1 - ساختار کتاب؛
2 -اهداف و انگیزه‌های مؤلف؛
3 - ویژگی‌ها وتوانایی‌ها و قابلیت‌های مؤلف و جایگاه مفاتیح الجنان.
۱ - ساختار
با نگاهی به نسخه‌های موجود مفاتیح‌الجنان مشاهده می‌شود که این کتاب مجموعه ای است از متن، ملحقات متن، حواشی و ملحقات حواشی. متن مفاتیح با خطبه‌ای این گونه آغاز می‌شود:«الحمدلله الذی جعل الحمد مفتاحاً لذکره ...» و با حدیثی قدسی از حضرت عیسی(ع) پایان می‌پذیرد. تاریخ اتمام این قسمت، آن گونه که مرحوم محدث قمی تصریح کرده است، شب دوشنبه مصادف با شب یازدهم ذیقعده ۱۳۴۴ ه.ق شب ولادت با سعادت حضرت ثامن‌الائمه(ع) بوده است. این قسمت قطعاً توسط مرحوم محدث قمی، تنظیم و جمع‌آوری شده است.
مجموعه ای دیگر به نام «ملحقات مفاتیح» توسط مرحوم محدث قمی تنظیم شده است که این‌گونه آغاز شده است:«الحمدلله والسلام علی عباده الذین اصطفی...» و با فرازهایی از زیارت نیابت این گونه پایان یافته است:«و تستجیب لی فیه و فی جمیع اخوانی و اخواتی و ولدی و اهلی بجودک و کرمک یا ارحم الراحمین».
غیر از این مجموعه، ملحقات دیگری با عنوان «ملحقات دوم مفاتیح» در پایان کتاب مفاتیح دیده می‌شود که با دعای نماز امام حسین(ع) شروع و با دعای مکارم‌الاخلاق تمام می‌شود و نیز چندین سوره از قرآن که اول آنها سوره عنکبوت و آخر آنها سوره دخان است. در پایان کتاب نیز حدیث شریف کساء آمده است که قطعاً این مجموعه از اضافات مرحوم محدث قمی نیست.
سوره های آغاز مفاتیح،که با سوره یس شروع می‌شود و به سوره ناس ختم می‌شود، ربطی به محدث قمی ندارد. اما آنچه در حاشیه کتاب مفاتیح دیده می‌شود، خود نیزبر چند قسمت است: قسمتی با عنوان «رساله باقیات الصالحات» با مقدمه محدث قمی این گونه شروع می‌شود: «الحمدلله الذی تمسک السماء و ندب عباده الی الدعاء ...» و با دعای تلقین میت این گونه ختم می‌شود: «اللهم عندک عفوک».این قسمت قطعاً از مجموعه‌هایی است که شخص محدث قمی جمع آوری و تنظیم کرده است و تاریخ پایان یافتن آن را روز جمعه نوزده ماه محرم سال ۱۳۴۵ ه.ق است.
غیر از این مجموعه،دو قسمت دیگر در حاشیه مفاتیح دیده می‌شود: یک قسمت با دعایی از علی(ع) آغاز می‌شود: «الحمدلله علی کل نعمه» وبا فرازهایی از دعایی به نام «رهبه» این گونه تمام می‌شود: «وتجاوز عنی یا ذالجلال والاکرام و تب علی انک التواب الرحیم». قسمت دیگر در حاشیه مفاتیح بعد از قسمت یاد شده است که با عنوان «ملحقات دوم باقیات الصالحات» با دعایی از امام سجاد (ع) این گونه شروع می‌شود: «اللهم یا من لا یصفه نعت الواصفین» و با فرازی از همین دعا این گونه تمام می‌شود: «انک علی کل شیء قدیر و هو علیک یسیر». به نظر می‌رسد که این دو قسمت ضمیمه شده به حواشی مفاتیح، مربوط به محدث قمی نیست.قرینه ای که استناد این دو بخش را به مرحوم شیخ عباس قمی ثابت کند نیز در آغاز یا پایان این دو مجموعه الحاقی وجود ندارد.
مؤلف درباره ساختار کلی مفاتیح در مقدمه می‌نویسد: «مرتب گردانیدم آن را بر سه باب:باب اول در تعقیب نمازها و دعاهای ایام هفته و اعمال شب و روز جمعه و بعض ادعیه مشهوره و مناجات خمس عشره و غیرها. باب دوم در اعمال ماه‌های سال و فضیلت اعمال روز نوروز و اعمال ماه‌های رومی. باب سیم در زیارات و آنچه مناسب آن باب است».
از آن جا که در فهرست‌های موجود «مفاتیح الجنان» تقسیم‌بندی پیشنهاد شده از سوی محدث قمی آورده نشده است، مناسب است این تقسیم‌بندی را از نظر بگذرانیم:
باب اول به تعقیب نمازها و دعاهای روزهای هفته مربوط است و دارای هفت فصل است: تعقیبات مشترکه؛ تعقیبات مختصه؛ دعاهای روزهای هفته؛ فضیلت و اعمال شب و روز جمعه؛ زیارت معصومین در روزهای هفته؛ برخی از دعاهای مشهور (مانند صباح، کمیل، عشرات، سمات، مشلول، مجیر، عدیله، جوشن کبیر و جوشن صغیر) و در پایان، فصل مربوط به مناجات‌ها (مناجات‌های پانزده‌گانه امام سجاد –ع-( و مناجات منظوم امیرالمؤمنین ـ‌ع‌ـ ) آورده شده است.
