شخصيت علمي امام باقر(ع) با مؤيد بودن اين سخن و ديگر مستندات، به‌قدري والاست كه انديشمندان اسلامي در همه فرقه‌ها بدان اعتراف كرده و از او با تعبير «باقرالعلوم» نام مي‌برند؛ لقبي كه به گفته شيخ صدوق، محدث بزرگ شيعه، يعني كسي‌كه علوم را مي‌شكافد و اسرار آن را هويدا مي‌سازد. در فرمايشي از خود حضرت، درباره مقام علمي خويش آمده است: «ما (اهل‌بيت) گنجينه علم پروردگاريم و امر پروردگار در دست ما قرار دارد.به‌وسيله ما اسلام آغاز شد و به‌واسطه ما انجام خواهد گرفت و مردم، احكام اسلام را از ما آموختند. به خداوندي كه دانه را شكافت و آدميان را آفريد، علم خداوند جز نزد ما در جاي ديگري نيست و مردم نخواهند علم خدا را درك كنند مگر به‌وسيله ما».
امام محمدباقر(ع) به‌دليل شهادت مظلومانه حسين بن علي(ع) در حادثه جانسوز كربلا و روشنگري امام زين‌العابدين(ع) پس از آن و همچنين با قيام‌هايي كه در گوشه و كنار با همراهي دوستداران اهل‌بيت عليه حكام جور صورت مي‌گرفت، فرصتي يافت تا دانشگاهي اسلامي تأسيس كند و شاگرداني پرورش دهد كه اين نهضت را زنده نگه‌داشته و حيات اسلام و مباني آن را ادامه‌دهند. آنچه از زمان خود امام(ع) و تا قرن‌ها پس از آن، جلوه بيشتري در زندگاني پربركت ايشان داشت، غالبا اين بخش از زندگاني امام‌باقر(ع) بود. به‌همراه جايگاه علمي امام(ع) كه نقطه پررنگ گزارش همه مورخان از زندگاني آن بزرگوار است، مطالبي نظير زمان و مكان ولادت، القاب، كنيه‌ها، شمايل، نسب، بستگان، معجزات و زمان و چگونگي شهادت ايشان نيز از مواردي بوده كه در متون ديني روايت شده است. اين مباحث هرچند مهم بوده و جهاد علمي باقرالعلوم(ع) بارزترين معارفه‌اي است كه مي‌توان از آن امام(ع) داشت - چنانچه در ابتداي اين نوشتار بدان تصريح شده است - اما بايد فهميد كه آن‌حضرت، فقط منحصر در اين محدوده نيست. بايد پي برد كه امام پنجم ما،فراتر از حضور در واقعه عاشورا در سن خردسالي و فراتر ازنظاره‌گربودن مصايبي هستند كه بر حضرت سيدالشهداء(ع) رفته است؛ چنانچه امروزه برخي وعاظ و مداحان، درس‌هايي را كه مي‌توان از لحظه‌لحظه زندگاني امام باقر(ع) بهره برد را به بيان يك خط ذكر مصيبت حضور ايشان در ماجراي كربلا تقليل داده‌اند.
سيره فردي، خانوادگي، اخلاقي، سياسي، فرهنگي، اقتصادي و اجتماعي امام محمدباقر(ع) در كنار سيره علمي و ديگر مناقب آن امام همام، پر از نكاتي است كه به مدد پژوهشگران و محققان علوم ديني در دهه‌هاي اخير در قالب همايش‌ها، مقالات و نرم‌افزارهاي رايانه‌اي منتشر شده است. اين آموزه‌ها از شخصي‌ترين مسائل آن‌حضرت مانند پوشاك، خوراك، بهداشت، رابطه با همسر و فرزند تا رويكردهاي عمومي امام(ع) در جامعه و مواجهه با مردم را در بر گرفته است. سيره اخلاقي محمد‌بن‌علي(ع) از بخشش به ديگران، صميميت و محبت به دوستان، حلم و بردباري، تواضع و فروتني گرفته تا صله‌رحم و رسيدگي به خويشاوندان، مراوده با محرومان، احسان به فقرا و كمك به كارگران، تنها بخشي از مرام و منزلت اخلاقي او است. آنچه از زهد و تقوا، نماز و سجده‌هاي آن، ادعيه و اذكار، قرائت قرآن، حج، صبر و بردباري و شكر امام محمدباقر(ع) نقل شده، نشان از بالاترين مقامات عبادي براي يك حجت الهي است. سيره اجتماعي و سياسي امام(ع) نيز در راستاي احياي سنت نبوي و تبيين معارف شيعي در برخورد با خلفا و احتجاج با مخالفان است؛ امري كه بر حاكمان وقت، گران آمد و شهادت ايشان را در هفتم ذي‌الحجه سال ۱۱۴ه ق رقم زدند.