از خرداد ماه سال89 بحث نقش این طرح و اثرات آن بر منابع طبیعی کشور از سوی برخی رسانه‌ها به‌صورت جسته‌وگریخته مطرح شد اما هنوز این مباحث به‌صورت جدی در تأمین منابع مالی یا تأمین انرژی‌های مورد نیاز نهادینه نشده است. بحث هدفمندی یارانه‌ها از دو منظر قابل بحث است؛ یکی اثرات مستقیم طرح روی منابع طبیعی و دیگری اقدامات پیشگیرانه دولت به‌صورت پرداخت ریالی در جهت اجتناب از عدم‌اجرای پروژه‌های مرتبط با منابع طبیعی و محیط‌زیست. اثرات مستقیم طرح به اشکال زیر در عرصه‌های منابع طبیعی نمود پیدا کرده یا خواهد کرد:
تخریب عرصه‌های مرتعی و جنگلی با هدف توسعه زراعت یا اجرای طرح‌های توسعه‌ای اداری یا تجاری یا از این دست در جنگل‌های ناحیه خزر یا زاگرس. گرچه افزایش تولید گندم در سنوات اخیر بار مضاعفی را بر مراتع وارد کرده و موجبات شخم بیش از پیش این عرصه‌ها را فراهم کرده است اما درصورت افزایش قیمت گندم و به‌تبع آن افزایش قیمت نان، شاهد تخریب بیشتر اراضی مرتعی خواهیم بود؛کاری که طی دهه‌های اخیر به کرات در عرصه‌های منابع طبیعی دیده شده است. افزایش قیمت گوشت قرمز در هر زمان فشار بر عرصه‌های منابع طبیعی را فزونی بخشیده زیرا با افزایش قیمت جو و یونجه، تکیه دام‌ها به عرصه‌های مرتعی افزایش یافته و این موضوع به تخریب این اراضی شتاب خواهد داد.
سال‌ها پیش بر بنیاد نظرات کارشناسی و طی طرح‌های مرتبط، سوخت فسیلی در اختیار تمامی افرادی که به نوعی وابستگی به بوته و چوب جنگل داشتند قرار گرفت و این اقدامات از جمله اقدامات مؤثر در کاهش قطع درخت و بوته با هدف تأمین سوخت محسوب شده که با اجرای طرح هدفمندی یارانه‌ها، روند معکوس این طرح‌ها سرعت شتابانی گرفته و قطع بوته و درختان به‌دلیل افزایش قیمت حامل‌های انرژی نگران‌کننده به‌نظر می‌رسد زیرا طی سال‌های اخیر تقریبا برای همه این افراد جا افتاده بود که از سوخت‌های فسیلی به‌جای قطع درخت و بوته استفاده کنند ولی در هر زمان سوخت مجانی برای آنها اولاتر بوده و در دسترس نیز قرار دارد. در بخش غیرحاکمیتی در زمان اجرای طرح، هزینه‌های اجرای پروژه‌ها یا طرح‌های زیست‌محیطی، مرتعداری، جنگلداری و آبخیزداری به طور معمول افزایش یافته و این افزایش، تأثیرمستقیم بر اجرای آنها توسط مجریان یا بخش‌های خصوصی خواهد داشت و تأمین اعتبار این افزایش نرم هزینه باید از سوی دولت تأمین شود زیرا درصورت افزایش قیمت‌ها سرمایه‌گذاری توسط بخش خصوصی به کندی انجام شده یا به‌طور کامل انجام نخواهد شد و این موضوع به‌طور مستقیم به اجرای چنین طرح‌هایی لطمه خواهد زد.
از سویی در بخش وظایف حاکمیتی نیز که غیرقابل واگذاری به بخش خصوصی است هدفمند‌کردن یارانه‌ها تأثیر خواهد گذاشت که در این صورت دولت مجبور خواهد شد کمبود اعتبار بخش حفاظت و مراقبت را با تصویب بودجه اصلاحی جبران کند.
پیشنهادهای اجرایی درخصوص نحوه اقدام درخصوص کاهش اثرات سوء‌اجرای این طرح در حوزه منابع طبیعی و محیط‌زیست به شرح ذیل است:
تقویت و جذب نیروی انسانی کارآمد و افزایش اعتبارات به‌منظور حفاظت و جلوگیری از هرگونه تجاوز و تخریب عرصه‌های طبیعی
تأکید بر اجرایی شدن ماده 135 قانون برنامه پنجم توسعه و تبصره‌های ذیل آن با عنایت به بند (الف) و (و) ماده135 قانون برنامه پنجم توسعه، وزارتخانه محترم نفت زمینه جایگزینی سوخت فسیلی و انرژی‌های تجدیدپذیر به جای سوخت هیزمی و اولویت گازرسانی به مناطق و روستاهای جنگلی و جوامع عشایری و دریافت هزینه با قیمت ترجیحی را فراهم سازد.
با عنایت به بند (ب) و تبصره ذیل ماده 135 قانون برنامه پنجم توسعه با تصویب و تأمین اعتبار کافی ضمن حفاظت و بهره‌برداری صحیح از مراتع (پوشش گیاهی، محصولات فرعی و...)، زمینه تجاوز به این منابع را باید از بین برد.
دولت در تنظیم و تدوین فهرست بهای پروژه‌های مرتبط1390 و برنامه پنجم توسعه اعتبار کافی و لازم را جهت جبران افزایش قیمت اشاره شده تصویب کند.
با عنایت به شرایط اقلیمی حاکم بر مراتع کشور نوع پروژه‌های پرهزینه که به‌وسیله تراکتور و ماشین آلات کشاورزی با هزینه سوخت بالا به مرحله اجرا در می‌آید تغییر یافته و برای مناطق با بارندگی بیش از 300میلی‌متر عملیات بیولوژیک بدون استفاده از ماشین‌آلات کشاورزی انجام گیرد یا حتی‌المقدور به جای پروژه‌های اصلاحی از پروژه‌های احیایی و مدیریتی استفاده شود.
با عنایت به مصرف بالای حامل‌های انرژی به‌صورت گرمایشی که در خصوص جوامع روستایی بیشتر از جوامع عشایری است سوخت با نرخ پایین و ارزان‌تر در اختیار آنان قرار گیرد.
جهت اقتصادی کردن مراتع با توجه به سایر پتانسیل‌های موجود در مراتع غیراز تولید علوفه نظیر ترویج صنعت اکوتوریسم به جاذبه‌های طبیعی و تفرجگاه‌های مرتعی توجه خاص کرده و بتوان با سازوکارهای مناسب از این مزایا نیز در راستای تغییر شیوه معیشت دامدار اقدام کرد.
در راستای هدفمند‌کردن عوارض چرای دام از مراتع و دریافت بهره مالکانه طرح‌های واگذاری به بخش‌های خصوصی ونیز مبلغ پروانه شکار و صید درجهت حفظ و صیانت از عرصه‌های مرتعی، جنگلی و محیط‌زیست جانوری می‌بایست سنخیتی بین عوارض پرداختی و نوع بهره برداری به وجود آید.
نظر به نوع فعالیت حاکمیتی بخش حفاظت در سازمان جنگل‌ها، مراتع و آبخیزداری و نیز محیط‌زیست طبیعی سازمان محیط‌زیست در مراقبت از عرصه‌ها در جهت اجتناب از تعرضات شکار، صید و نیز تخریب، آتش‌سوزی، قطع درخت و... بسته‌های پیشنهادی در جهت تأمین اعتبارات مکفی از سوی مبادی ذی‌ربط صورت پذیرد.