در اين ميان بديهي است كه هر طرح و برنامه اجرايي جديد چالش‌هاي اجرايي را به‌دنبال خود خواهد داشت كه پايداري منابع مالي را مي‌توان مهم‌ترين چالش طرح تحول سلامت دانست. در ابتداي طراحي و اجراي اين طرح بزرگ ملي، منابع مالي اصلي طرح تحول شامل منابع حاصل از هدفمندي يارانه‌ها درنظر گرفته شد اما با اجراي فازهاي مختلف طرح، به‌تدريج مشخص شد كه منابع مالي درنظر گرفته شده كفايت مصارف را نمي‌دهد. با مشخص‌شدن ابعاد چالش تأمين منابع و نيز افزايش قابل‌توجه هزينه‌هاي درماني سازمان‌هاي بيمه‌گر در مواجهه با چالش حفظ پايداري مالي نظام سلامت، سازمان‌هاي بيمه‌گر كه همراهان اصلي اين طرح بوده‌اند، برنامه‌هاي مختلفي را تدوين و اجرا كردند. با توجه به بررسي‌هاي كارشناسي، 2راهبرد اصلي در سازمان تأمين اجتماعي مورد توجه قرار گرفته كه لازم است به‌صورت توأم از آنها استفاده شود. اين راهبردها عبارتند از:
- مديريت مصارف
ماهيت بازار سلامت ايجاب مي‌كند كه برنامه‌هاي مديريت مصارف از سمت عرضه آغاز شود. توجه ناكافي به اين موضوع در تدوين و اجراي طرح تحول سلامت، نقش مهمي در بروز شرايط بحراني كنوني دارد. برنامه‌هاي ذيل اين راهبرد عبارتند از: تعيين بسته خدمات بهداشتي و درماني در سطح بيمه‌هاي پايه و تكميلي، مكانيزاسيون ارائه خدمات سلامت و خدمات بيمه‌پايه، شفاف‌سازي قانونمند درآمدها و هزينه‌ها، يكسان‌سازي ضوابط خريد خدمات بيمه پايه سلامت و اصلاح نظام پرداخت، اجراي نظام ارزيابي عملكرد و اعتبارسنجي ارائه‌كنندگان خدمات در راستاي نظام خريد راهبردي، ساماندهي بيمه‌هاي خدمات درماني مكمل و نحوه عقد قرارداد با آنها، ايجاد مشاركت مالي ارائه‌دهندگان خدمات سلامت در ريسك مالي ناشي از تجويز و ارائه خدمات سلامت، اصلاح تعرفه‌هاي موجود در جهت ارتقاي كارايي، توزيع عادلانه درآمد و حذف موارد زائد و همچنين شناسايي افراد فاقد استحقاق و خارج ساختن آنان از شمول بيمه رايگان خدمات درماني.
- ارتقاي مديريت منابع و تجهيز منابع جديد
برنامه‌هاي قابل ذكر در چارچوب اين راهبرد عبارتند از: تمركز مديريت منابع مربوط به خريد بسته بيمه‌پايه سلامت در نظام بيمه‌اي در جهت بهبود شفافيت گردش وجوه و پاسخ‌دهي، متناسب‌سازي سهم شاغلين و بازنشستگان صندوق‌هاي بازنشستگي از منابع سهم دولت در راستاي بهره‌مندي عادلانه آحاد كشور از منابع عمومي، بازنگري در ميزان و سهم حق بيمه سهم درمان پرداختي توسط بيمه‌شدگان با اصلاح نرخ مشاركت و درآمدهاي مبناي كسر حق بيمه، افزايش سهم نظام سلامت از منابع عمومي و همچنين اعمال عوارض جديد بر فعاليت‌ها و كالاهاي آسيب‌رسان.