پدرش مرحوم آیت‌الله‌حاج‌شیخ محمدباقر نجفی بود. جدش مرحوم آیت‌الله حاج‌شیخ محمدتقی، صاحب کتاب هدایت المسترشدین است و ایشان داماد مرحوم شیخ‌جعفر کاشف‌الغطاء از علمای نامی تاریخ تشیع بود که نسب به ابراهیم پسر مالک اشترنخعی می‌رساند.
سفر به نجف‌اشرف برای ادامه تحصیل
آقانجفی، سال‌های نخستین زندگی را در خاندانی مشهور به علم، تقوا و مجاهدت، سپری کرد و پس از طی مراحل اولیه تحصیل، رهسپار عتبات عالیات شد. او در این سفر همراه و همسفر مرحوم آیت‌الله سید‌احمدکاظم یزدی،صاحب عروه الوثقی بود که با هزینه و یاری پدر آقانجفی برای ادامه تحصیل، راهی نجف‌اشرف شده بود. ایشان در نجف به همراه برادرش آیت‌الله شیخ‌حمد‌حسین نجفی علاوه بر دروس فقهی، مراتب سیر و سلوک را طی می‌کند.
اساتید
آقانجفی در طول مدت تحصیل خود، افزون بر پدر بزرگوارش، از محضر استادان بزرگی بهره برد که در شکل‌گیری و تکوین شخصیت علمی و معنوی وی نقش مؤثری داشته‌اند. وی تحصیل علم را با ریاضات شرعیه همراه کرده و پس از چندی به گنجینه‌ای از علوم و ملکات اخلاقی تبدیل می‌شود. مهم‌ترین اساتید وی عبارتند از: میرزا محمدحسن حسینی شیرازی، شیخ مهدی آل‌کاشف‌الغطاء، شیخ راضی‌نجفی و آقا سیدعلی شوشتری.
شاگردان
در حوزه درسی آقانجفی در طول مدت بیش از 30سال (از زمان وفات پدر در سال1301 تا زمان وفات خود در سال1332) عده زیادی از فضلا شرکت کردند. نویسنده کتاب «بیان سبل الهدایه فی ذکر اعقاب صاحب الهدایه، یا تاریخ علمی و اجتماعی اصفهان در 2قرن اخیر» درباره شاگردان آقانجفی تحقیق کرده، اسامی 67نفر از آنان را ذکر کرده است که شاخص‌ترین آنان عبارتنداز: 1- حاج شیخ محمدابراهیم کلباسی، 2- سید احمد حسینی‌خوانساری، 3- حاج شیخ اسدالله فاضل‌بیدآبادی، 4- حاج شیخ محمدتقی کرمانی، 5- حاج شیخ محمدجواد صافی‌گلپایگانی.
تألیفات
تألیفات و آثار علمی آقانجفی، او را در میان علمای عصر خود و همچنین زمان‌های بعد معتبر و مهم نشان می‌دهد. با وجود آنکه ایشان، در مسائل سیاسی- اجتماعی فعال بود اما به لحاظ علمی، تألیفات و آثار بسیار زیادی از خود به جای گذاشته است؛ به‌گونه‌ای که مرحوم شیخ آقابزرگ تهرانی در نقباء‌البشر آنها را متجاوز از 100 عنوان ذکر می‌کند عناوین برخی از آثار ایشان از این قرار است: 1- آداب الصلوه، 2- آداب العارفین، ترجمه مصباح الشریعه، 3- اجتهاد و تقلید (چاپ شده در سال 1296)، 4- اخلاق المؤمنین (چاپ شده در سال1297 در اصفهان)، 5- اسرار الآیات در خواص سور و آیات قرآن کریم، 6- اسرار الاحکام فی‌الحلال و الحرام و 7- اسرار الزیاره و برهان‌الانابه، شرح زیارت جامعه به فارسی.
مبارزه با استعمار
یکی از مهم‌ترین اصول نظری و عملی آقانجفی در فعالیت‌های سیاسی- اجتماعی، استعمار‌ستیزی ایشان است. رویکرد ضد‌استعماری وی که در ادوار مختلف زندگی‌شان، بسیار برجسته است، در عرصه‌های مختلف سیاسی، اقتصادی و... و نیز نسبت به دولت‌های مختلف اروپایی به‌ویژه روس و انگلیس (به صورت کلی یا موردی) وجود داشته است. در تمام مراحل زندگی این بزرگوار، این خط یعنی مبارزه با استعمار بالاخص استعمار روس و انگلیس به خوبی دیده می‌شود.
