در حديثي آمده است كه پس از ارتحال پيامبر اعظم(ص)، صديقه‌كبري(س) به‌شدت اندوهگين بودند و شبانه‌روز در فراق پدر خويش مي‌گريستند، تا جايي كه بزرگان مدينه، محضر حضرت علي(ع) رسيدند و اينگونه عارض شدند: «اي ابوالحسن! فاطمه(س) شب و روز گريه مي‌كند و هيچ‌كدام از ما علاوه بر آنكه روزها در طلب معيشتيم، شب‌هنگام نيز خواب خوشي نداريم. ما از تو مي‌خواهيم كه به فاطمه(س) بگويي يا شب گريه كند يا روز».
اميرالمؤمنين(ع) اين موضوع را با فاطمه(س) در ميان گذاشته و پس از آنكه يافتند همسرشان در اين مصيبت عظمي آرام و قرار نمي‌گيرند، مكاني در قبرستان بقيع فراهم مي‌كنند تا فاطمه(س) محلي را براي راز و نياز و گريه بر پدر دارا باشند. در اين مكان كه در برخي نقل‌هاي روايي تصريح شده كه در خارج از شهر مدينه بوده، حضرت زهرا(س) هر روز صبح، دست حسنين(ع) را مي‌گرفتند، به آنجا مي‌رفتند و به عبادت و عزاداري در فراق پدر خويش مي‌پرداختند و چون شب فرا مي‌رسيد، اميرالمؤمنين(ع) همسر و فرزندان خويش را به خانه باز مي‌گرداندند. علت نامگذاري اين مكان به «بيت‌الاحزان» از همين روست و گويا اشاره به ماتم‌سراي يعقوب نبي(ع) نيز دارد؛ خانه‌اي كه يعقوب(ع) در نبود فرزندش- يوسف پيامبر(ع)- در آن حضور داشت و مي‌گريست و بيت‌الاحزان نام داشت.
نقلها از تعداد روزهاي حضور فاطمه(س) در بيت‌الاحزان متفاوت است؛ بعضي گفته‌اند ايشان پس از 27روز به‌علت وقايع پس از رحلت رسول خدا(ص)، يعني ماجراي حمله به خانه و آغاز بيماري ديگر نتوانستند به آنجا بروند و برخي هم قائل شد‌ه‌اند كه دخت گرامي پيامبر(ص) تا زمان شهادت در آنجا ساكن شدند.
اين مكان تا سال‌ها در بقيع برقرار بود و به گفته زوار مدينه و نقل سفرنامه‌ها، گنبد و ضريح كوچك آن در مجاورت مزار 4 امام(ع) خودنمايي مي‌كرد. مردم به زيارت آن مي‌رفتند و ضمن توسل به قبور مطهر امامان شيعه، در آن مكان نيز نماز مي‌گزاردند. جداي از منابع شيعه كه به وجود اين مكان تصريح كرده‌اند، اهل سنت نيز در كتب خويش از بيت‌الاحزان نام برده، آن را محل سوگواري دختر پيامبر(ص) معرفي كرده و اقامه نماز در آن را مستحب دانسته‌اند. عدهاي بيت‌الاحزان را به «قُبّه‌الْحُزْن» يا «مسجد فاطمه» تعبير كرده و برخي نيز مدفن فاطمه‌زهرا(س) را در اين مكان، پس از احتمال دفن در مسجد‌النبي و قبرستان بقيع، محتمل دانسته‌اند.
بيت‌الاحزان در گذر تاريخي خود به‌عنوان يكي از مشاهد مشرفه و حرم‌هاي قابل احترام شيعيان، تا سال 1344ق باقي بود و در جريان حمله دوم وهابيان به مدينه و تخريب اماكن ديني و زيارتگاه‌ها ويران شد و امروزه هيچ نشاني از آن گنبد و بارگاه نيست. بسياري از عالمان شيعه و بزرگان اهل سنت، بيت‌الاحزان و نام‌هاي معادل معنايي آن را بر آثار خويش گذاشتند و با بيان تاريخ و به‌كار بردن آن در نوشتار و اشعار خود، مظلوميت آن بانوي بزرگ اسلام را فريادگر شدند.