تاریخ‌نگاران متأخر نیز به سنت پیشینیان به طرح همان کلیات پرداخته و برخی نیز بدون تحقیق علمی و مستندات تاریخی و توجه به جغرافیای راه‌ها و تحولاتی که با گذر قرن‌ها در این مسیر ایجاد شده با طرح مسیرهایی بر پایه حدس و گمان بر دشواری‌های موجود افزوده‌اند.اهمیت سفر تاریخی امام‌رضا(ع) به ایـران که بخشـی از تـاریخ سرزمین ما را شکل می‌دهد و رخدادهایی که در طول این سفر روی داده است ضرورت تبیین خط سیر هجرت تاریخی امام‌رضا(ع) را دو چندان می‌کند. از آنجایی که چنین پژوهش گسترده‌ای برای نخستین بار در کتاب جغرافیای تاریخی هجرت امام‌رضا(ع) ازمدینه به مرو تالیف سال 1374 توسط نگارنده این سطور انجام گرفت، در آغاز کار دشواری و پیچیدگی‌های آن آشکار بود و در طول پژوهش بر دامنه آن افزوده شد.
برای تبیین خط سیر هجرت امام‌رضا(ع) ابتدا لازم بود از میان روایت‌های متفاوتی که در منابع ذکر شده است، خط سیر کلی هجرت با بهره‌گیری از منابع گوناگون تاریخی معتبر سیره امام‌رضا(ع)، حدیث، روایت و سایر منابع تاریخی دست اول برگزیده شود سپس برای انطباق برخی از اختلافات و تناقض‌ها، نتایج به دست آمده با منابع جغرافیای تاریخی، سیاسی و اجتماعی و همچنین تاریخ‌های محلی شهرهایی که امام‌رضا(ع) از آن عبور کرده و یا در آنها درنگ کرده‌اند مقایسه شود. این بررسی‌ها نشان داد که حضرت امام‌رضا(ع) در مسیر هجرت تاریخی خود از مدینه به مرو از طریق بصره، اهواز، فارس و سپس راه کویر (یزد) به سوی نیشابور، طوس، سرخس رهسپار شده و از آنجا عازم مرو شدند.
راه دیگری که در آن زمان متداول بود، از مدینه به سمت کوفه، بغداد و از آنجا به سمت قم و سپس از شاهراه خراسان به سوی مرو منتهی می‌شد. این راه اخیر برخلاف آنچه در برخی منابع به‌عنوان مسیر هجرت امام‌رضا(ع) از مدینه به سوی مرو معرفی شده است، صحت ندارد. زیرا منابع اول و معتبر بدون ذکر جزئیات تنها به راه بصره، اهواز، فارس اشاره کرده‌اند و این همان مسیری است که مأمون نیز برای عبور حضرت به مرو بر آن تأکید داشت. دلایل زیادی در دست است که امام‌رضا(ع) از این مسیر عبور کرده‌اند. این دلایل محدود به‌وجود یادمان‌ها و آثار بر جای مانده در این مسیر نمی‌گردد بلکه رویدادهایی که از حوادث این سفر در منابع معتبر ثبت شده است نیز به درستی معلوم می‌کند که حضرت از این خط سیر عبور کرده‌اند. علاوه بر این، درباره خط سیر دوم که مأمون نمی‌خواست حضرت از آن مسیر به سوی خراسان عزیمت کند باید به‌وجود 3شهر حساس کوفه، بغداد و قم اشاره کرد. شهر کوفه مرکز تجمع شیعیان و پایگاه علویان به حساب می‌آمد که همواره شاهد قیام و نهضت علویان علیه حکام بنی‌امیه و بنی‌عباس بود.
