تنفیذ حکم رئیس جمهور ایران به وسیله ولایت فقیه، از اختیارات او در قانون اساسی است و هرگز جنبه تشریفاتی و صوری ندارد؛ یعنی، قانوناً"، تا زمانی که ولایت فقیه حکم رئیس‌جمهور منتخب را تنفیذ نکند، وی ریاستی بر قوه مجریه ندارد. واژه «تنفیذ» و با توجه به سخن روح الله خمینی که گفته است این تنفیذ تا زمانی است که عمل بر طبق موازین اسلام باشد، نشان می‌دهد که امضای ولی فقیه به نتیجه انتخابات مردم مشروعیت می‌دهد چنانکه نخستین رهبر ایران در همه تنفیذهای ریاست جمهوری مسئله نصب الهی رهبر و لزوم تامین مشروعیت الهی تمامی بخش‌های نظام را مطرح کرده‌است. آیت‌الله روح الله خمینی در تنفیذ حکم ریاست جمهوری نخست، گفته است «بر اساس آنکه مشروعیت آن (ریاست جمهوری) باید به نصب فقیه جامع الشرایط باشد، این جانب به موجب این حکم رای ملت را تنفیذ، و ایشان را به این سمت منصوب نمودم.»
تنفیذ حکم ریاست جمهوری نقش نظارتی تا انتهای دوران ریاست جمهوری دارد و در صورت انحراف رئیس جمهور از اصل تعیین شده، او را فاقد اعتبار و مشروعیت می‌کند. بر این پایه عزل نهایی رئیس جمهور توسط مقام رهبری، نتیجه منطقی امضای حکم ریاست جمهوری است که پس از رأی به عدم کفایت سیاسی رئیس جمهور از سوی مجلس و یا حکم به تخلف قضائی او از سوی قوه قضائیه صورت می‌پذیرد.
قانوناً پس از اینکه اکثریت مردم در انتخابات به یکی از نامزدهای ریاست جمهوری رای داده و او را به عنوان رئیس‌جمهور انتخاب کردند، بعد از تأیید درستی انتخابات از سوی شورای نگهبان یک مرحله بعدی هم وجود دارد و آن تنفیذ حکم ریاست جمهوری به وسیله ولایت فقیه پس از گزینش مردم است.
بنا بر قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران بازنگری‌شده در سال ۱۳۶۸، رئیس‌جمهوری ایران پس از رهبری دومین مقام سیاسی بلندپایه کشور است و قوه مجریه (یکی از قوای سه‌گانه ایران) تحت امر او قرار دارد. رئیس‌جمهور برای دوره یک چهار ساله توسط رای مردم برگزیده می‌شود که بیشینه برای یک دوره پیاپی قابل تکرار است.
- ابوالحسن بنی صدر
سید روح‌الله خمینی نخستین رهبر ایران در روز ۱۵ بهمن ۱۳۵۸ حکم ریاست جمهوری ابوالحسن بنی صدر را تنفیذ کرد.
سید روح‌الله خمینی بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران در روز ۱۱ مرداد ۱۳۶۰ حکم ریاست جمهوری محمدعلی رجایی را تنفیذ کرد.
سید روح‌الله خمینی در روز ۱۷ مهر ۱۳۶۰ حکم ریاست جمهوری سیدعلی خامنه‌ای را تنفیذ کرد. همچنین در تاریخ ۱۲ شهریور ۱۳۶۴ برای بار دوم حکم ریاست جمهور سیدعلی خامنه‌ای توسط روح‌الله خمینی تنفیذ شد.
سیدعلی خامنه‌ای رهبر کنونی ایران روز ۱۲ مرداد ۱۳۶۸ حکم ریاست جمهوری علی‌اکبر هاشمی رفسنجانی را تنفیذ کرد. همچنین در تاریخ ۵ مرداد ۱۳۷۲ برای بار دوم حکم ریاست جمهور علی‌اکبر هاشمی رفسنجانی تنفیذ شد.
رهبر ایران روز ۱۲ مرداد ۱۳۷۶ حکم ریاست جمهوری سید محمد خاتمی را تنفیذ کرد. همچنین در تاریخ ۱۲ مرداد ۱۳۸۰ برای بار دوم حکم ریاست جمهور محمد خاتمی تنفیذ شد.
رهبر ایران روز ۱۲ مرداد ۱۳۸۴ حکم ریاست جمهوری محمود احمدی نژاد را تنفیذ کرد. همچنین در تاریخ ۱۲ مرداد ۱۳۸۸ برای بار دوم حکم ریاست جمهور محمود احمدی نژاد تنفیذ شد.
مراسم تنفیذ حکم حسن روحانی، روز ۱۲ مرداد ۱۳۹۲ در حضور سیدعلی خامنه‌ای رهبر کنونی ایران و بر طبق سنت همه ساله در حسینیه امام خمینی برگزار شد. در این مراسم محمود احمدی‌نژاد به عنوان رئیس‌جمهور سابق، روسای دیگر قوا و مقامات لشکری و کشوری حضور داشتند.
تنفیذ حکم ریاست جمهوری حسن روحانی به عنوان هفتمین رییس جمهور ایران توسط رهبر ایران در حضور روسای قوای مقننه، قضاییه و مجریه (رییس دولت دهم) و رییس مجمع تشخیص مصلحت نظام، رییس مجلس خبرگان رهبری، دبیر شورای نگهبان ، سید حسن خمینی تعدادی از اعضای هیات دولت، نمایندگان مجلس شورای اسلامی، اعضای شورای نگهبان، مسئولان قوه قضاییه، فرماندهان عالی‌رتبه نظامی و انتظامی، جمعی از مدیران و شخصیت‌های سیاسی، اجتماعی و فرهنگی کشور انجام شد.