پس از مدتی نیمی از روز را به کار پرداخت و نیمی دیگر را به تحصیل در مدرسه طالبیه مشغول شد. او سپس برای ادامه تحصیل عازم تهران شد و از درس آیت‌الله شیخ محمدرضا تنکابنی و همچنین میرزا مهدی آشتیانی که در مدرسه مروی تشکیل می‌شد، بهره برد.
محمدتقی جعفری پس از تحصیل در تهران به قم رفت و بعد از یکسال و نیم اقامت در این شهر در سال 1327 رهسپار نجف شد. در این شهر وارد مدرسه صدر شد و درس خارج را شروع کرد.
وی از محضر آیات عظام شیخ محمدکاظم شیرازی، سیدابوالقاسم خوئی، سید محمود شاهرودی، سید محسن طباطبائی حکیم، سیدعبدالهادی شیرازی، سیدهادی میلانی و سیدجمال گلپایگانی بهره‌های فراوان برد.
او دروس فلسفی و عرفانی را نزد شیخ صدرای قفقازی و شیخ مرتضی طالقانی فراگرفت و همزمان به مطالعه کتب علوم انسانی پرداخت و با اندیشه‌ها و معارف شرق و غرب آشنا شد.
پس از طی مراحل فوق به تدریس درس خارج و فقه و اصول به ویژه کتاب‌های مکاسب و کفایه پرداخت و قسمت‌هایی از تقریرات درسی آیت‌الله خوئی و آیت‌الله سید عبدالهادی شیرازی را به رشته تحریر در‌آورد.
پس از 10 سال اقامت در نجف در سال 1337 عازم ایران شد و به خدمت آیت‌الله بروجردی رسید. آیت‌الله بروجردی از وی خواست در قم بماند و به تدریس ادامه دهد اما آب شور قم به مزاج علامه سازگار نبود و وی ناچار شد قم را به سوی مشهد ترک کند.
علامه محمدتقی جعفری یک سال در مشهد ماند و سپس رهسپار تهران شد و در مدرسه مروی به تدریس پرداخت.
وی درخواست آیات عظام شیخ محمدتقی آملی و سید احمد خوانساری را برای عهده داری مسئولیت امام جماعت مسجد نپذیرفت و به کار تدریس و تحقیق و تألیف پرداخت.
بعدها با استادانی چون مرتضی مطهری، بدیع‌الزمان فروزانفر و دکتر محمدابراهیم آیتی آشنا شد و مورد توجه و عنایت آنان قرار گرفت.
از ویژگی‌‌های علامه، تلاش مداوم ایشان برای اتصال حوزه و دانشگاه و علوم قدیم و جدید بود. او به دلیل آشنایی با زبان حوزویان و دانشگاهیان آثاری به یادگار گذاشت که مورد توجه هر دو قشر قرار گرفت.
علامه جعفری با اشراف به فقه، فلسفه، هنر و زیبائی شناسی در اسلام و نیم‌قرن فعالیت علمی و پژوهشی، بیش از 100 جلد کتاب و رساله تحریر کرد.
همچنین 27 جلد کتاب در زمینه شرح و تفسیر نهج‌البلاغه و 15 جلد کتاب در زمینه تفسیر مثنوی معنوی مولوی نگاشت. نقد و تحلیل مثنوی و شرح و تفسیر نهج‌البلاغه نیز از دیگر آثار ارزشمند وی می‌باشد.
وی بیش از 70 جلسه بحث و گفت و گو با شخصیت‌های بین‌المللی از جمله برتراند راسل، روژه‌گارودی، پروفسور عبدالسلام و پروفسور روزنتال داشته است. وی به دلیل علاقه به هنر و ادبیات، بیش از 100 هزار شعر و قصیده و نظم فارسی و عربی و همچنین بخش‌هائی از ادبیات غرب را حفظ بود و آثار هنری ایشان همچنان یکی از منابع اصیل هنر از دیدگاه فلسفه و حکمت اسلامی است.
