پس از بازگشت هیأت کارشناسی آژانس از ایران، یوکیا آمانو در گزارشی که به‌طور غیررسمی در اختیار اعضای شورای حکام قرار داده بار دیگر ادعا کرد که نگرانی‌های جدی در رابطه با آنچه خود آن را ابعاد نظامی احتمالی در برنامه هسته‌ای ایران خوانده، وجود دارد. اینچنین ادعایی در گزارش نوامبر 2011 آمانو هم دیده می‌شد. در آن زمان خبرنگارانی مثل سیمور هرش که نزدیک به 12سال است روی پرونده هسته‌ای ایران کار می‌کنند چنین ادعایی را رد کردند و اخیرا هانس بلیکس مدیرکل پیشین سازمان انرژی اتمی نیز به آمانو هشدار داد که «آژانس نباید از طریق اطلاعاتی که تهیه‌کننده آن حتی حاضر نیست مدارک ارائه دهد، تصمیم‌گیری کند.
آژانس نباید اعتبار خود را با اعتماد به اطلاعاتی که نمی‌تواند کاملا صحت آنها را تأیید کند، به خطر اندازد.» در کنار تمام اینها، لس آنجلس تایمز نیز اخیرا در گزارشی فاش کرد که 16 نهاد اطلاعاتی- جاسوسی آمریکایی بار دیگر اعتراف کرده‌اند ایران به‌دنبال ساخت سلاح هسته‌ای نیست. این 16 نهاد اطلاعاتی آمریکا در سال2007 نیز در گزارشی نوشتند که ایران از سال 2003 به بعد تمام فعالیت‌های مرتبط با برنامه نظامی‌‌اش را قطع کرده است. ایران همواره تأکید کرده است که برنامه هسته‌ای‌‌اش کاملا صلح آمیز است. موضوعی که آمانو در گزارش جدیدش بر آن دست گذاشته، مسئله‌ای است که در دوران مدیرکلی محمد البرادعی بر آژانس بین‌المللی انرژی اتمی مختومه اعلام شد. در آن زمان ایران به بازرسان آژانس اجازه داد که از سایت نظامی پارچین بازدید کنند و بازرسان آژانس بدون دستیابی به موردی مشکوک، پرونده منطقه پارچین را مختومه اعلام کردند.
مدیرکل آژانس در گزارشی که در 11صفحه و 55 پاراگراف تنظیم شده، از قصد ایران برای نصب 3نوع سانتریفوژ جدید در نطنز سخن گفته و در عین حال در پاراگرف 50 این گزارش اذعان کرده است که مواد و فعالیت‌های هسته‌ای اظهار شده ایران دارای هیچ انحرافی نیست.
اما علی اصغر سلطانیه نماینده دائم ایران در آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در پاسخ به ادعاهای آمانو مبنی بر اینکه ایران اجازه بازدید از سایت پارچین را به کارشناسان آژانس نداده است گفته که به‌دلیل حاصل نشدن توافق درباره مدالیته برای بازدید از پارچین، دسترسی به این سایت برای آژانس فراهم نشد.
او در گفت‌وگو با ایسنا گفت که بازرسی‌های عادی از تأسیسات هسته‌ای ایران مطابق معاهده ان‌پی‌تی همواره در حال انجام بوده و ادامه دارد، درخواست آژانس برای بازدید از سایت پارچین جدای از بازرسی‌های معمول است و درخواست‌ها برای رفع برخی سؤالات و ابهامات از سوی آژانس مستلزم توافق بر سر یک چارچوب است که کلیه ملاحظات دو طرف در آن لحاظ شود. سطانیه در عین حال گفت که گزارش آمانو بار دیگر به صراحت نشان می‌دهد تمام فعالیت‌های ایران به‌ویژه فعالیت‌های غنی‌سازی‌اش به‌طور کامل تحت نظارت آژانس بین‌المللی انرژی اتمی است.