توتی در منطقه‌ای به نام پورتا مترونیا در حوالی رم به دنیا آمد و بزرگ شد. والدین وی انزو و فیورلا توتی هستند.
بر خلاف تمام کودکان هم سن و سال که به تماشای کارتون‌های تلوزیونی علاقه مند بودند، فرانچسکو به تماشای بازی‌های فوتبال علاقه مند بود و همیشه با پسران بزرگتر از خود فوتبال بازی می‌کرد.
مادر توتی معتقد بود که پسرش نباید برای هیچ تیم دیگری به جز رم بازی کند. توتی سر انجام در سال 1989 به تیم جوانان رم پیوست.
در فینال زیر 21 ساله‌ها در تساوی یک بر یک برابر اسپانیا نیز زننده تنها گل تیمش بود. ولی اولین بازی رسمی خود را برای تیم ملی بزرگسالان ایتالیا در 10 اکتبر سال 1998 در بازی برابر سوئیس انجام داد. او در تورنومنت نهایی یورو 2000 نیز حاظر شد و در بازی برابر رومانی و بلژیک موفق به گل زنی شد.
توتی در بازی فینال جام ملت‌های اروپا زیر 18 سال در جولای 1995در پیروزی 4 بر 1 برابر اسپانیا برای ایتالیا گلزنی کرد.
فرانچسکو تنها 16 ساله بود که اولین بازی اش را برای رم در برابر برشا در پیروزی 2 بر 0 تیمش در 8 مارس 1993 انجام داد.
در فصل 94-95 توتی توانست در 20 بازی 4 گل برای رم به ثمر رساند و در طول فصل کم کم به بازیکنی ثابت تبدیل شد. او به عنوان بازیکن برتر سری آ در فصل 2000 و 2003 شناخته شد.
در فصل 2000-2001 وی با به ثمر رساند 13 گل برای تیمش سهم بسیاری در کسب اسکودتو پس از 18 سال داشت. در فصل بعد رم این عنوان را به یوونتوس واگذار کرد ولی توتی در فصل بعد موفق به ثمر رساندن 14 گل شد.
فصل 2005-2006 فصل عجیبی برای رم بود. در 19 فوریه 2006 در بازی برابر امپولی توتی به شدت از ناحیه ی مچ پا مصدوم شد.
وی در 11 می 2006 در بازی جام حذفی برابر میلان به میادین بازگشت که رم آن دیدار را 3 بر یک برد. آنها فصل را با مقام پنجمی پشت سر گزاشتند ولی به جام باشگاه‌های اروپا راه یافتند. رمی‌ها 11 بازی را با پیروزی پشت سر گذاشتند تا رکورد فصل 1989-1990 میلان را پشت سر بگزارند.
در فصل 2006-2007 رم با غلبه بر اینتر قهرمان جام حذفی شد و توتی با به ثمر 26 گل علاوه بر کسب مقام آقای گلی سری آ کفش طلای اروپا را نیز کسب کرد.
در ژوئن 2007 توتی، دکتر ماریانی پزشکی که مچ پایش را عمل کرد را ملاقات کرد و هر دو تصمیم گرفتند تا پلاتین درون مچ پای فرانچسکو را درنیاورند تا وی بتواند فصل آینده هم به راحتی بازی کند.
در جام جهانی 2002 توتی آن قدرها هم خوش شانس نبود. در دور دوم رقابت‌ها در بازی برابر کره با دریافت کارت زرد دوم به دلیل فریب داور در محوطه جریمه از زمین بازی اخراج شد تا ایتالیا از دور رقابت‌ها کنار رود.
پست فرانچسکو توتی مهاجم یا هافبک تهاجمی است، هر چند بیشتر در پست مهاجم دوم معروف است یک متصل کننده میان دو پست که بازیکن در نقش یک لینکر، خط هافبک را به مهاجم یا مهاجمان متصل می‌کند.
توتی به عنوان سمبل رم شناخته می‌شود، چون باشگاه را علی رغم پیشنهادهای بسیار از تیمهای قوی‌تر و ثروتمندتر ترک نکرده است و به عنوان بهترین گلزن باشگاه با بیشترین بازی انجام داده برای تیم در تاریخ باشگاه ثبت شده است.
در17 ژوئن سال 2007 وی به عنوان ارزشمند آقای گلی اروپا دست یافت و کفش طلای قاره سبز را از آن خود کرد.
در یورو 2004 هم شانس با توتی یار نبود چون از سوی کمیته داوران از انجام بازی تا مرحله نیمه نهایی برای ایتالیا محروم شد.
بعد از مصدومیت شدید توتی از ناحیه مچ پا، حضور او در جام جهانی 2006 آلمان در هاله‌ای از ابهام قرار داشت ولی وی سرانجام با کمک پزشکان به این تورنومنت بزرگ رسید.
او 29 ماه مه سال 2017 از دنياي فوتبال وداع كرد.
برخی از افتخارات توتی:
- قهرمان در سری آ با آ.اس رم:2001
- نایب قهرمانی در سری آ با آ.اس رم:2002.2004.2006.2007
- قهرمان کوپا ایتالیا با آ.اس رم:2007
- نایب قهرمانی کوپا ایتالیا با آ.اس رم:2003.2005.2006
- قهرمان جام برندگان سری آ :2001
- نایب قهرمانی جام برندگان سری آ:2006
- قهرمان جام جهانی:2006
- نایب قهرمانی جام ملت های اروپا:2000
- قهرمان جام ملت های اروپا زیر 21 سال:1996
- بازیکن سال فوتبال ایتالیا:2000- 2001 - 2003- 2004
- بازیکن جوان سال ایتالیا: 1999
- بهترین گلزن سری آ: 2006- 2007
- کفش طلائی اروپا: 2007