این موزه در سال ۱۳۷۴ شمسی در تالار اصلی بنای تاریخی بقعه شیخ شهاب‌الدین اهری تاسیس شد و بخشی از آثار فرهنگی مربوط به ادب و عرفان کشور و آذربایجان در آن گردآوری شده است.
موزه ادب و عرفان از موزه‌های تخصصی ایران در نوع خود محسوب می‌شود و از این حیث برای محققان این عرصه بدیع و در نوع خود جالب و دیدنی است. در این موزه آثار ادبی و عرفانی جالبی از دوره‌های تاریخی صفوی تا قاجاریه گردآوری و برای بازدید عرضه شده است.
در بخش ادبی موزه آثار نفیسی از کتب خطی دوران صفوی تا قاجار از قبیل قرآن‌های خطی با جلدهای تذهیب شده لاکی و دیوان شعرا و عرفا مانند دیوان جلال‌الدین مولوی و گلستان سعدی وجود دارد.
همچنین قطعه خط‌هایی به صورت شکسته و نستعلیق از آثار «استادعبدالمجید طالقانی» از خوشنویسان قاجاریه و زیارت‌نامه حضرت سیدالشهدا به قلم «میرآقای اهری» و آثاری از استاد درویش از صاحب‌نامان اهالی عرفان در آن به نمایش گذاشته شده است.
از آثار بسیار ارزنده این بخش طوماری است پارچه‌ای متعلق به دوره صفویه به طول ۳۶۰ سانتیمتر و به عرض ۵۰ سانتیمتر که به سوره‌های کلام‌الله مجید با خط نسخ، ثلث مزین شده است. این سوره‌ها در داخل نقوش اسلیمی و ترنجی به طرز بسیار زیبایی جای گرفته‌اند.
در بخش عرفان این موزه نیز تابلوهای نقاشی از دوره قاجاریه و مجموعه جالبی از انواع کشکول‌های دراویش از جنس چوب، سفال، چینی و برنز که دارای کتیبه‌ها و نقوشی از مجالس درویشان است مشاهده می‌شود.
علاوه براین در این موزه انواع کلاه‌های مخصوص دراویش در دو دوره صفویه و قاجاریه به همراه تبرزین‌های مرصع طلاکوب و نقره کوب، فراهم شده است. از دیگر اشیای این بخش، یک در چوبی پاشنه‌گردان است. این در تماما کنده‌کاری و منبت‌کاری شده، دارای کتیبه‌ای متعلق به قرن هفتم هجری قمری است.
بنای این موزه را که متشکل از یک ایوان بزرگ، ۲ مناره بلند، ۲ ایوان کوچک و یک مسجد بزرگ و خانقاه معروف به قوشخانه (لانه پرندگان) و اتاق‌های متعدد است، به شاه عباس صفوی نسبت می‌دهند.
برخی از دیوارهای مجموعه شیخ شهاب‌الدین اهری در شهر اهر با نقاشی‌های به یادگار مانده از گذشته‌های دور به‌عنوان دفتر خاطرات یا صفحه‌ای ویژه برای ثبت خاطرات عارفان و علاقه‌مندان و مریدان شیخ‌العارفین شهاب‌الدین که از مسافت‌های دور به دیدار شیخ آمده و در مجموعه مزبور بیتوته می‌کردند، اختصاص داده شده بود.
بخشی از این دیوارها توسط اساتید میراث فرهنگی مرمت و اشعاری از شعرای معروفی چون «ابوالقاسم نباتی»، «شیخ بهایی» و چند شاعر بزرگ دیگر در خطوط احیا شده از گذشته در بین نوشته‌های موجود شناسایی شده است.
این دیوار به تنهایی یک اثر فرهنگی و تاریخی باارزش محسوب می‌شود و گویای ذوق عرفانی و ادبی ساکنان گذشته‌های دور این سرزمین است. در کتیبه موجود در مجموعه شیخ شهاب‌الدین اهری نیز آمده است: مسجد این مجموعه در دوره قاجاریه تـوسط مصطفی قلی خان امیرکبیر، حاکم قراجه‌داغ بازسازی شده است.
این اثر بزرگ معماری و فرهنگی متعلق به قرن هفتم هجری است و براساس شواهد تاریخی در زمان حیات «شیخ شهاب‌الدین اهری» دارای ساختمان و تشکیلات منحصربه‌فردی در منطقه بوده است. طبق برخی مستندات تاریخی تکمیل و تعمیرات اولیه «بقعه شیخ شهاب‌الدین اهری» به عصر شاه عباس اول صفوی نسبت داده شده است.
گفته می‌شود در اوایل قرن یازدهم هجری شاه عباس اول به هنگام مسافرت به آذربایجان و منطقه ارسباران در این بقعه که مجموعه‌ای در یک باغ ۱۲ هکتاری بود و به «باغ شیخ» نیز موسوم بود بیتوته کرده و به تعمیر و تکمیل آن همت گماشته است. این مجموعه در ادوار زندیه و قاجاریه نیز به دفعات مرمت شده است.
مجموعه مزبور از این نظر که دارای معماری خاص ایرانی و اسلامی و فضاسازی خاص معنوی است در نوع خود بی‌نظیر است. متاسفانه بخش‌هایی از این بنای بزرگ تاریخی در سال‌های قبـل از انقلاب تخریب و نابود شده و در سال‌های اخیر فقط نسبت به احیای آثار باقی مانده اقدام شده است.
طبق برخی نوشته‌ها و شواهد مجموعه شیخ شهاب‌الدین اهری تا اوایل عصر صفویه دارای آثار و نوشته‌های قابل توجهی از خود شیخ و سایر کتب بوده است که در جنگ بین ایران و عثمانی این آثار غارت و به ترکیه برده شده است. شیخ شهاب‌الدین محمود اهری عارف بزرگ در سال ۵۸۰ هجری قمری در اهر متولد و پس از کسب معارف علمی دینی به درجه ارشاد رسیده است.
شیخ همچنین به درجات مختلف علمی از جمله قطب نـایل شده و از سال ۶۴۲ تا ۶۶۵ به‌عنوان رهبر تمام فرقه‌های عرفانی ایران در اهر به تدریس و تربیت عرفا و علما می‌پرداخت. وی همچنین مرشد سه فرقه عرفانی «خلوتی، بیرامی و مولوی» نیز بوده است.
شیخ شهاب‌الدین محمود اهری بعد از عمری زندگی پربار در شهرستان اهر وفات یافته و در خانقاه خویش در این شهر دفن شده است. مدفن شیخ با نام بقعه شیخ شهاب‌الدین زیارتگاه پیروان مشرب عرفانی وی که «شهابیه» نامیده می‌شوند، است.