باب دوم مربوط به اعمال ماه‌های سال و اعمال روز نوروز و ماه‌های رومی است که دارای یازده فصل است: فضیلت و اعمال ماه رجب، فضیلت و اعمال ماه شعبان ، فضیلت و اعمال ماه مبارک رمضان، اعمال ماه شعبان؛اعمال ماه ذیقعده ؛اعمال ماه ذیحجه(اعمال شب و روز عرفه و نیز دعای عرفه امام حسین (ع) در این قسمت مطرح شده است)؛ اعمال ماه محرم ؛ اعمال ماه صفر؛ اعمال ماه ربیع‌الاول؛ اعمال ماه ربیع‌الثانی و جمادی الاولی و جمادی‌الاخره؛ فصل یازدهم در اعمال ماه‌های نو و عید نوروز و اعمال ماه‌های رومی است.
باب سوم دارای یک مقدمه و ده فصل و یک خاتمه است. مقدمه در باره آداب سفر است. محتوای فصول ده‌گانه این باب نیزچنین است: آداب زیارت ؛ در باره اذن دخول در حرم‌ها و مشاهد مشرفه؛ درباره زیارت رسول خدا و فاطمه زهرا و ائمه بقیع علیهم‌السلام است؛ درباره فضیلت و کیفیت زیارت حضرت علی(ع)؛ زیارت‌های مطلقه امیرالمؤمنین(ع) و زیارات مخصوص به ایشان؛ فضیلت واعمال مسجد کوفه؛ فضیلت مسجد سهله، مسجد زیدبن صوحان و مسجد صعصعه بن صوحان و اعمال آنها؛ فضیلت و آداب زیارت علی(ع) و زیارت حضرت عباس و زیارت‌های مخصوص امام حسین(ع)؛ فضیلت و کیفیت زیارت مشترک و مختص حضرات موسی بن جعفر و امام جواد علیهما‌السلام و فضیلت مسجد «براثا» در بغداد و نیز زیارت نایبان چهارگانه حضرت حجت (ع)و نیز زیارت حضرت سلمان؛ فضیلت و کیفیت زیارت امام رضا(ع)؛ زیارت امام‌هادی و امام عسکری(ع) و نیز زیارت مادر حضرت حجت(ع)و حکیمه دختر امام جواد(ع)در همین بخش مطرح است و همچنین فضیلت زیارت امام زاده سید محمد پسر امام هادی(ع).
مقام دوم از آخرین فصل باب سوم مفاتیح‌الجنان درباره آداب سرداب مطهر و چگونگی زیارت حضرت مهدی (ع)است. در همین قسمت از مفاتیح، مرحوم محدث قمی همچون سیدبن طاووس در «مصباح الزائر» چهار دعا را نقل می‌کند: دعای ندبه، دعای مربوط به امام زمان پس از نماز صبح، دعای عهد، دعای مربوط به امام زمان به نقل از امام رضا(ع).
خاتمه کتاب مفاتیح‌الجنان، به سه مطلب تقسیم می‌شود: فضیلت و استحباب زیارت پیامبران ؛زیارت امام زادگان و ذکر زیارت حضرت معصومه و حضرت عبدالعظیم؛ زیارت قبور مؤمنان.
۲ - اهداف
هدف مرحوم محدث قمی از تنظیم «مفاتیح الجنان»، ارائه کتابی جامع و مستند در زمینه معرفی دعاها و زیارت‌ها و اعمال و آداب گوناگون و متنوعی است که از سوی معصومان(ع) برای تربیت اخلاقی و هدایت معنوی انسان بیان شده است. جامعیت علمی مؤلف و تخصص وی در علوم اسلامی و دانش‌های گوناگون و نیز کثرت منابع و مأخذی که در مفاتیح‌الجنان به چشم می‌خورد، این کتاب را به صورت دائره المعارفی هر چند کوچک اما کم نظیر و ماندگار برای ارائه معارف پیشوایان دین در موضوع ادعیه و زیارات و آداب و مستحبات درآورده است.
۳ - ویژگی‌ها
1 - محدث قمی تمام مهارت‌های لازم را برای تهیه مجموعه‌ای ارزشمند درموضوع دعارا داراست. آشنایی مؤلف با علوم مربوط به حدیث‌شناسی در مفاتیح فراوان به چشم می‌خورد. ایشان در مقدمه مفاتیح می‌نویسد:«بعضی از اخوان مؤمنین از این داعی درخواست نمودند که کتاب مفاتیح‌الجنان را که متداول شده بین مردم، مطالعه نمایم و آنچه از ادعیه آن کتاب که سند دارد ذکر نمایم و آنچه را که سندش به نظرم نرسیده، ذکر ننمایم و اضافه کنم بر آن بعض ادعیه و زیارات معتبره که در آن کتاب ذکر نشده، پس احقر خواهش ایشان را اجابت نمودم».
