این کو که تنها عارضه طبیعی در منطقه سیستان است، دارای آثار تاریخی همچون کاخ، آتشکده، زیارتگاه خواجه مهدی و قبرستانی از دوران مختلف می‌باشد.
سرزمین سیستان با جمعیت ۵۰۰ هزار نفر و دو شهرستان زابل و زهک در شمال استان سیستان و بلوچستان قرار دارد. این سرزمین در کنار رود هیرمند یکی از مناطق تاریخی ایران به شمار می آید که آثار و شواهد تمدن‌های بسیاری را در خود جای داده است. تمدن‌هایی که به واسطه وجود رود هیرمند و دریاچه هامون در این منطقه شکل گرفته‌اند و بعضا دارای قدمتی 5 هزار ساله هستند.
این کوه ذوزنقه‌ای شکل از سنگ‌های بازالت سیاه رنگ تشکیل شده و با ارتفاع تقریبی ۶۰۹ متر از سطح دریا، در هنگام پرآبی، جزیره کوچکی در میان دریاچه هامون تشکیل می‌دهد. این کوه نام خود را از آرامگاه خواجه مهدی یکی از دوستداران خاندان علوی که مزارش بر فراز این کوه قرار دارد، گرفته و خواجه غلطان، کوه نور، کوه موعود و کوه باطنی از دیگر نام‌های آن است.
روی این کوه می‌توان آثار بناهای باستانی مربوط به دوره‌های تاریخی متفاوت را مشاهده کرد. یکی از مهمترین و شاخص‌ترین بناهای تاریخی این محل، آتشکده‌ای است قدیمی که زمان ساخت آن به سده یکم پس از میلاد باز می‌گردد. آتشکده مذکور دارای یک تالار مرکزی در وسط و راهروهایی در اطراف است که در نهایت به ورودی اصلی آن در جلو ختم می‌گردد و مطابق با سبک چهارتاقی‌های آن دوره ساخته شده است.
ویرانه‌هایی نیز در اطراف آن وجود دارد که مربوط به دوره‌های اشکانی و ساسانی است. کوه خواجه قلعه‌ای عظیم و دژ شهری منحصر به فرد از دوره اشکانیان و ساسانیان است. این اثر بزرگ به تخت جمشید خشت و گل شهرت دارد و تنها نمونه دژ شهرهای اشکانی باقی مانده در ایران است.
یکی دیگر از بناهای تاریخی شاخص در کوه خواجه، کاخی است مربوط به دوره ساسانیان که جلوه‌های معماری بدیعی را می‌توان در آن مشاهده کرد. این کاخ شامل عمارتی است که در جلوی آن حیاطی با منظره‌ای بسیار بدیع و زیبا که چشم هر بیننده‌ای را خیره می‌کند، قرار گرفته است.
همچنین در بخش جنوبی این تپه معبدی خشتی مربوط به دوره‌های قبل از اسلام قرار گرفته است. این معبد که کرچک چهل گنجه نام دارد بنابر عقیده برخی، همردیف بناهای قلعه دختر شمرده می‌شود.
از دیگر بناهای باستانی مربوط به دوره‌های پس از اسلام می‌توان به مقبره خواجه مهدی بن محمد بن خلیفه اشاره کرد که در کنار زیارتگاه‌های خواجه قلتان و پیر گندم بریان قرار دارد و سایر آثار باستانی موجود روی تپه مربوط به قوم سکاها می‌باشد. کوه خواجه در دوره ساسانی کمتر مشابهی در دیگر نقاط کشور داشته و تنها آتشکده تخت سلیمان از برخی جهات با دوره ساسانی، کوه خواجه بویژه آتشکده آن قابل مقایسه است.
سرزمین سیستان با تاریخ چندین هزار ساله خود به عنوان نگینی درخشان در کویر ایرن جاذبه های فراوانی دارد. فراوانی آثار باستانی و تاریخی سیستان به اندازه‌ای است که بسیاری از دانشمندان و کارشناسان ایرانی و خارجی از آن به عنوان «سرزمین آفتاب» یاد کرده و سیستان را بهشت باستانشناسان معرفی کرده‌اند.
البته باید به این نکته اشاره کرد، نبود فضای اقامتی و رفاهی در حاشیه کوه خواجه برای اسکان گردشگران این منطقه و فقدان مراکز پذیرایی و تجارتی و نبود امکانات اولیه بهداشتی در کنار این اثر تاریخی باعث مهجور ماندن و ناشناخته شدن کوه خواجه شده است.
کوه خواجه بزرگترین معماری خشتی بر جای مانده از دوره پارتیان در منطقه سیستان است و یکی از مهمترین آثار دوره‌های اشکانی، ساسانی- اسلامی به شمار می‌آید.