به‌عنوان نمونه می‌توان به مبارزه با فرقه‌های استعمارساخته بابیه و بهائیه، مبارزه با سلطه اقتصادی خارجی، قضیه اولتیماتوم روس، تحریم تنباکو و چندین نمونه دیگر اشاره کرد.
آقا نجفی و ظل‌السلطان
آقانجفی اصفهانی، بیشتر دوره مرجعیت و ریاست مذهبی‌اش، مقارن با حکومت ظل‌السلطان بوده است. سیاست آقانجفی در قبال این حاکم ظالم، از یک سو پذیرش حکومت وی و همراهی و همکاری با او به میزان حفظ امنیت و رفع مشکلات مردم بود، از سوی دیگر مقابله و مبارزه با اقدامات ظالمانه، مستبدانه و استعمارگرایانه وی.
در سال 1305، ناصرالدین شاه، از ترس اقدام ظل‌السلطان علیه خود و نیز ظاهرا به تحریک روس‌ها، او را از حکمرانی مناطق دیگر غیر از اصفهان برکنار کرد اما حکومتش بر اصفهان تا اوایل سال 1325 برقرار بود و در اوایل نهضت مشروطیت، پس از اجتماع اعتراض‌آمیز مردم به رهبری آقانجفی و حاج‌آقانورالله، از حکومت اصفهان برکنار شد.
پیشتازی در نهضت تحریم تنباکو
از مهم‌ترین ابعاد مبارزات آقانجفی علیه استعمار، مبارزه با بعد اقتصادی نفوذ فرنگیان در ایران بوده است و در این راستا، جنبش تنباکو از نقاط عطف تاریخی مبارزات آقانجفی است. ناعادلانه بودن قرارداد «رژی» از یک سو و ضررهای اقتصادی زیادی که در نتیجه اجرای این قرارداد متوجه مردم ایران به‌ویژه کشاورزان و تاجران می‌شد، مسئله‌ای نبود که علمایی چون آقانجفی اصفهانی آن را نادیده بگیرند. از گزارش‌های حکومتی و حتی کمپانی، به‌دست می‌آید که شیوع و گسترش حکم تحریم آقانجفی و حتی صحبت درباره آن در شهرهای دیگر، باعث وحشت و شکست کار کمپانی می‌شده است، لذا لزوم لغو حکم تحریم و- درصورت عدم پذیرش لغو- تبعید آقانجفی و حتی توپ‌بستن منزل ایشان، با شدت عمل، مورد توصیه قرار می‌گرفت.
مبارزه با فرق ضاله
مخالفت با بدعت‌های دینی و فرقه‌های استعماری، عواقب سختی را برای آقانجفی دربرداشت زیرا سال‌ها حمله به شخصیت و افکار ایشان در قالب کتاب و نوشته را به‌دنبال داشت. یکی از نویسندگان مطرح در تاریخ‌نگری مشروطه، یحیی دولت‌آبادی است. وی از سران ازلی در ایران است. توهین‌ها و بدگویی‌های او نسبت به آقانجفی تنها یک مورد از توهین‌هایی است که رهبران این فرقه ضاله نسبت به این عالم شیعی روا داشتند. در جریان وقایع 1320 در اصفهان سفارت روسیه به چند تن از بهائیان پناه می‌دهد. در پی این واقعه مردم متدین اصفهان کنسولگری روسیه را محاصره می‌کنند. نزدیک به 20هزار نفر در یک روز در برابر کنسولگری روسیه اجتماع می‌کنند. در پی این وقایع آقانجفی از روس‌ها تعهد می‌گیرد که دیگر در مسائل مذهبی ایرانیان دخالت نکنند.
