«فردریش ویلهلم سوم» پادشاه پروس، دانشگاه بن را تاسیس کرده است، البته تاسیس آن به خاطر فشار برخی از وزرای او صورت گرفت و پادشاه پروس تمایلی برای تاسیس آن نداشت. از همین رو، سند الحاقی متعلق به پادشاه که توسط توماس بکر، مسئول آرشیو دانشگاه بن ثبت شده است، به عنوان ارزشمندترین بخش اصلی در موزه دانشگاه نگهداری می‌شود.
دانشگاه بن داراي 544 استاد و 32 هزار و 500 دانشجو در هر سه مقطع كارشناسي، كارشناسي ارشد و دكتري است. اين دانشگاه دولتي آلمان بر اساس رتبه‌بندی جهانی جزو 100 دانشگاه برتر جهان قرار دارد.
ساختمان اصلي دانشگاه بن در مرکز شهر واقع شده است اما اين دانشگاه دارای یک پردیس متمركز نيست بلكه دانشكده‌ها و مراكز اداري و تحقيقاتي آن در 371 ساختمان قرار دارد.
دانشگاه بن از ابتدای تاسیس در سال 1818 تا 1928 دارای پنج دانشکده بود. در سال 1928 دانشکده حقوق و اقتصاد، که تا آن زمان بخشی از دانشکده هنر و علوم بودند، به دانشکده حقوق و اقتصاد جدید تشکیل شدند. اكنون دانشگاه بن دارای 7 دانشکده دانشکدۀ الهیات کاتولیک، الهیات پروتستان، حقوق و اقتصاد، پزشکی، علوم انسانی، ریاضیات و علوم و علوم کشاورزی است.