اما به اعتقاد برخی دیگر از نمایندگان این کمیسیون پیشنهاد جایگزین سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها از سوی دولت در جلسه کمیسیون ویژه بررسی طرح تحول اقتصادی تصویب نشده و آن را نمی‌توان به مصوبه مجلس افزود.
در این زمینه رئیس مرکز پژوهش‌های مجلس اعلام کرد: این مسئله می‌تواند با طرحی دو فوریتی یا در قالب لایحه برنامه پنجم و یا بودجه 89 به مجلس ارائه شود.احمد توکلی نماینده تهران به ایلنا گفت: در این مرحله تنها می‌توان به رفع ایراد شورای نگهبان از لایحه هدفمند کردن یارانه‌ها پرداخت.
وی تاکید کرد: سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها در لایحه ارجاعی به شورای نگهبان نبوده است و کمیسیون ویژه نمی‌تواند این مسئله را به لایحه دولت بیفزاید. توکلی با تاکید بر اینکه لایحه هدفمند کردن یارانه‌ها به هر شکلی که نهایتا در مجلس به تصویب برسد به دولت ابلاغ خواهد شد،
ادامه داد: چنانچه در این روند سازمان هدفمند کردن یارانه‌ها به تصویب نرسد و دولت همچنان به خواسته خود اصرار داشته باشد، می‌تواند با طرحی دوفوریتی درخواست تشکیل این سازمان را به مجلس بفرستد و یا اینکه در قالب لایحه برنامه پنجم و یا بودجه 89 آن را به مجلس ارائه دهد.
جمشید انصاری، نماینده زنجان و عضو کمیسیون ویژه نیز با بیان اینکه همه اعضای این کمیسیون موافق جایگزین کردن متن جدیدی به جای متن ماده 15 نبودند، اظهار داشت: بنده و آقای توکلی معتقد بودیم که می‌توان ماده 15 را از متن لایحه دولت حذف کرد یا اقدام به اصلاح آن به‌منظور تامین نظر شورای نگهبان نمود.
اگرچه ایرج ندیمی، مشاور پارلمانی دولت اعلام کرده بود که پیشنهاد جایگزین سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها از سوی دولت در جلسه روز چهارشنبه مطرح شده و به تصویب رسیده است، اما انصاری اعلام کرد که این پیشنهاد صرفا مطرح شده اما به تصویب نرسیده است، چون برای این مسئله رای‌گیری در کمیسیون انجام نشده است.
این عضو کمیسیون ویژه ادامه داد: جزئیات پیشنهاد دولت و پیشنهادهای دیگر نمایندگان در جلسه آتی کمیسیون ویژه بررسی می‌شود.