۲ - دقت و وسواس محدث قمی در ارائه مجموعه‌ای متقن و مستند تا آن جاست که در چندین قسمت از مفاتیح به شدت از کسانی که قصد تصرف در این مجموعه را دارند یا چنین کاری کرده‌اند انتقاد کرده است. ایشان در مقدمه ملحقات مفاتیح می‌نویسد:«بعد از آن که بعون الله تعالی کتاب مفاتیح الجنان را تألیف نمودم و در اقطار منتشر گشت، به خاطر رسید که در طبع دوم آن بر آن زیاد کنم دعا وداعی برای ماه رمضان و ... لکن دیدم هرگاه این کار را کنم، فتح بابی بشود برای تصرف در کتاب مفاتیح و باب شودکه بعضی از فضولان بعد از این در آن کتاب بعضی از ادعیه دیگر بیفزایند یا از آن کم کنند و به اسم مفاتیح الجنان در میان مردم رواج دهند چنانکه در مفاتیح الجنان مشاهده می‌شود. لاجرم کتاب را به همان حال خود گذاشتم و این هشت مطلب را بعد از تمام شدن مفاتیح ملحق به آن نمودم و به لعنت خداوند قهار و نفرین رسول خدا صلی الله علیه و آله و ائمه اطهار علیهم السلام واگذار و حواله نمودم کسی را که در مفاتیح تصرف کند» .
3 - آسیب‌شناسی محدث قمی از اوضاع کتب حدیث و دعا بخش دیگری است که در مفاتیح به چشم می‌خورد. ایشان در زمینه رواج کتب غیر متقن در زمینه دعا و زیارت و متروک شدن کتب معتبر و مستند می‌نویسد:«لا جرم کار به جایی رسید که کتاب مصباح المجتهد و اقبال و منهج الدعوات و جمال الاسبوع و مصباح الاثر و بلد الامین و جنه الوافیه و مفتاح الفلاح و مقباس در بیع الاسابیع و تحفه و زادالمعاد و امثال این کتب، متروک و مجهور شود».
در جای دیگر علّت این بی‌مهری‌ها را به این گونه سرمایه‌های علمی چنین تحلیل می‌کند:«این نیست جز از بی اعتنایی اهل علم به حدیث و اخبار و رجوع نکردن به کتب علما و فقهای اهل بیت اطهار سلام‌الله علیهم و نهی نمودن از امثال این بدایع و اضافات و دسّ وضاعین وتحریف جاهلین و جلو نگرفتن از نااهلان و از تصرفات بی خردان تا کار به جایی رسیده که دعاها موافق سلیقه‌ها تلفیق شده و زیارت‌ها و مضجعه‌ها و صلوات‌ها اختراع شده و مجموعه‌های بسیار از دعاهای دسّ چاپ شده و بچّه «مفتاح»ها متولد گشته و کم‌کم سرایت کرده به سایر کتب ...» .
4 - تنوع اطلاعات مرحوم محدث قمی در بخش‌های مختلف خودنمایی می‌کند. استفاده از قطعه‌های تاریخی و داستان های حقیقی و تأثیرگذار و نتیجه گرفتن از آنها از ویژگی‌های دیگراین کتاب است ؛مانند گزارش سفرنامه ابن بطوطه از اوضاع نجف اشرف و حرم حضرت علی(ع) در شب مبعث. این نمونه‌ها نشانگر آن است که محدث قمی تنها در پی جمع‌آوری مجموعه ای از دعا و زیارات نبوده است، بلکه در کنار آن از ارشاد و دلسوزی برای مردم و یادآوری نکات سودمند غافل نبوده است.
5 - استفاده صحیح و شایسته از اشعار عربی و فارسی در قسمت‌های مختلف مفاتیح الجنان از ویژگی‌های دیگر این کتاب است. این ویژگی، افزون بر این که نشان‌دهنده تسلط ادبی و حضور ذهن و حسن انتخاب محدث قمی است، در تأثیرگذاری مطالب نیز نقش ویژه‌ای داشته است. استفاده از اشعار سنایی در بیان مقام علی(ع) بعد از زیارت مخصوص ایشان در روز هفده ربیع‌الاول و نیز استناد به اشعار نظامی در باره عبرت گرفتن از مرگ و زیارت اهل قبور، از این قبیل است.
۶ - در کنار این دقت‌های علمی محدث قمی، مواعظ اخلاقی کاربردی و مخلصانه ایشان، روح اخلاقی و لطیف این عالم ربانی را در این کتاب جاری ساخته است. برای نمونه ایشان در فصل اول از باب سوم مفاتیح از کیفیت زیارت‌خوانی گروهی از زنان، دردمندانه، انتقاد کرده و گفته است «.... فی الحقیقه بایست این زیارت از آن زن‌ها از منکرات شرع شمرده شود نه عبادت».