مجموعه کوه خواجه برای نخستین بار در سال ۱۹۱۶توسط اورل اشتین باستانشناس معروف انگلیسی شناسایی و کشف شد. پس از آن پروفسور هرتسفلد آلمانی طی سال‌های ۱۹۲۵تا 1929 میلادی به جستجو در آثار کوه خواجه پرداخت و حاصل کاوش‌های این باستانشناس در کتاب سکستان، ایران شرق باستان و تاریخ باستانشناسی ایران آمده است.
در بررسی‌های باستان‌شناختی کوه خواجه سیستان، برای اولین بار 7 محوطه دوره زیرین پارینه سنگی جدید کشف شد. با شناسایی این محوطه‌ها، کوه خواجه ششمین مکان در ایران محسوب می‌شود که دارای آثاری از این دوره است. قدیمی‌ترین آثار شناسایی شده در کوه خواجه مربوط به قطعات سفالی از دوره هخامنشی بوده است. همچنین در این بررسی، یک غار نیز شناسایی شده است.
در سال ۱۳۷۰نیز میراث فرهنگی به کار بررسی و نقشه‌برداری از آثار کوه خواجه پرداخت و پس از کاوش‌های مختلف در این محل ۱۱ اثر از دوران تاریخی مختلف کشف شد.
تزیین‌های معماری به کار رفته در برخی قلعه‌های این بنا شباهت به شیوه یونانی دارد، سر ستون‌هایی به سبک دوریک با پیچ‌های توماری، تزیین‌های دیگری مانند گل کوچک پرپر به صورت نیلوفری (لوتوس)، از هنر هخامنشی اقتباس شده است و بعضی از آنها به هنر بین‌النهرین نیز شباهت دارد.
کوه خواجه در میان ادیان سه گانه کهن شامل اسلام، مسحیت و زرتشت (ایران باستان) از اهمیت و قداست زیادی برخوردار بوده است.
آرامگاه خواجه مهدی و قبرستانی که از دوره اسلامی، اتاق پیر گندم دریان و اتاق بی‌باد در کوه خواجه باقی مانده این بنا را برای مسلمانان نیز مقدس کرده به طوری که در اعیاد مذهبی، ملی و ایام تعطیل زایران برای زیارت به این مکان می‌آیند.
از مهمترین آثار بر جای مانده از دوران تاریخی در کوه خواجه می توان به کهن دژ، کک کوهزاد و قلعه کافران اشاره کرد که برخاسته از تمدن عظیم ساسانی و اشکانی است.
آتشدان، اتاق طواف، رواق‌هایی با نقاشی‌های دیواری زیبا و محلی که گالری نام گرفت به خاطر وجود تعداد زیادی از نقاشی‌های دیواری از پرتره پادشاهان، بزرگان و داستان‌های مذهبی با کادر و قابی در اطراف که در تمام نقاط اتاق خودنمایی می‌کند و حتی تا سقف نیز کشیده شده از جمله آثار مهم کشف شده در کوه خواجه سیستان است.
نقاشی دیواری سه مغ یا سه پادشاه، نقش خدای اوروس خدای پیروزی سوار بر اسب، نقش شاه و ملکه و تصاویری از بزرگان پارتی و برج و باروهای قلعه نیز از نقوش اصلی این بنای به جای مانده از تمدن عظیم ایرانی است.
دو نقش برجسته گلی با تصویر سه سوار بر اسب در حال حرکت در پشت هم و دیگری تصویر شیری که یورش برده بسوی فردی که سوار بر اسب است که بوسیله میخ‌های چوبی به دیوار نصب شده از دیگر آثار به دست آمده از کوه خواجه است.
در کاوش‌های انجام شده در کوه‌خواجه و قلعه‌های موجود در آن، دیوارهایی با ارتفاع ۴۰ متر که با خشت ساخته شده و بیش از یک هزار سال قدمت دارد نیز کشف شده‌اند.
روزگاران نه چندان دور دریاچه هامون پر آب بود و کوه خواجه به مانند جزیره‌ای سربرآورده از میان آب های این دریاچه از دور خودنمایی می‌کرد. آن زمان کوه خواجه و قلعه اشکانی آرام گرفته بر پشته آن خوشبخت بودند. خوشبخت از آن رو که انسان کمتر می‌توانست به آن دسترسی داشته باشد و همه از دور به زیارت این کوه مقدس می‌پرداختند. اما به مرور زمان با استمرار خشکسالی و خشکی دریاچه هامون این بنای مهم در آستانه تخریب قرار گرفت.
سازمان میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع دستی در سال 1388 این بنای عظیم را به همراه دو اثر منحصر به فرد دیگر سیستان به نام‌های شهر سوخته و دهانه غلامان (شهر هخامنشی) برای ثبت در فهرست آثار جهانی به یونسکو پیشنهاد داده است.
کوه خواجه در سال 1345 توسط وزارت فرهنگ و هنر با شماره 540 در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسید.