اعطای امتیاز انحصار محصول توتون و تنباکوی ایران از مرحله کشت تا فروش در داخل و خارج کشور به‌مدت پنجاه سال به یک شرکت انگلیسی از سوی ناصرالدین‌شاه، تبعات و پیامدهای زیادی را در ایران به همراه داشت و با مخالفت‌های شدید علما، بازرگانان و برخی از دولتمردان مواجه شد. در این بین حکم تحریم استعمال توتون و تنباکو از سوی مرجع بزرگ شیعیان میرزا حسن شیرازی، اعتراض عمومی بی‌نظیری علیه حکومت به‌وجود آورد که پیامدهای ناگوار واگذاری امتیاز دخانیات ایران به بیگانگان را از میان برد.
از این‌رو می‌توان تحریم تنباکو را که در سال 1275 خورشیدی (1309 ه. ق) در پی حکم آیت‌الله میرزای شیرازی شکل گرفت، به‌عنوان سرسلسله جنبش‌های آزادی‌خواهانه در تاریخ معاصر ایران به شمار آورد چرا که مخالفت با واگذاری امتیاز تجارت تنباکو به بیگانگان، بسترهای همراهی تجدد‌خواهان و روحانیون را در کنار مردم به‌وجود آورد و آنها را به قیام علیه استبداد داخلی و استعمار خارجی ترغیب کرد.
در 28 رجب 1307 (20 مارس 1890) امتیاز تجارت توتون و تنباکو به‌مدت پنجاه سال به تالبوت اعطا شد. این امتیاز که به امضای شاه و سرهنری ولف رسید، دارای پانزده فصل بود که حکایت از اختیارات تام تالبوت در امور دخانیات ایران و بی‌اعتنایی به منافع ملت ایران داشت. مطابق با این قرارداد، شرکت رژی متعهد می‌شد که در ازای انحصار خرید و فروش توتون و تنباکوی ایران به‌مدت پنجاه سال، سالانه مبلغ 15 هزار پوند استرلینگ به همراه یک چهارم سود خالص خود را به شاه بپردازد. با انعقاد این قرارداد، تولید‌کنندگان و فروشندگان داخلی نیز استقلال خود را از دست داده و برای فروش توتون و تنباکو باید از شرکت خارجی اجازه می‌گرفتند که با مخالفت‌های گسترده‌ای از سوی مردم و روحانیون مواجه شد.
انتشار اعلامیه‌ای رسمی از سوی دولت که واگذاری امتیاز تنباکو را تذکر می‌داد و در عین حال به زارعین توتون و تنباکو نیز وعده خرید عادلانه و نقدی محصولات آنها را می‌داد، موج گسترده‌ای از نارضایتی را دامن زد.
در سال1890، روزنامه فارسی زبان اختر که در عثمانی منتشر می‌شد، طی مصاحبه‌ای با تالبوت، تفاوت فاحش امتیاز دخانیات ایران را با امتیازی که کمپانی رژی از عثمانی گرفته بود، یادآور شد و ضمن انتقادهای گسترده از دولت، تبعات و پیامدهای قرارداد را برای مردم ایران روشن ساخت.
توتون و تنباکو از مهم‌ترین اقلام تجاری و صادراتی ایران بود و انحصار خرید و فروش این محصول به یک شرکت انگلیسی منافع بسیاری از مردم ایران را به خطر می‌انداخت.
اعتراض بازرگانان به این قرارداد و مهلت شش ماهه برای فروش ذخایر توتون نیز نتوانست خسارت ناشی از واگذاری امتیاز را جبران کند.
همزمان با ورود حدود 200 هزار نفر از اتباع دولت بریتانیا به‌عنوان کارکنان شرکت رژی به ایران، حدود 100 هزار مبلغ مسیحی نیز وارد ایران شدند و ضمن بنای کلیسا در مناطق مختلف، دختران ایرانی را نیز به امور پرستاری در بیمارستان‌ها و بی‌حجابی واداشتند. در تهران و اکثر شهرها مراکز فساد برپا کردند و کافه‌هایی با انواع وسایل قمار و رقص‌های محلی و مشروبات الکلی پدید آوردند. علاوه بر این، انگلیسی‌ها هر جا که می‌رفتند، سوار، اسب، اسلحه و مزدور اسلحه به دست خود را نیز می‌بردند و این همان شیوه‌ای بود که انگلیسی‌ها در تصرف هند و ایجاد کمپانی هند شرقی و سپس حضور نظامی به بهانه حفظ امنیت این کمپانی و در نهایت مستعمره کردن هند به کار گرفته بودند.
در اینجا بود که زنگ خطر برای آگاهان جامعه ایرانی به صدا درآمد. امتیاز تنباکو علاوه بر آسیب‌های تجاری و اخلال در نظام بازرگانی می‌رفت که به تدریج سلطه بیگانگان بر کشور را رسمیت بخشد.
در واقع از این تاریخ به بعد بود که نهاد مرجعیت شیعه به‌عنوان یک قدرت بی‌رقیب سیاسی وارد عرصه شد و با بسیج عمومی در برابر استبداد و استعمار قد علم کرد.
نخستین اعتراض‌ها از سوی سید‌علی‌اکبر فال‌اسیری از علمای برجسته شیراز صورت گرفت.
