگر بود.
3- تأييد جنبش‌هاي اسلامي
در عصر امام‌صادق(ع) و قبل از آن، قيام‌هايي عليه طاغوتيان و خلفاي وقت روي داد. امام اگرچه خود به‌طور مستقيم وارد آن قيام‌ها نشد، ولي بعضا جنبش‌هاي رهايي‌بخش انقلابي را كه براساس اسلام صورت مي‌گرفت تأييد مي‌فرمود.
4- استفاده از تقيه
يكي ديگر از روش‌ها و تاكتيك‌هاي امام‌صادق(ع) در عصر حكومت جور و ستم، تقيه بود. بسياري از كارهاي امامان و نيز حضرت‌صادق(ع) رنگ تقيه داشت، يعني مخفيانه صورت مي‌گرفت و تا مدت‌ها برملا نمي‌شد. لذا به دوستداران خود دستور مي‌دادند كه از نقشه‌هاي آن بزرگواران پرده برندارند.