شهر بغداد نیز به‌عنوان مرکز خلافت عباسیان در آن روزگار تحت سیطره عباسیانی بـود کـه از مخـالفـان سیـاسی مأمون بـودنـد. آنها در کشمکش‌های میـان امیـن و مأمون از امین جانبداری کردند و پس از شکست و قتل وی، بغداد را به کانون توطئه علیه مأمون مبدل ساختند. بدیهی بود که عبور اجباری امام‌رضا(ع) از کوفه واکنش علویان و از بغداد خشم عباسیان را برمی‌انگیخت. در امتداد این مسیر شهر قم وجود داشت که تمایلات شیعیان و پیروان خاندان علی‌بن‌ابی‌طالب(ع) در آن موج می‌زد. عبور آن حضرت از این شهر شیعه‌نشین، مأمون را با دشواری‌هایی مواجه می‌ساخت. چنین به‌نظر می‌رسد که مأمون برای انتقال امام‌رضا(ع) از مدینه به مرو، مسیری حساب شده انتخاب کرده بود.
گام بعدی، دستیابی به جزئیات این مسیر بود. برای این منظور رویدادهایی که در طول هجرت تاریخی امام‌رضا(ع) اتفاق افتاده بود، مورد بررسی قرار گرفت. برخی از این رویدادها گاه به قدری شهرت یافته بود که نیاز چندانی برای سنجش میزان اعتبار آنها وجود نداشت، هر چند لازم بود برای آگاهی از ابعاد این رویدادها به منابع دست اول و قابل اعتماد مراجعه شود، اما در برخی موارد که روایات فاقد تواتر بودند، کنکاش بیشتر برای درستی و نادرستی رویدادها اجتناب‌ناپذیر می‌نمود. در این مورد اخیر می‌توان به رویدادهای «نباج» در حوالی بصره، رخدادهای اهواز، پل اربق در مسیر راه اهواز به رامهرمز، حادثه کویر و ماجرای سرخس اشاره کرد. در بررسی رویدادهای هجرت تاریخی امام‌رضا(ع) با دشـواری‌های دیگـری نیز روبه‌رو شدیم که به شیوه تاریخ‌نگاری مورخان و راویان آن بازمی‌گردد و آن بیان حوادث بدون ذکر جنبه‌های زمانی و مکانی است؛ به‌طوری که به‌سختی می‌توان تشخیص داد حوادث در کجا و در چه زمانی رخ‌داده است.
همچنین ترتیب زمانی و تقدیم و تأخیر رویدادها و نیز تأثیر متقابل ماجراها بر یکدیگر از جمله مواردی است که کمتر مورد توجه واقع شده است. این کاستی‌ها در بررسی‌های تـاریخی محقـق را بـا ابهامات و دشواری‌های فراوانی روبه‌رو می‌سازد و مورخ را از دسترسی به شرایط و زمینه‌های تاریخی و عناصر مؤثر بر حوادث باز می‌دارد. به‌عنوان مثال، می‌توان به ماجرای عزیمت امام به مکه اشاره کرد که در برخی از منابع بدون قید زمان طرح شده و معلوم نیست آیا این واقعه در امتداد سفر امام‌رضا(ع) به مرو است و یا اینکه چنین حادثه‌ای در سفر جداگانه‌ای رخ داده است. به همین دلیل برخی بدون تحقیق، این واقعه را مربوط به هجرت امام‌رضا(ع) از مدینه به مرو قلمداد کرده‌اند.
حال آنکه براساس شواهدی که در ماجرای مکه وجود دارد و ملاحظات جغرافیای راه‌ها نمی‌توان گفت این واقعه در امتداد سفر امام‌رضا(ع) به مرو روی داده است. بنابراین تنها وقایعی که برپایه تحقیق، معلوم شد در شهرهایی روی داده‌اند که در مسیر سفر امام‌رضا(ع) به مرو قرار داشته‌اند. مبنای کار ما در تبیین جغرافیای تاریخی هجرت امام‌رضا(ع) به مرو قرار گرفت و سایر رویدادهای بی‌اساس مانند عزیمت امام به بغداد و قم که آثار تزلزل، ضعف و تناقض در آن آشکار بود لحاظ نشد.
پس از این مرحله با اطمینان از ورود و یا توقف امام‌رضا(ع) در چندین شهر و مکان مختلف، تصویر روشن‌تری روی نقشه از مسیر هجرت امام در پیش رو داشتیم. این مناطق همچون کلیدهای راهنما به ما کمک می‌کرد تا نقاط مختلف مسیر هجرت امام رضا(ع) را به هم متصل کنیم.