رهبری و همراهی در جنبش مشروطه اول
آقانجفی در طول مشروطه اول، با حمایت و پشتیبانی از نظام مشروطه، فعالیت‌های مهم و گسترده‌ای انجام داد، چنان که جایگاه برجسته ایشان موجب می‌شد که ایشان مخاطب نامه‌ها و تلگراف‌های زیادی از تهران و نقاط مختلف کشور شود. از آقانجفی، اعلامیه‌هایی در دست است که به صورت فردی یا به‌همراه دیگر علما، در حمایت از مشروطه صادر کرده است که تنها به یک بند از آن اشاره می‌شود: «الیوم به ملاحظه حفظ نفوس و اموال و أعراض مسلمین و تقویت دین مبین، مخالفت با مجلس مقدس شورای ملی- شیّدالله ارکانه- به مثابه مخالفت با امام زمان- علیه‌السلام- است».
پیشگام مشروطه دوم و فتح اصفهان
در جریان استبداد صغیر، مشروطه‌خواهان اصفهان به رهبری آقانجفی و حاج‌آقانورالله این وضعیت را تاب نیاورده و سرانجام با نیروهای اقبال‌الدوله، حاکم محمدعلی‌شاه در اصفهان، وارد درگیری مسلحانه شدند. در این جنگ شهری، مردم، محلات نزدیک منزل آقانجفی و حاج‌آقانورالله را سنگربندی کرده، آماده مقابله مسلحانه با حکومت شدند. کانون درگیری‌ها مسجد نقش جهان بود. پس از شروع درگیری میان نیروهای مردمی، با نظامیان وابسته به اقبال‌الدوله، نیروهای بختیاری به ریاست ضرغام‌السلطنه وارد اصفهان شده و بعد از مدتی درگیری، سرانجام اصفهان در 11 ذیحجه فتح شده، به‌دست مشروطه‌خواهان می‌افتد. فتح اصفهان مقدمه‌ای بر فتح تهران و عزل محمدعلی‌شاه می‌شود.
حمایت دائمی از مظلومان
با نگاهی به کارنامه سی‌ساله مبارزات آقانجفی درمی‌یابیم که او در برخورد با اشخاص مختلف، از مرام مشخصی پیروی می‌کرده است. پیش از مشروطه داد مظلوم را از ظل‌السلطان طلب می‌کرد و در زمان حاکمان بختیاری نیز پیوسته در حال دادخواهی از مظلومانی بود که مورد ستم و چپاول خوانین قرار گرفته بودند. نقل است شخصی برای دادخواهی نزد آقانجفی می‌رود و آقانجفی نیز برای او نامه سفارشی می‌نویسند که برای صمصام‌السلطنه حاکم وقت اصفهان ببرد. این درحالی است که ایشان در بستر احتضار بودند. آن شخص نامه را به پیش حاکم می‌برد و مشکلش برطرف می‌شود. همان موقع صدای شیون و زاری از محله آقانجفی بلند می‌شود. صمصام‌السلطنه می‌گوید: اگر اوست که مرده پس چه کسی این نامه را نوشته!
وفات
آقانجفی اصفهانی، بعد از عمری مجاهده و تلاش برای اسلام و مسلمین و ارائه خدمات کم‌نظیر به جامعه اسلامی، از سال1330 به بیماری استسقا مبتلا شد و پس از حدود 2سال، در عصر روز 11شعبان 1332 در سن 70سالگی، چشم از جهان فروبست و به عالم باقی شتافت.
پیکر مطهر او را در کنار امامزاده احمد (نزدیک منزل آقانجفی و مسجد شاه) که خود معین کرده بود، دفن کردند.روزنامه حبل‌المتین به نقل از گزارشگر خود که مستقیما در شهر اصفهان حضور داشته، از عزاداری مردم در سوگ آقانجفی، چنین گزارش می‌دهد: «خبر اصفهان: امروز که روز جمعه 16شهر شعبان1332 و ششمین روز وفات مرحوم آیت‌الله حاج‌شیخ محمدتقی نجفی- حشرالله مع تولاه- است، پس از طی 71مرحله زندگانی، به دیار جاوید شتافت. در این 6 روز، شهر و توابع، یکپارچه ماتم است؛ تمام شهر را سیاه بسته، مسجد شاه و میدان جنب آن در این چندروز از دسته‌زن و سینه‌زن و کتل و نوحه‌گر خالی نمانده؛ طوری عزاداری نمودند که هیچ‌گاه احدی ندیده و نشنیده بود...».