استاد محمدتقی جعفری فیلسوف و اندیشمند بزرگ دنیای اسلام، 25 آبان سال 1377 در سن 73 سالگی، در اثر سکته مغزی در یکی از بیمارستان‌های لندن به دیار باقی شتافت.
پیکر این عالم فرزانه در جوار امام رضا (ع) به خاک سپرده شد.
آثار علامه محمد تقی جعفری:
در فقه:
- رسائل فقهی
- حقوق جهانی بشر از دیدگاه اسلام و غرب (فارسی و انگلیسی)
- الرضاع
در فلسفه:
- جبر و اختیار
- مجموعه مقالات که شامل موضوعات زیر است:
برهان کمالی دکارت بر وجود خداوند
برهان کمالی (وجوبی) در اثبات خدا
هدف زندگی
مقدمه ای بر مفهوم فلسفه مالکیت
حرکت و تحول
حرکت و تحول از دیدگاه قرآن
طبیعت و ماورای طبیعت
علم در خدمت انسان
رابطه علم و حقیقت
علم و عرفان از دیدگاه ابن سینا
علم از دیدگاه اسلام
امید و انتظار - ارتباط انسان و جهان
- ایده آل زندگی و زندگی ایده آل
- نقد نظریات دیوید هیوم در چهار موضوع فلسفی:
مفاهیم و اندیشه های مجرد
خویشتن
علیت
استی و بایستی - بررسی و نقد برگزیده افکار راسل
- زیبایی وهنر از دیدگاه اسلام
- حکمت اصول سیاسی اسلام (فلسفه سیاسی اسلام)
- بررسی و نقد کتاب (سرگذشت اندیشه‌ها)
- پیام خرد
- فلسفه دین
- تحقیقی در فلسفه علم
- فلسفه و هدف زندگی
- فلسفه و نقد سکولاریزم
- مقدمه ای بر فلسفه
- مولوی و جهان بینی‌ها
- تعاون الدین و العلم
- الامر بین الامرین
- نهایت الادراک الواقعی بین الفلسفة القدیمة و الحدیثة
- آفرینش و انسان
- موسیقی از دیدگاه فلسفی و روانی
در عرفان:
- عرفان اسلامی
- آیا شریعت طریقت و حقیقت با یکدیگر متفاوتند؟
- نیایش امام حسین (ع) در صحرای عرفات (به زبان فارسی و عربی)
- تفسیر و نقد و تحلیل مثنوی (15 جلد)
- حضرت علی (ع) و عرفان
- علل و عومال جذابیت سخنان مولوی
در علم النفس:
- آیا جنگ در طبیعت انسان است؟
- وجدان
در معارف اسلامی:
- ترجمه و تفسیر نهج البلاغه (27 جلد)
- ترجمه کامل نهج البلاغه (1 جلد)
- انسان در دیدگاه قرآن
- مبدا اعلا
- امام حسین (ع) شهید فرهنگ پیشرو انسانیت
- شناخت انسان در تصعید حیات تکاملی
- علم از دیدگاه علی (ع)
- علم و دین در حیات معقول
- اخلاق و مذهب
- شناخت از دیدگاه علمی و قرآن
در ادبیات و تحقیقات در مبانی آنها:
- سه شاعر (حافظ، سعدی، نظامی)
- حکمت و اخلاق و عرفان در شعر نظامی گنجوی (به زبان فارس و روسی)
- تحلیل شخصیت خیام (بررسی آرا فلسفی، ادبی، علمی و دینی)
- از دریا به دریا (کشف الابیات مثنوی مولوی در 4 جلد)
در مباحث علمی:
- عمل تجوید ذهن
- بحثی در قانون تعادل در روش تجزیه‌ای و ترکیبی
- دانش‌ها و ارزش‌ها در مجرای قوانین علمی
در مدیریت:
- انگیزش مدیریت در اسلام و نقد انگیزش‌های معاصر
در فرهنگ:
- فرهنگ پیرو ـ فرهنگ پیشرو
- طرحی برای انقلاب فرهنگی