انعکاس گسترده این نامه در جامعه که نشان‌دهنده وجود اختلاف‌نظر میان دو عالم حوزوی است، بازتاب مردمی مناسبی نداشته است. نکته این است که این نامه از یک مقام پایین‌تر برای یک مقام بالاتر حوزوی ارسال شده و تعابیر تند و نسبتا تهدیدآمیزی که در آن به‌کار رفته است، آثار مطلوبی برای شأن و اعتبار و قداست مرجعیت نخواهد داشت.
نکته دیگر این است که اخلاقیات اسلامی اقتضا کرده است که آیت‌الله شبیری با شاگردان خود دیداری داشته باشند؛ تنگ‌نظری‌ها و واکنش‌های تند به دیدارهای اینچنینی نمی‌تواند قابل‌قبول باشد. مسئله این است که آیت‌الله شبیری‌زنجانی به‌عنوان یک مرجع، صاحب‌نظر در تکلیف هستند و تکلیف شرعی خود را بهتر از هر فرد دیگری تشخیص می‌دهند.
در حوزه‌های علمیه سابقه نداشته است که یک عالم حوزوی برای یک مرجع تعیین تکلیف کند. در نامه آیت‌الله یزدی، اعتبار مرجعیت به اعتبار نظام مشروط شده است، این در حالی است که از منظر بسیاری از علما و مجتهدین این معادله خلاف است؛ اعتبار نظام جمهوری اسلامی تا زمانی است که مورد تأیید مرجعیت باشد. در واقع اعتبار نظام به اعتبار مرجعیت وابسته است. در زمان حضرت امام خمینی(ره) نظام اعتبار خود را از مرجعیت خود ایشان و همراهی سایر علما و مراجع دریافت می‌کرد.
در دوره رهبری آیت‌الله خامنه‌ای هم اینگونه است. این مراجع هستند که پشتوانه دینی نظام محسوب می‌شوند؛ بنابراین نظام همیشه نیازمند پشتیبانی و تأیید مراجع است. بر این اساس نباید مرجعیت را در مقابل نظام قرار داد. چنین نگاهی به مرجعیت برای نظام اسلامی بسیار خطرناک خواهد بود.
نامه اخیر آیت‌الله یزدی به آیت‌الله شبیری‌زنجانی این حقیقت را مورد ابهام قرار داده است. درباره انگیزه این نامه‌نگاری، حرف و حدیث‌های فراوان گفته می‌شود؛ اینکه مردم در انتخابات به فهرست مورد تأیید اصلاحات رأی داده‌اند و به جریان مقابل روی خوش نشان نداده‌اند، به لحاظ سیاسی می‌تواند انگیزه‌ای برای نوشتن این نامه از طرف آیت‌الله یزدی و به نوعی انتقام‌گیری سیاسی ارزیابی شود؛ چه اینکه خود آیت‌الله یزدی از راهیابی به مجلس خبرگان بازماندند.
با این حال، اینگونه تنگ‌نظری‌ها با هر انگیزه و مقصودی که باشد، موضوعیت ندارد؛ شریعت ما، شریعت سمحه و سهله است؛ به این معنی که در شرع و دین اسلام سختگیری اینچنینی وجود ندارد. فضای جامعه ما به‌ویژه در فضای حوزه‌های علمیه باید آزادی فکری حاکم باشد و علما و مراجع بتوانند آزادانه نظرات اجتهادی و سیاسی خود را مطرح کنند.
در روایات آمده است که «من استبد برأیه هلک، ومن شاور الرجال شارکها فی عقولها.» یعنی کسی که استبداد رأی داشته باشد، هلاک می‌شود. این در واقع دیدگاه کلی اسلام است که باید در فضای جامعه حاکم باشد، اما متأسفانه گروهی مسائل جامعه را با نگاهی سخت و خشن می‌بینند. این انتظار و امیدواری وجود دارد که طی روزهای آینده آیت‌الله یزدی بیانیه‌ای صادر کنند و نسبت به سؤالات و ابهاماتی که پیرامون نامه خود به آیت‌الله شبیری ایجاد کرده‌اند، روشنگری کنند.