آیت‌الله حاج میرزا جواد آقامجتهد تبریزی در تبریز رهبری حرکت‌های مردمی را به‌عهده داشت. در اصفهان که تجار و علما همکاری بیشتری داشتند نیز به رهبری سه عالم مجاهد، حاج شیخ محمد‌تقی (آقانجفی)، شیخ محمد‌علی و ملاباقر فشارکی، با قرارداد مخالفت شد. علمای اصفهان در منطقه خود استعمال دخانیات و تنباکو را تحریم کردند. حاکم اصفهان برای لغو این حکم با علما مذاکره کرد اما با مخالفت آنان روبه‌رو شد.
میرزا حسن آشتیانی از علمای بزرگ تهران بارها با شاه و امین‌السلطان ملاقات و مضار امتیاز را گوشزد کرد ولی به این اعتراض‌ها وقعی ننهادند. سید‌جمال‌الدین اسد‌آبادی نیز که در تهران به سر می‌برد، به مخالفت علنی با امتیاز پرداخت و در نتیجه صدور اعلامیه علیه این قرارداد از ایران اخراج شد.
علما چاره کار در این دیدند که میرزا محمد‌حسن بن میرزا محمود بن محمد اسماعیل حسینی شیرازی از علمای عالیقدر شیعه را همزمان با وقایع ایران در جریان قرار دهند.
میرزای شیرازی به واسطه نامه‌هایی که از علمای ایران دریافت می‌کرد و از طریق اخباری که سید‌علی اکبر فال اسیری و آقا منیرالدین بروجردی به وی می‌دادند، از اعطای امتیاز انحصار تجارت تنباکو و پیامدهای آن مطلع شده بود. از سوی دیگر سید‌جمال‌الدین اسد‌آبادی نیز که در بصره در تبعید به سر می‌برد، طی نامه‌ای درباره مظالم شاه به میرزای شیرازی نوشت.
میرزای شیرازی، همزمان با شروع ناآرامی در تبریز در اول ذیحجه سال 1308 ه.. ق با ارسال تلگرافی مفصل به شاه، ضمن اشاره به مضار و مفاسد اجازه مداخله خارجی‌ها در ایران به اعطای امتیازات نیز توجه کرد و همه آنها را منافی صریح قرآن، نوامیس الهیه و استقلال ایران خواند.
شاه به تلگرام پاسخ نداد و برای توجیه اقدامات دولت و ذکر دلایل اعطای امتیاز و مشکلات ناشی از لغو آن، میرزا محمود خان مشیرالوزاره کارپرداز ایران در بغداد را نزد میرزای شیرازی در سامرا فرستاد. مشیرالوزاره ضمن اشاره به ضرورت قرابت با دول بزرگ اروپا برای استخلاص از روسیه تزاری، لزوم تقویت بودجه و قشون و رفع نقایص و کم‌بودن مالیات‌ها، موهن بودن الغای قرارداد از نظر بی‌اعتبار شمرده شدن امضای پادشاه و...، صراحتاً از ناتوانی دولت در فسخ امتیاز و خسارات هنگفت این اقدام سخن گفت.
میرزا در پاسخ تنها بر این نکته تأکید کرد که فقط باید به ملت مسلمان تکیه کرد و «دولت اگر از عهده جواب بیرون نتوان آید، ملت از جواب حسابی عاجز نیست».
به هر روی شاه و دربار، وقعی به گفته‌های میرزا ندادند در نتیجه در اوایل جمادی‌الاولی صورتی از حکم در میان مردم منتشر شد: «بسم‌الله الرحمن الرحیم الیوم استعمال تنباکو و توتون بای نحو کان در حکم محاربه با امام زمان علیه‌السلام است.»
با صدور این فتوا، مردم مبارزه سیاسی علیه قرارداد امتیاز تنباکو را یک وظیفه شرعی و تکلیفی الهی دانستند و قلیان‌ها را شکسته و توتون و تنباکو را به آتش کشیدند.
پیرو این فتوا سایر علما هم از آن تبعیت کردند و این امر را واجبه‌الاطاعه دانستند.
در ادامه جریان، مقاومت‌های دربار و تلاش برای گرفتن حکم حلیت استعمال تنباکو ادامه یافت و در پی این تلاش‌ها و فشار بر میرزای آشتیانی برای اعلام مخالفت با حکم میرزای شیرازی، وی ترک تهران را به مخالفت ترجیح داد و پس از آن مخالفت‌ها و مقاومت مردم بالا گرفت و ملت در برابر دربار صف‌آرایی کردند و این پیشروی مردم، دربار را وحشت‌زده کرد.
سرانجام شاه در پنجم جمادی‌الاخر 1309 در دستخطی به امین‌السلطان لغو کامل امتیاز را اعلام کرد تا وی به آگاهی علما و مردم برساند ولی مخالفان آرام نگرفتند و عزل امین‌السلطان ـ که از نظر آنان حامی امتیاز بود ـ و لغو تمام قراردادهایی که با خارجیان منعقد شده بود را خواستار شدند.
در نهایت و پس از لغو امتیاز تنباکو، حکم تحریم تنباکو نیز پس از 55 روز از سوی علما لغو شد.