طرح تحول سلامت در مجموع طرح مثبتي ارزيابي مي‌شود؛ زيرا اين طرح استراتژي مشخصي دارد و اجزاي مالي و چشم‌انداز آن در آغاز به خوبي ديده شده است. طرح نظام سلامت تحولي را در ارائه خدمات سلامت در كشور ايجاد كرد كه منجر به رضايتمندي قابل توجه مردم بين اقشار مختلف شده است به همين جهت عقبگرد از اين طرح امكانپذير نيست. هر طرحي در اجرا ممكن است داراي نقاط قوت و ضعفي باشد. البته نقاط قوت طرح تحول سلامت بيش از نقاط ضعف آن است اما در هرحال اين طرح در اجرا نقاط ضعفي دارد و به‌نظر مي‌رسد اگر بتوانيم اين اشكالات را با تعامل كميسيون بهداشت و وزارتخانه‌هاي بهداشت و رفاه برطرف كنيم مي‌توان اميدوار بود كه اين طرح با توان جديدي به ارائه خدمت بپردازد. طرح تحول سلامت طرح وزارت بهداشت نيست. بلكه به نوعي طرح نظام است و عقبگرد در آن معنا نخواهد داشت و لذا تلاش خواهيم كرد تا اين طرح با رفع نقاط ضعف ادامه يابد.
مهم‌ترين مشكلاتي كه در زمينه طرح تحول سلامت وجود دارد آن است كه منابع مالي كه در ارتباط با طرح تحول پيش‌بيني شده بايد سياستگذاري‌هاي مشخصي داشته باشد؛ زيرا امروزه سياستگذاري‌ها در اين زمينه يكپارچه نيست و به‌رغم اينكه توليت بر‌عهده وزارت بهداشت است اما ابزار توليت در دست اين وزارتخانه نيست. طرح تحول سلامت بايد در 2قسمت مورد اصلاحات جدي قرار گيرد؛ اول آنكه سياستگذاري به‌طور كامل در اختيار وزارت بهداشت باشد و دوم آنكه مديريت منابع به‌طور بهينه مدنظر قرار داده شود و معتقديم اگر سياستگذاري درستي در وزارت بهداشت صورت گيرد، اين وزارتخانه با توجه به توان تخصصي كه در اين زمينه دارد مي‌تواند به تدوين راهنماهاي باليني اقدام كند.
براي اجراي طرح تحول سلامت منابع مختلفي درنظرگرفته شده است كه مهم‌ترين‌شان اختصاص يك‌درصد ارزش‌افزوده، ۱۰درصد هدفمندي يارانه‌ها و اختصاص عوارض حاصل از مصرف كالاهاي آسيب‌رسان سلامت است. خوشبختانه يك‌درصد ارزش‌افزوده به‌طور كامل اختصاص پيدا كرده كه به‌طور معمول سالانه ۴ تا ۵هزار ميليارد تومان است اما در بحث ۱۰درصد هدفمندي يارانه‌ها دولت تا‌كنون مبلغي را به وزارت بهداشت اختصاص نداده است. البته با پيگيري‌هاي انجام شده سازمان برنامه و بودجه تأكيد دارد كه به جاي ۱۰درصد هدفمندي يارانه‌ها موارد ديگري را به وزارت بهداشت اختصاص داده و به بودجه اين وزارتخانه كمك كند. درخصوص عوارض بر مواد دخاني، مجلس شوراي اسلامي هر سال مبالغي را تصويب كرده است اما سازمان برنامه و بودجه از اين محل مبلغي به وزارت بهداشت اختصاص نداده است. بنابراين در سال گذشته اين منابع براي اجراي طرح تحول سلامت درنظر گرفته شده است؛ ضمن اينكه هزينه‌هاي ديگر طرح تحول سلامت از محل درآمدهاي اختصاصي وزارت بهداشت بوده است.
پايداري منابع حوزه سلامت در كميسيون بهداشت مجلس هميشه مورد توجه است. سازمان برنامه و بودجه تأكيد دارد به جاي ۱۰درصد هدفمندي يارانه‌ها موارد ديگري را به وزارت بهداشت اختصاص داده است. البته سازمان برنامه و بودجه بابت عدم تخصيص ۱۰ درصد از محل هدفمندي بايد توضيح دهد اما در مورد عوارض كالاهاي آسيب‌رسان مي‌توان گفت كه مهم‌ترين منبع پايداري است كه بايد بيشتر به آن توجه كرد. ازاين روش در بيشتر كشورهاي پيشرفته دنيا استفاده مي‌شود. تلاش‌هاي بسياري در اين خصوص صورت گرفت كه بايد مجلس اقدامات بيشتري درباره آن انجام دهد.