در حکم وزیر بهداشت برای ۱۷ نفر از مديران حوزه درمانی کشور شامل مسئولانی از وزارت بهداشت و سازمان برنامه و بودجه؛ خواسته شده تا راهکارهایی برای «کنترل هزینه‌ها» و «صیانت از حقوق بیمه‌شدگان» ارائه شود. این در حالی‌است که در این شورای راهبری که معلوم نیست جایگاه قانونی آن کجاست و به نظر می‌رسد شورایی مشورتی باشد، هیچ سهمی برای وزارت رفاه و سازمان‌های بیمه‌ای به عنوان بال دوم اجرای طرح تحول سلامت در نظر گرفته نشده است.
در حکم ۷ بندی وزیر بهداشت برای شورای راهبردی طرح تحول سلامت، برای برخی از انتقادات جدی به طرح تحول سلامت نیز درخواست راهکار و مشاوره شده است. «بازنگری جمعیت بیمه‌شدگان همگانی و رفع هم‌پوشانی» یکی از مهم‌ترین مشکلاتی بود که بعد از اجرای طرح تحول به وجود آمد و به‌رغم آنکه در مراحل اولیه طرح مسئولان وزارت بهداشت تعداد بیمه نشدگان را بین ۳ تا ۵ میلیون نفر برآورد کرده بود؛ اما پس از ارائه دفترچه بیمه سلامت، ۱۱ میلیون نفر بیمه شدند.
«بررسی راهکارهای عملی استقرار نظام ارجاع و توسعه و تعمیم پزشک خانواده»، «ارائه راهکارهای عملی پیاده‌سازی راهنماهای بالینی» و «بازنگری مؤلفه‌های هزینه‌ای در کتاب ارزش نسبی» دیگر مواردی است که در حکم وزیر بهداشت خطاب به اعضای شورای راهبردی طرح تحول سلامت آمده و حکایت از آن دارد که وزارت بهداشت بعد از ۳.۵ سال از اجرای طرح تحول، به فکر بهبود کاستی‌های طرح افتاده است؛ کاستی‌هایی که منجر به افزایش بی‌سابقه نسبت هزینه‌های درمانی در بودجه عمومی شده است.