موزه واتیکان یکی از دیدنی‌های اصلی شهر واتیکان است. این موزه که آثار هنری و تاریخی بی‌نظیری را که مرتبط با مسیحیت و مذهب کاتولیک است در خود جای داده، سالیانه پذیرای حدود ۴ میلیون بازدید کننده است.
این موزه در سال ۱۵۰۶ میلادی توسط پاپ ژولیوس دوم بنیان نهاده شد. موزه واتیکان ساختمانی در داخل کشور واتیکان است که شامل چند مجموعه موزه است و از بخش‌های متنوعی تشکیل شده و آثاری از تمدن‌های مختلف در بر دارد.
بخش اصلی آن از هنر عمومی و تندیس‌ها و پیکره‌های بسیاری تشکیل شده و آثار هنری بسیاری از کلیسای کاتولیک روم را به نمایش گذاشته است.
پاپ ژولیوس دوم این موزه را در قرن شانزدهم (سال ۱۵۰۶ میلادی) تأسیس کرد. سالانه از این موزه بیشتر از ۵ میلیون نفر بازدید می‌کنند. ورودی برای هر نفر ۱۴ یورو است بخش اصلی درآمد واتیکان از این موزه تامین می‌شود.
موزه واتیکان اکتبر سال ۲۰۰۶ پانصدمین سالگرد تأسیس خود را با گشایش دائمی حفاری قبرستان واتیکان جشن گرفت. امروزه مجموعه موزه واتیکان ترکیبی از موزه‌ها و گالری‌های مختلف پاپی هستند که تحت حمایت پاپ کلمنت چهاردهم (۱۷۶۹-۱۷۷۴) و پاپ پیوس ششم (۱۷۷۵-۱۷۹۹) آغاز به کار کردند.
قسمت موزه پروفین لاتران دربرگیرنده تندیس‌های باستانی (به ویژه تابوت‌های سنگی مرمر یک دست) و سنگ نوشته‌هایی از دوران مسیحیت باستانی است.
در سال ۱۹۱۰ و دوران پاپ سنت پیوس دهم (۱۹۰۳-۱۹۱۴) گالری سنگ‌شناسی عبری در داخل موزه پیوکریسشن شکل گرفت که دربرگیرنده ۱۳۷ سنگ نوشته عبری از گورستان‌های باستانی در رم است و بعدها توسط پاپ ژان بیست و سوم (۱۹۵۸-۱۹۶۳) از قصر لاتران به ساختمان داخلی واتیکان منتقل و در سال ۱۹۷۰ افتتاح شد.
این موزه همچنین دربرگیرنده مجموعه مختلفی از پرده‌های منقوش و قالیچه‌نماهایی از قرن پانزدهم و هفدهم و همچنین مجموعه‌ای از نقشه‌ها و نقاشی‌های مختلف ایتالیا است. در داخل موزه واتیکان بیش از هرجای دیگری در جهان آثار برهنه وجود دارد.
بخش تاریخی موزه واتیکان نیز در سال ۱۹۷۳ پایه‌گذاری شد که دربرگیرنده مجموعه‌ای از پرتره‌های پاپی و اشیاء سپاه نظامی پاپی و همچنین اشیایی برای مراسم و تشریفات خاص است که دیگر استفاده نمی‌شود. موزه اتومبیل و کالسکه نیز بخشی از موزه تاریخی واتیکان است.
شهر واتیکان با دو کیلومتر طول و هزار نفر شهروند- کوچکترین کشور مستقل جهان - در سال ۱۹۲۹ طبق عهدنامه لاترن (Lateran Treat) تأسیس شد. کشور و یا به عبارت بهتر شهرک واتیکان تقریبا در مرکز شهر رم واقع شده است. این شهر مانند ارگ و یا قلعه توسط دیوارهای مربوط به قرون وسطایی احاطه شده است و ۶ دروازه دارد.
کشیش‌ها و پدران روحانی برای چندین قرن مانع هر گونه بروز خلاقیت و هنر بودند. آن دوره سیاه تاریخی به نام قرون وسطی یادآور حوادثی مانند دادگاه‌های تفتیش عقاید، سوزاندن و کشتن بود.
محاکمه گالیله و سوزاندن جرنوبرنادو نمونه‌هایی از این رویدادهای سیاه است که بار سنگین آن را برای همیشه واتیکان بردوش دارد. اما با ظهور دوره نوگرایی، هنر در همه زمینه بویژه در نقاشی و ترسیم، شکوفایی یافت. تعدادی از معروفترین هنرمندان و معماران دوره رنسانس ایتالیا برای ساختن بناهای واتیکان توسط پاپ به کار گماشته شده بودند.
کتابخانه واتیکان و بخش‌های متنوع موزه آن حاوی اطلاعات تاریخی است که به لحاظ علمی و فرهنگی بسیار ارزشمند است. در سال ۱۹۸۴ سازمان جهانی یونسکو، تمام شهر واتیکان را در فهرست مناطق تاریخی خود ثبت کرد و تنها نمونه‌ای است که در آن کل یک کشور به‌عنوان اثری تاریخی ثبت می‌شود.
در موزه واتیکان نیز آثاری از تمدن پارسی وجود دارد. در این موزه همچنین سه کره جهان مربوط به سال‌های ۱۵۶۰ تا ۱۸۰۰ وجود دارد که اگرچه در آنها همچون سایر نقشه‌های قرون ۱۶ و ۱۷ ، قاره آمریکا و اقیانوسیه وجود ندارند اما در هر سه کره نقشه ایران با نام پارس و معادل لاتین خلیج فارس ( سینوس پرسی) وجود دارد.
یک نقشه نیز روی چرم به سبک نقشه‌های باستانی بطلمیوسی وجود دارد که در آن نیز معادل خلیج فارس (سینوس پرسی) وجود دارد. یک نقشه روی چرم نیز وجود دارد که کار هنرمند لئوناردو داوینچی است و نام ایران را با نام امپراتوری پارس دارد.
اصولا نقشه‌های فعلی موجود در جهان قدمتی بیشتر از ۵۰۰ سال ندارند حتی آنهایی که بر اساس نقشه‌های بطلمیوس و نقشه نگاران باستان ترسیم شده‌اند مربوط به همین ۵ قرن اخیر هستند و اصل هیچیک از نقشه‌های منسوب به علمای یونان و روم در اختیار نیست.
در آخرین یکشنبه هر ماه، موزه واتیکان درهایش را برای بازدیدکنندگان به صورت مجانی باز می‌کند. صف مردمی که خواهان بازدید از موزه واتیکان در آخرین یکشنبه هرماه هستند، به حدی طولانی می‌شود که از چندین خیابان می‌گذرد.