موضوع رفراندوم از زمان گنجانده شدن در توافقنامه نیفاشا در سال2005 با استقبال قدرت‌های بین‌المللی نظیر ایالات متحده و اتحادیه اروپا و تأکید آنان بر ضرورت روی‌آوری به دمکراسی و صندوق‌های رای برای تعیین سرنوشت ساکنان جنوب سودان همراه شد اما از آن زمان تاکنون این پرسش بی‌پاسخ مانده است که چرا این کشورها چنین رویکردی را در تعامل با مطالبات مشابه در سرزمین‌های خود اتخاذ نمی‌کنند و به جای آن، به خشونت روی می‌آورند. برخورد با استقلال‌طلبی ایرلندی‌ها در بریتانیا، باسک‌ها در اسپانیا و ترسیم شدن مرزهای کشورهای جدید برآمده از تقسیم یوگسلاوی با خون هزاران تن، نمونه‌های عینی این پرسش‌اند.
اما این رفراندوم از آن رو در نگاه بازیگران منطقه‌ای و بین‌المللی اهمیت دو چندان می‌یابد که علاوه بر آنکه بزرگ‌ترین کشور قاره سیاه درصورت انتخاب شدن گزینه جدایی، تقسیم خواهد شد، شکل‌گیری کشوری جدید و در عین حال کوچک با رویکردها و سیاست‌های کاملا متفاوت از شمال در تعامل با معادلات منطقه‌ای و جهانی، می‌تواند جای پای بازیگران خارجی را در این منطقه حساس و استراتژیک محکم کند. هرچند شاید بسیاری از سودانی‌ها به‌رغم از دست دادن بخشی از کشورشان، به‌علت جنگ‌ها و منازعات 50 ساله از این جدایی استقبال کنند اما بی‌تردید این جدایی راه را بر چالش‌های جدیدی خواهد گشود.
علاوه بر آنکه درآمدهای نفتی سودان به‌علت وجود حدود 70تا 80 درصد ذخایر نفتی در جنوب کشور کاهش خواهد یافت، منازعات و تقابل‌های جدیدی میان دو طرف درباره مسائل کلان‌تر دیگر نظیر منطقه نفت‌خیز آبیه و تعلق آن به شمال یا جنوب و وجود شورشیان شمالی در جنوب و شورشیان جنوبی در شمال در افق آینده دو طرف نمایان خواهد شد.
شاید واقع شدن بخش اعظم تأسیسات نفتی از جمله پالایشگاه‌ها در شمال و صعب‌العبور بودن مناطق جنوبی، باعث شود تا همچنان جنوبی‌ها دست نیاز به سوی شمال دراز کنند اما مناقشات و بحث و جدل‌ها درباره سرنوشت منطقه آبیه که از هم‌اکنون آغاز شده است، دو طرف را به چالش‌های دشواری خواهد کشاند.
در این میان، جدایی جنوب از شمال، راه را بر شورشیان دارفور در غرب این کشور هموار خواهد کرد تا به‌تدریج موضوع تعیین سرنوشت را مطرح کنند و این خود چالش کلانی است که چه‌بسا گریبان سودان را خواهد گرفت.اما در جنوب نیز اوضاع چندان بر وفق مراد نخواهد بود. موضوع نیاز جنوب به شمال برای صدور و تصفیه نفت باعث خواهد شد تا جنوبی‌ها دست‌کم تا 4سال آینده - مدت زمان برآورد شده برای میسر شدن صدور نفت از طریق جنوب - نتوانند چندان مصالح شمالی‌ها را نادیده بگیرند.
افزون بر آن، جنوب سودان میزبان چندین و چند قوم و قبیله و نژاد با زبان‌های مختلف است و این امر به نوبه‌خود تقابل‌ها و منازعاتی را رقم خواهد زد که شاید یکی از محوری‌ترین عوامل آن کیفیت توزیع درآمدهای نفتی میان قبایل به‌علت غلبه نگاه قبیله‌ای بر نگرش دمکراتیک در این منطقه جغرافیایی باشد.
دولتی که در این منطقه درصورت جدایی سر بر خواهد آورد، تحت فشارهای بین‌المللی و منطقه‌ای نیز خواهد بود و بی‌تردید تصمیم‌گیری درباره مسائل استراتژیک برای رهبران آن چندان سهل و آسان نخواهد بود. محصور بودن در میان کشورهای موسوم به منبع رود نیل باعث می‌شود تا جنوب سودان مواضع خود را براساس رویکردها و مواضع این کشورها تعریف کند. علاوه بر آن، همسایگی با شمال از این منطقه اهرم فشاری بر خارطوم خواهد ساخت و بازیگران بین‌المللی نظیر ایالات متحده و اتحادیه اروپا و در عین حال برخی بازیگران منطقه‌ای نظیر کنیا، اوگاندا و رژیم صهیونیستی سمت و سوی سیاست‌های کلان این منطقه را تعیین خواهند کرد.