دفتر مطالعات برنامه و بودجه مرکز پژوهش‌های مجلس در گزارشی با اشاره به اینکه لایحه برنامه پنجم توسعه و لایحه بودجه 89 کل کشور در موعد مقرر در قوانین ذی‌ربط به مجلس شورای اسلامی تقدیم نشده است، اعلام کرد: مجلس شورای اسلامی در بررسی این دو لایحه، هم به لحاظ آیین‌نامه‌ای و هم به لحاظ ماهوی با مشکلاتی روبه‌رو است و امکان بررسی هر دو لایحه در مجلس شورای اسلامی تا قبل از پایان سال‌جاری به‌نحوی که برقراری ارتباط بین قانون بودجه سال آینده کل کشور و قانون برنامه پنجم توسعه امکانپذیر شود، وجود ندارد. براساس این گزارش، مرکز پژوهش‌های مجلس پیشنهاد کرد: باید به یکی از این دو لایحه(برنامه پنجم-لایحه بودجه 89) در بررسی‌ها اولویت داد که به دلایل متعددی اولویت با بررسی و تصویب لایحه بودجه است.
مرکز پژوهش‌ها در این گزارش، تصریح کرده است: مطابق ماده 8 قانون برنامه و بودجه (مصوب 1351 ) دولت موظف شده که حداقل 6 ماه قبل از پایان هر دوره برنامه، لایحه برنامه دوره بعد را جهت تصویب به مجلس تقدیم کند و بر این اساس دولت موظف بوده که تا پایان شهریور ماه 1388 لایحه برنامه را به مجلس شورای اسلامی تقدیم کند ولی این کار در 20 دی ماه انجام شده است.
این مرکز ضمن برشمردن احتمالات مختلف برای بررسی همزمان برنامه پنجم و لایحه بودجه سال 1389 در مجلس تصریح کرده است: در هر صورت، نحوه برقراری ارتباط بین برنامه پنجم توسعه با بودجه سال 1389 دارای ابهام خواهد بود زیرا اولا لایحه برنامه پنجم فاقد جدول و اهداف کمی است و تطبیق ارقام بودجه با هدفگذاری‌های برنامه امکانپذیر نیست، ثانیا مصوبات مجلس درخصوص برنامه پنجم توسعه تا زمانی که بررسی‌های صحن علنی تمام نشده باشد و توسط شورای نگهبان تأیید نشود، نهایی نیست لذا قابلیت تطبیق بودجه 1389 با آن وجود ندارد.
مرکز پژوهش‌ها در پایان آورده است: با توجه به‌مراتب گفته شده، راه‌‌حل‌های زیر متصور است: الف) اولویت دادن به بررسی برنامه پنجم و اتمام آن، که در بهترین حالت تا 15/12/1388 طول خواهد کشید. در این صورت می‌توان از ساز و کار بودجه چند دوازدهم برای گردش امور مالی دولت در ماه‌های اول سال 1389 (تا تصویب بودجه سال 1389) استفاده کرد. عدم‌امکان شروع کارهای جدید (به‌خصوص با توجه به قانون هدفمندکردن یارانه‌ها) از جمله معایب این روش است.
ب) اولویت دادن به بررسی بودجه 1389 و پذیرش ضمنی نظر دولت درخصوص رعایت چارچوب برنامه پنجم در تدوین بودجه 1389 البته درصورتی که پس از تصویب برنامه پنجم توسعه مغایرت جدی بین آن و بودجه مصوب برای 1389 وجود داشت از طریق اصلاحیه بودجه قابل رفع است.