والدینش، که در زمان کودکی او زندگی را بدرود گفتند، او را کونگ - کویی نامیدند. کنفوسیوس از کلمهٔ کونگ فوزی، به معنای «استاد بزرگ، کونگ» گرفته شده‌است.
اسم «کنفوسیوس» در زبان چینی «کونگ فوزی» است که یونانیان با افزودن پسوند «یوس» در پایان نام او، آن را به «کنفوسیوس» دگرگون کردند که در جهان بیشتر بدین نام شناخته شده است.
در روایت‌ها آمده است که پدرِ کنفوسیوس، شولیانگ هو، افسری بازنشسته بود که با شرکت در جبهه‌های نبرد موفّق شده بود رضایت پادشاه را به دست آورده و زمین‌هایی را به تملّک خود درآورد. شولیانگ سه همسر داشت که هیچ‌کدام از آنها نتوانسته بودند برایش پسری بزایند؛ نُه دختر او نیز همه ازدواج کرده و به خانواده‌های دیگر پیوسته بودند. به همین دلیل، در سال ۵۵۵ قبل از میلاد، شولیانگ هو، در حالی که شصت و چهار سال سن داشت، دختری پانزده ساله به نام یان چنگ تسای را به عنوانِ همسر متعه خود اختیار کرد. چنگ تسای نیز تا مدّتی نمی‌توانست باردار شود؛ به همین دلیل - چنان که از روایات سنتی آئین کنفوسیوس برمی‌آید - از تپّه نی چی ئو بالا رفت و بر فرازِ آن به دعا و نماز مشغول شد؛ تا این که سرانجام برای کنفوسیوس حامله شد؛ به همین سبب، یکی از نام‌های کنفوسیوس «چیو» به معنی تپّه است.
وقتی کنفوسیوس هنوز سه سال داشت، پدرش مُرد و او را در فانگشان، واقع در لوی شرقی، به خاک سپردند. با مرگِ شولیانگ هو، کنفوسیوس و مادرش مجبور بودند از بقیه خانواده جدا شوند، به نحوی که حتّی اجازه نداشتند در مراسم خاکسپاری شولیانگ شرکت کنند. از آن جا که مادرِ کنفوسیوس، زنِ رسمیِ شولیانگ به حساب نمی‌آمد، چیزی از میراثِ شولیانگ به او نرسید و آنها از آن پس مجبور بودند در چاندونگ واقع در شرق چین با تهیدستی روزگار بگذرانند. بر اساس روایات، کنفوسیوس همچنین از کودکی به مطالعه آثاری در زمینه قربانی و آداب معبد می‌پرداخت.
چندی بعد، در حالی که کنفوسیوس سنینِ نوجوانی اش را می‌گذراند - به روایتی سیزده سال و به روایتی دیگر شانزده سال داشت - مادرش بر اثر بیماری و کارِ زیاد درگذشت. چنگ تسای را نیز در فانگشان به خاک سپردند. وقتی کنفوسیوس هفده سال داشت، یکی از اشرافِ لو به نام چی پینگ تسو به دنبال شخصی می‌گشت که با آداب قربانی آشنایی داشته باشد؛ به همین دلیل همه عالمان شهر را به مجلسی دعوت کرد و کنفوسیوس نیز در بین آنها حاضر شد.
کنفوسیوس در بیست سالگی با دختری به نام یی چی گوان ازدواج کرد. این ازدواجی بود که مادرِ کنفوسیوس بین او و دخترِ دوستِ پدرش ترتیب داده بود. پس از گذشتِ دو سال از این ازدواج، یی چی گوان برای کنفوسیوس پسری زایید که کونگ لی نامیده شد. کنفسیوس دختری نیز داشته است که در برخی کتاب‌ها نامِ او کونگ جیو ثبت شده است. (کونگ، نام خانوادگی کنفوسیوس است و در عرف زبان چینی نام خانوادگی پیش از نام می‌آید)
کنفوسیوس در روزگار فرمانروایی دودمان بهار و پاییز زندگی کرد. وی در کشوری به نام لو اقامت داشت و کشور لو پیشرفته‌ترین کشور در زمینه فرهنگی بود.
کنفوسیوس در بیشتر دوران عمرش از مقامات چندان بلندپایه نبود، اما دانش زیادی داشت. در چین باستان آموزش و پرورش از حقوق ویژه اشراف بود، اما کنفوسیوس با شیوه خود این حق را از آنان گرفت و خود شاگردانی را جذب کرد و به آنها آموزش داد. گفته می‌شود که وی سه هزار شاگرد داشته و در میان آنها چند تن جزو کسانی بودند که عملا دانشمندان آینده آن سرزمین شدند..
کنفوسیوس در پنجاه سالگی به خدمت فرمانروایان دولت چو رسید و حکومت یکی از شهرهای بزرگ را در دست گرفت. او رسیدن به مقام حکومتی را بهترین راه ایجاد اصلاحات اجتماعی می‌دانست.
کنفوسیوس پس از سفرهای طولانی و دیدار با لائوتزه، به لو آمد و به پیشنهاد پادشاه آن ایالت، مقام وزارت دادگستری را برعهده گرفت و پس از مدتی نیز وزیر امور داخله شد؛ تا این که سرانجام به وزارت اعظم ایالت لو رسید. در این زمان عدالتی که او در کارش داشت، باعث برانگیخته شدن مخالفت‌ها و عزل او از مقامش بود. وقتی در روز عید از گوشت قربانی برایش نفرستادند، کنفوسیوس این اقدام را بهانه قرار داد و وطنش را ترک کرد.
پس از آن، کنفوسیوس بیشتر عمرش را در بین ایالت‌های چین سرگردان بود. سخنان او در مورد شیوه حکومت و اخلاق حاکمان، مورد پذیرش هم‌روزگارانش واقع نشد و حتی به زندان نیز افتاد.
برخی بر این باورند که دیدگاه‌ها و سخنان او با حکمت و اندرزهای سعدی در بوستان و گلستان همخوانی دارد
سرانجام در سال ۴۷۹ پیش از میلاد، در حالی که خود را ناموفق می‌دانست از دنیا رفت. وی آثار مهمی بر جای نهاد و شاگردان برجسته‌ای پرورش داد که آموزه‌های او را رونق بخشیدند.
نخستین زندگی نامهٔ او ۳۷۵ سال پس از درگذشتش توسط سوماچیین، مورخ نامعتبر نوشته شد. در طول آن همه سال پس از در گذشت او، به واسطهٔ آن که فردی مشهور و برجسته و نیز حکیم بود، افسانه‌های بسیاری درباره‌اش ورد زبان‌ها بود و از این‌رو سوماچیین در اطلاعاتی که دربارهٔ او کسب کرد، وارد شد.