در آخرین وضعیت سازمانی، قبل از جدا شدن از وزارت راه و ترابری، این معاونت به‌عنوان یکی از ۹ معاونت وزارتخانه بود.
در سال ۱۳۶۷ به‌منظور بهره‌برداری، توسعه و نگهداری و همچنین احداث پایانه‌های عمومی و مجتمع‌های خدماتی رفاهی- بین‌راهی، تاسیس شرکت سهامی خاص پایانه‌های عمومی وسایل نقلیه باربری به تصویب رسید.
پس از تشکیل این شرکت که ریاست مجمع عمومی آن با وزیر راه و ترابری بود عملا بخشی از امور جاری در امور حمل‌ونقل عمومی برعهده این شرکت دولتی قرار گرفت.
در سال ۱۳۷۳ در پنجاهمین جلسه شورای عالی اداری کشور، بنا به پیشنهاد مشترک وزارت راه و ترابری و سازمان امور اداری و استخدامی کشور با جدایی وظایف حمل‌ونقل جاده‌ای از تشکیلات وزارت متبوع و ادغام آن در شرکت سهامی خاص پایانه‌های عمومی وسایل نقلیه باربری، سازمان حمل‌ونقل و پایانه‌های کشور ایجاد و اولین تشکیلات سازمان حمل‌ونقل و پایانه‌های کشور در سال ۱۳۷۴ به تصویب رسید.
این سازمان در بدو تاسیس دارای ۲ شرکت وابسته به نام‌های شرکت حمل‌ونقل جمهوری اسلامی ایران و شرکت حمل‌ونقل بین‌المللی جمهوری اسلامی ایران بود که در سال ۱۳۸۱ طبق مصوبه شورای عالی اداری، شرکت حمل‌ونقل جمهوری اسلامی ایران از سازمان منفک شد.
در آخرین تغییر تشکیلاتی، طی مصوبه شورای عالی اداری کلیه وظایف، نیروی انسانی، تجهیزات، تعهدات و اعتبارات معاونت راهداری وزارت راه و ترابری به سازمان حمل‌ونقل و پایانه‌های کشور منتقل و معاونت مذکور از تشکیلات وزارت راه و ترابری حذف شد و طبق بند ۵ مصوبه مذکور، وظایف و اداره امور دبیرخانه شورای عالی ترابری کشور از سازمان منتزع و به وزارت راه و ترابری منتقل گردید و نام سازمان به سازمان راهداری و حمل‌ونقل جاده‌ای تغییر یافت.