از 3 ایرادی که شورای نگهبان به این لایحه گرفته بود تنها بررسی یک ایراد که درباره مواد 12 و 15 لایحه است، باقی‌مانده که البته اختلاف اصلی دولت و مجلس نیز درباره همین 2ماده است.
دولت یکشنبه با آگاهی از اینکه آخرین خواسته‌‌اش در لایحه، تامین نخواهد شد، خواستار استرداد لایحه شد که با مخالفت مجلس مواجه گردید. همین مسئله سبب شد که یکشنبه شب رئیس‌جمهور از نمایندگان دعوت کند در نشست مشترکی با دولت شرکت کنند.
در این جلسه که حدود 80 نماینده مجلس حضور داشتند، رئیس‌جمهور و وزیر اقتصاد طی سخنانی تلاش کردند نمایندگان را قانع سازند که آخرین خواسته دولت در لایحه هدفمند کردن یارانه‌ها مبنی بر عدم‌اتصال آن به بودجه‌های سالانه را نیز تامین کنند.
در مقابل، عده‌ای از نمایندگان وعده دادند که در جلسه15 دی مجلس، پیشنهادی را برای اصلاح ماده 15 مطرح خواهند کرد تا نظر دولت تامین شود. حال، امروز باید دید که در صحن علنی مجلس تلاش‌های دولت به کجا می‌انجامد و آیا ماده 15لایحه منطبق با خواسته دولت اصلاح خواهد شد یا خیر؛
خصوصا آنکه رئیس‌جمهور در جلسه یکشنبه شب به‌شدت از مصوبات مجلس گلایه کرده و گفته که هدفمندکردن یارانه‌ها براساس مصوبه فعلی مجلس شورای اسلامی به جلوگیری از افزایش سرمایه‌گذاری و بهره‌وری، افزایش تورم انتظاری ، فقر و گسترش قاچاق منجر می‌شود.
احمدی‌نژاد با طرح این سؤال که اگر قرار بود هدفمند کردن یارانه‌ها هر سال در بودجه بیاید، آیا تدوین لایحه لازم بود، اظهار داشته که: برنامه‌ریزی اقتصادی یکساله نیست و با این روش نمی‌توان سرمایه‌گذاری کرد، ضمن اینکه بودجه عمرانی کاهش یافته و در بخش‌های مختلف دچار مشکل خواهیم شد.
انتقاد از آخرین خواسته دولت
با وجود اصرارهای مکرر دولتمردان برای عدم‌اتصال منابع و هزینه‌های هدفمند کردن یارانه‌ها به بودجه‌های سالانه، رئیس کمیسیون ویژه طرح تحول اقتصادی این خواسته دولت را غیرقابل توصیف دانست و برخی بحث‌های دولت و رئیس‌جمهور را مبنی بر اینکه اگر بودجه حاصل از اجرای لایحه هدفمندکردن یارانه‌ها در لایحه بودجه سالانه دیده شود، اشکالات و آثار شومی‌حاصل می‌شود، مورد انتقاد قرار داد.
غلامرضا مصباحی‌مقدم با یادآوری اینکه در این خصوص هیچ استدلالی از رئیس‌جمهور نشنیده‌ام، تصریح کرد: هیچ منطق روشنی در پشت این مخالفت نمی‌بینم؛ چراکه آنچه دولت خواسته بود به‌طور تمام و کمال تامین شده‌است. وی اضافه کرد: دولت 9 خواسته پس از تصویب ماده 15 داشته که 8 مورد از آنها تامین شده است.