کاهش تعداد معاونت‌های این نهاد از 11 معاونت به 7 معاونت و کاهش حداقل 10 اداره کل در ستاد مرکزی را از جمله تغییرات ساختار جدید است.
حسین انواری، سرپرست کمیته امداد امام خمینی (ره) گفت: ساختار گذشته متناسب با خدمات دهه‌های پیشین بود و ضرورت داشت تا این نهاد در زمینه ایجاد تسهیل در خدمت‌رسانی به نیازمندان حرکتی جدی داشته باشد.
وی دوره گذر از ساختار گذشته به ساختار جدید را رسیدن به تعادل در خدمت رسانی خواند و افزود: باید آمادگی کامل داشته باشیم تا با تلاش بیشتر خدمت صادقانه و مناسب شان خانواده های معزز تحت حمایت به آنان تقدیم کنیم.