در این میان سازمان ورزش با موضع‌گیری خود نسبت به استخدام این مربی اسپانیایی برای تیم‌ملی تقریباً تمام درهایی که به گفت‌وگو باز می‌شود را بسته است، مسئله‌ای که علی کفاشیان رئیس فدراسیون از آن با عنوان ارائه اطلاعات غلط به علی‌آبادی، گلایه می‌کند.
این برای اولین بار پس از روی کار آمدن فدراسیون جدید است که سازمان و فدراسیون به اختلاف می‌رسند. گرچه کفاشیان در ادامه از موضع رسمی سازمان حمایت می‌کند. در ادامه تحولات موجود، کلمنته اما کمی از مواضع خود عقب‌نشینی کرده است.
این سرمربی اسپانیایی در آخرین اظهارنظر خود گفته است: «تا زمانی که به من نیاز باشد، در ایران زندگی خواهم کرد.»
کلمنته نرمشی قابل پیش‌بینی پس از کنار نیامدن مقامات ایرانی در مورد پیش‌شرط خود داشت و تصریح کرد: «در ایران زندگی می‌کنم و مشکلی بابت این قضیه ندارم اما فقط در زمان لازم در ایران هستم و منطقی است که وقتی به من احتیاج ندارند، به بیلبائو برگردم.»
کلمنته متعهد به صعود ایران به جام جهانی 2010 آفریقای جنوبی است و در مرحله اول باید برای صعود این تیم تلاش کند.
وی در ادامه افزود: «هر تعداد روزی که لازم است در ایران زندگی خواهم کرد ولی وقتی دیگر تیم‌ملی در اختیار من نباشد، چرا باید در ایران بمانم؟»
در این میان روزنامه مارکا در گزارشی درباره وضعیت کلمنته در تیم‌ملی فوتبال ایران نوشت: «دوره آرامشی بین فدراسیون فوتبال ایران و خاویر کلمنته ایجاد شده است. به یاد داشته باشید که مهمترین و تنها مشکل موجود بر سر حضور کلمنته در تیم ایران تنها اقامتش در تهران است.» سرمربی آینده تیم‌ملی به روزنامه مارکای مادرید درباره آخرین وضعیت قراردادش با فدراسیون فوتبال ایران گفته است: «پیش‌تر این قرارداد امضا شد و آن را به تهران فرستادم و دو طرف با هم بر سر قرارداد به توافق رسیدیم.»
با این حال مشکل اقامتی کلمنته هرچند پابرجاست اما او بر این باور است که می‌تواند در مدتی کوتاه اطلاعات کاملی را از فوتبال ایران کسب کند: «هرچه که لازم باشد را کسب خواهم کرد و می‌توانم بگویم در مدت کمی می‌توانم نسبت به فوتبال ایران شناخت کافی پیدا کنم و تمام تلاشم را به کار خواهم بست. این که اطلاعاتی را به دست آورم به مکان اقامتم مربوط نیست.
می‌خواهم تکرار کنم تا هر زمان لازم باشد در ایران زندگی خواهم کرد اما این که چقدر لازم است را نمی‌دانم. این مدت می‌تواند 100 یا 200 روز یا کمتر از این باشد. من این را نمی‌دانم. تنها می‌توانم به آنها اطمینان دهم زمان که برای کارم لازم باشد، در آنجا خواهم ماند و اگر لازم نبود به اسپانیا بازخواهم گشت. همه چیز را نمی‌توانم با حضور فیزیکی به دست آورم.»
مارکا در ادامه گزارش خود به تعطیلی روز گذشته تهران اشاره می‌کند و پیش‌بینی می‌کند تا 48 ساعت آینده وضعیت قرارداد کلمنته با فدراسیون فوتبال ایران نهایی شود. همچنین این روزنامه به فشار روزنامه‌های ایرانی برای حضور کلمنته در تهران اشاره کرده و آورده که رسانه‌های ایران معتقدند کلمنته باید به طور کامل در تهران زندگی کند.
در ادامه گزارش مارکا آمده: «در حقیقت کلمنته از قبل برای تماشای بازی‌های ایران پیش‌بینی خرید ماهواره را کرده بود تا بتواند شبکه‌های ایرانی را از باسک اسپانیا دریافت کند. او همچنین از راه‌های دیگر نظیر دریافت فیلم ویدئویی بازی‌های لیگ که توسط همکارانش در تهران به او داده می‌شود، قصد دارد لیگ ایران را به دقت زیرنظر بگیرد.»
کلمنته در پایان گفت: «نگران‌کننده نیست. من علاقه‌مندم که در همین راه پیش روی کنم.»
تذکر برای روشن شدن وضعیت کلمنته
پس از واکنش انتقادی امیررضا خادم در مورد حضور کلمنته در ایران یکی دیگر از نمایندگان مجلس نیز به روشن نشدن وضعیت این مربی اسپانیایی واکنش نشان داد.به گزارش ایسنا، یحیی‌زاده نماینده مردم تفت و میبد در مجلس شورای اسلامی در تذکری کتبی به رئیس‌جمهور که توسط حداد عادل در صحن علنی مجلس شورای اسلامی قرائت شد، پرهیز از اتلاف وقت در انتخاب سرمربی تیم‌ملی فوتبال با توجه به شروع بازی‌های حساس مقدماتی جام‌جهانی 2010 را خواستار شد.