با گذشت 24سال از تصويب اين قانون، اعمال مديريت بر آن به بهانه‌هاي مختلف، سبب تضييع حقوق بسياري از ايثارگران شده است. اين در حالي است كه بنياد در تلاشي كه در سال‌هاي 90و 91 در قوانين بودجه سنواتي داشت، موفق شد موافقت نمايندگان مجلس را در اصلاح تبصره5 قانون حالت اشتغال جلب كند. با اين اصلاحيه عملا به‌صورت مضاعف حقوق ايثارگران ضايع شد. اين اصلاحيه بيان مي‌دارد؛ برقراري حقوق حالت اشتغال از تاريخ تشخيص ازكارافتادگي توسط كميسيون‌هاي پزشكي بنياد قابل پرداخت است. اگر در گذشته تأخير در تشكيل كميسيون باعث ايجاد مطالبات معوقه براي ايثارگران، از تاريخ تصويب قانون بود اين اصلاحيه عملا اين حق را از ايثارگران گرفت. با اين تغييرات هر زمان كه بنياد و كميسيون پزشكي صلاح بدانند جانبازان و آزادگان را در نوبت كميسيون پزشكي قرار مي‌دهند و هيچ مرجع ناظري هم به اين تضييع حقوق معترض نمي‌شود و آن را پيگيري نمي‌كند. مجلس هم كه علاوه بر تصويب قانون بر اجراي آن نظارت دارد، با سكوت از كنار اين مسئله مي‌گذرد و توجهي به اجراي عدالت ندارد.
جانبازان و آزادگان، گرفتار يك سرگرداني بين بنياد و نيروهاي مسلح هستند؛ از طرفي بنياد وضعيت ازكارافتادگي كلي آنان را مشخص نمي‌كند، تا اگر ازكارافتاده كلي نشوند بتوانند پيگير حقوق وظيفه با تعيين ازكارافتادگي جزئي در نيروهاي مسلح شوند.
گاهي اوقات اين ناهماهنگي نتيجه قصور نيست بلكه از تقصير متوليان ناشي مي‌شود تا بتوانند بر قوانين و اجراي آن مديريت كنند. اين موضوع اختصاص به يكي از مهم‌ترين تسهيلات ايثارگران كه با معيشت و زندگي آنان گره خورده ندارد بلكه با تأخير درتصويب آيين‌نامه‌هاي اجرايي به شكلي ديگر، مانع واگذاري ساير تسهيلات و امتيازات به ايثارگران مي‌شوند.
به‌طور مثال ماده 45 قانون جامع خدمات‌رساني به ايثارگران درخصوص واگذاري خودرو به جانبازان 50درصد و بالاتر و آن گروه از جانبازان 25تا 49درصد كه از نظر جسمي محدوديت حركتي دارند در تاريخ 2/10/91 به تصويب مجمع تشخيص مصلحت نظام رسيده است. خودرو براي اين قشر از ايثارگران بسيار حياتي است و به‌عنوان ابزاري جهت حضور در عرصه‌هاي اجتماعي، اقتصادي و.... ضرورت آن انكارناپذير است لكن با گذشت سال‌ها از تصويب قانون، هيچ حركت مثبتي براي اجراي آن از سوي متوليان مشاهده نمي‌شود. اين بي‌تفاوتي از متوليان رياست بر نهادهاي انقلابي كه هر روز اعلام مي‌كنند بيش از 80درصد قانون جامع اجرايي شده است، جاي تأمل دارد. درحالي‌كه اين نسبت از اجراي قانون جامع كذب محض است ولي همچنان به ادامه اين شعار فريبنده اصرار دارند. اغلب مواد قانون جامع گرفتار چنين سوءمديريت‌هايي است كه اعتراض ايثارگران را به‌دنبال داشته است.
ناهماهنگي دولت و مجلس در قوانين مصوب ايثارگران به جايي رسيده است كه اغلب اين قوانين كارايي لازم در حل مشكلات ايثارگران را ندارند. يكي از بهانه‌هاي مهم دستگاه‌هاي اجرايي و به‌ويژه بنياد شهيد و رده‌هاي مختلف نيروهاي مسلح در عدم‌اعمال قوانين ايثارگران، نبود پيش‌بيني بودجه و منابع لازم براي اين قوانين است.
قوانين مصوب يا به‌صورت لايحه توسط دولت پيشنهاد مي‌شود يا در قالب طرح و اصلاحيه‌هاي لازم بر لوايح پيشنهادي دولت توسط مجلس انجام مي‌گيرد. در هر صورت برابر اصل 75قانون اساسي، اين موارد زماني قابل طرح در مجلس است كه در آن تأمين هزينه‌هاي آن معلوم شده باشد. لذا چرا قوانيني كه به تصويب مجلس مي‌رسد و با تأييد شوراي نگهبان ضمانت اجرايي پيدا مي‌كند، به بهانه عدم‌تأمين منابع مالي با مشكل در اجرا مواجه مي‌شود؟آيا شوراي نگهبان كه برابر قانون اساسي موظف است مانع تصويب اينگونه قوانين شود، به رسالت خود در تطبيق اين قوانين با قانون اساسي به درستي عمل نكرده است؟
در حوزه ايثارگران قوانين بسياري وجود دارد كه با مشكل عدم‌اجرا يا اجراي ناقص مواجه است ولي نهادي كه پيگير رفع اين مشكل باشد وجود ندارد.