و در این زمان، به سبب عارضه قلبی و بنا به توصیه پزشکان به تهران آمدند و به مدت یک ماه در بیمارستان قلب تهران که امروز به نام بیمارستان شهید رجایی شهرت دارد بستری شدند. امام پس از ترخیص از بیمارستان، به توصیه پزشکان، در تهران ماندند؛ از همین رو، مقرر شد که مکانی برای ایشان در شمال شهر که هم دارای هوایی پاک و سالم و هم از لحاظ مسائل امنیتی مطمئن باشد، فراهم شود. در آغاز، خانه‌ای سه‌طبقه در محله دربند متعلق به حاج‌آقا مشرف برای امام در نظر گرفته شد ولی با توجه به اینکه این خانه ویژگی‌های منزل مطلوب و مورد نظر امام(ره) را نداشت تصمیم گرفته شد که خانه دیگری انتخاب شود. امام بر انتخاب مکانی ساده، تأکید می‌کردند و حتی به فرزندشان اعلام کرده بودند که اگر خانه‌ای ساده پیدا نکنند به قم بازخواهند گشت؛ از این رو مرحوم حاج‌سیداحمدخمینی با توجه به آشنایی آیت‌الله سیدمهدی امام‌جمارانی با منطقه شمیران به همراه او و آیت‌الله موسوی‌خوئینی‌ها جست‌وجو برای یافتن خانه‌ای مناسب روحیات امام(ره) را آغاز می‌کنند و پس از بازدید از منازل مختلف در مناطقی از شمیران، عازم منزل آیت‌الله امام‌جمارانی در جماران برای استراحت و صرف ناهار می‌شوند. در زمان صرف ناهار حجت‌الاسلام شجونی پیشنهاد انتخاب خانه امام‌جمارانی را برای سکونت امام خمینی(ره) به حاج‌سیداحمد خمینی می‌دهند و او نیز با بررسی وضعیت منزل با این پیشنهاد موافقت می‌کند. سرانجام امام در ٢٨اردیبهشت١٣۵٩ به این خانه که در مجاورت حسینیه شماره یک جماران یا تکیه بالا قرار دارد وارد شدند.
بیت امام مجموعا از 4خانه واقع در پشت حسینیه جماران که منزل اجدادی آیت‌الله سیدمهدی امام‌جمارانی، 2برادر و همشیره او بوده، تشکیل شده است. خانه امام‌جمارانی به‌عنوان اندرونی، خانه مرحوم حجت‌الاسلام سیدحسین جمارانی ـ برادرشان ـ به‌عنوان دفتر و منزل خواهرشان که دارای اتاقی با یک کاناپه و طاقچه بود برای دیدارهای خصوصی امام در نظر گرفته شد. با اتصال این منازل به یکدیگر و ارتباط آن با حسینیه جماران مجموعه‌ای ایجاد شد که بیت امام خمینی(ره) خوانده می‌شود و امام تا پایان عمر، در این مجموعه ساده زندگی کردند. خانواده حضرت امام(ره) نیز در اندرونی این مجموعه سکونت داشتند. در برخی از ساعات روز، امام در حیاط این خانه، قدم می‌زدند و به رادیو گوش می‌کردند. بعدها باغی نیز که در مجاورت این خانه قرار داشت و چشمه‌ای هم در آن جاری بود، خریداری و به این خانه افزوده شد. خانه دیگری هم که در مجاورت بیت قرار داشت، خریداری شد تا دفتر امام در آنجا مستقر شود. امروزه منزل امام با نگه‌داشتن وسایل شخصی ایشان به موزه بدل شده است و علاقه‌مندان از آن بازدید می‌کنند.
محمد تیموری ـ یکی از اهالی قدیمی محله جماران ـ که در جریان جزئیات ورود امام خمینی(ره) و ساکن‌شدن ایشان در این محله است به سایت جماران گفته: «بعدازظهر روز 28اردیبهشت بود که مردم، کوچه را آب و جارو کرده بودند و در همین خیابان حسنی‌کیا بود که امام آمدند. بعدها بازسازی خانه را انجام دادند و یک دری گذاشتند که امام بتواند از این در وارد دفتر کارش بشود. در مسیری که امام وارد محله میشد اهالی محل چند گوسفند قربانی کردند و گلدان بیرون گذاشتند ولی شلوغ نکردند که غیراهالی بیایند و فقط بومی‌ها آمده بودند. ما هم سر همین خیابان یاسر ایستاده بودیم و مرتب خبر می‌گرفتیم که امام از محل کی حرکت کردند و الان کجا هستند. برنامه ما هم از سر کوچه حسنی‌کیا شروع میشد تا خود حسینیه که قرار بود به پیشواز حضرت امام بیاییم. نخستین جایی که بلیزر حضرت امام توقف کرد سر خیابان حسنی‌کیا بود که خانواده عبدمنافی ایستاده بودند. امام از همان بدو ورود احترام می‌کردند و به احساسات مردم پاسخ می‌دادند. ما هم جلوی ماشین بلیزر را گرفته بودیم که کسی جلو نیاید. امام هم در مسیر چند مرتبه ایستادند و با همسایگان احوالپرسی کردند. از سه‌راه حسینیه تا خود حسینیه جمعیت بیشتر بود و اهالی محل ایستاده بودند. جلوی در حسینیه هم عده‌ای از علما و بزرگان ایستاده بودند که به امام خوشامد بگویند. امام از ماشین پیاده شدند. همین پله اول را که امام از دفتر کار بالا رفتند به حاج‌احمدآقا مطلبی گفتند. ایشان به مردم گفتند که وارد حسینیه شوید، امام می‌خواهد برای شما صحبت کند. آن‌موقع نه سکویی بود و نه بلندگویی و امکان آن نبود که صندلی‌ای بگذاریم. امام با کمک حاج‌احمدآقا روی همان ماسه‌‌ای که برای ساخت‌وساز بود، رفتند و با مردم سلام و احوالپرسی کردند و به آنان گفتند که ما قرار است چند وقتی مهمان شما باشیم. ان‌شاء‌الله که راضی باشید و اگر اذیتی شدید من را حلال کنید. پیرمردهای جمع که این تواضع را دیدند به گریه افتادند».